В 1652 г. царь Алексей Михайлович Романов (1629–1676, царь с 1645 г.) издал указ, по которому Борисоглебский монастырь стал подмосковной резиденцией его друга, советчика, доверенного лица – митрополита Новгородского Никона (он в том же 1652 г. стал патриархом и был им до 1666 г.), но вскоре охладел к этой обители. В 1656 г. патриарх Никон основал на берегу р. Истры Воскресенский Новоиерусалимский монастырь, который стал его любимой загородной резиденцией. Борисоглебский монастырь с 1652 г. подчинялся Новгородскому митрополичьему дому, с 1664 г. он недолго был самостоятельным, в 1682 г. его приписали к Заиконоспасскому монастырю в Москве, но в 1725 г. он снова стал независимым самостоятельным монастырем. Царь Алексей Михайлович Романов, как минимум дважды, влиял на судьбу и развитие этого монастыря: непосредственно в 1652 г. (когда по его желанию обитель стала резиденцией Никона) и косвенно в 1656 г. Жена стольника Алексея Чаплина – П.С. Чаплина пристроила к Борисоглебскому собору придел во имя Алексия, человека Божия – святого покровителя ее мужа, но она и ее муж смотрели дальше – этим строительством их семья в первую очередь отдавала дань уважения царю – Алексею Михайловичу и их (общего с А.И. Чаплиным) святому покровителю.
Давняя история этого монастыря, участие в его жизни ярких личностей привлекали к нему богатых вкладчиков и влиятельных покровителей, что обеспечивало его благополучие. В монастыре велись значительные ремонтные и благоустроительные работы, были возведены (1689 г.) каменные стены и башни. С 1777 г. при монастыре действовало духовное училище. На рубеже ХIХ – ХХ вв. в монастыре провели большие ремонтные и реставрационные работы на средства Е.С. Ляминой – вдовы крупного фабриканта И.А. Лямина, основателя товарищества Покровской мануфактуры.
Борисоглебский монастырь сохранял стабильную и безупречную репутацию, поддерживал и хранил православные традиции, обеспечивал ведение летописей. До конца ХIХ в. в монастыре вели рукописную летопись.
После осенних событий 1917 г. монастырская братия объединилась в артель, но она долго не работала. В первой половине 1920-х гг. обитель еще существовала, но это был уже женский монастырь, а не мужской, как прежде.
В 1926 г. Борисоглебский монастырь закрыли и разместили на его территории Музей Дмитровского края. Его сотрудники во главе с директором К.А. Соловьевым были грамотными и патриотично настроенными людьми; они делали все от них зависящее для сохранения комплекса монастыря как памятника истории, культуры, архитектуры. Судьба большинства музейных работников оказалась трагичной; они были репрессированы и почти все погибли.
С 1932 г. в зданиях закрытого монастыря разместили Управление канала Москва – Волга и Дмитлага. Дмитлаг был одним из подразделений (управлений) ГУЛАГа – государственного управления лагерей. В Дмитровском районе располагался именно специализированный лагерь для заключенных, которые в основном и работали на строительстве этого канала наряду с вольнонаемными людьми и военнослужащими. Большинство работавших на строительстве канала умерли от истощения, нечеловеческих условий труда, неимоверного объема работ или были расстреляны.
В период Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. в монастырском комплексе размещалась воинская часть. В послевоенный период в монастырских зданиях располагались воинские части, склады, различные организации, – в основном конторы городских учреждений, часть потроек были отданы под жилье рядовых горожан.
В 1993 г. Борисоглебский монастырь возродился как религиозный центр. Теперь он имеет и свое подворье – Преображенский храм в Балашихинском районе Московской области в с. Саввино.