Запорожские атаманы в это время перессорились между собой и переизбрали гетмана, сняв с этого поста Выготского. Амбициозный Выготский надеялся получить высокий пост в Польском государстве, получил, но не такой высокий как надеялся. Разочарованный Выготский обиделся на поляков, а он, кстати, сам был выходец из польской шляхты, и обратился к православному митрополиту Иосифу с покаянием и с горячим желанием перейти на сторону России и исправить свои ошибки «искупительными подвигами», чтобы митрополит был переговорщиком-посредником с российской стороной. Митрополит Иосиф благословил его на ратный искупительный подвиг, но Выготский не успел ничего совершить, ибо поляки скоро об измене Выготского прослышали и спешно его расстреляли.
В начавшейся войне с Польшей Россия терпела поражения. На западном фронте в Белоруссии потерпела ряд поражений российская армия во главе с князем Хованским, поляки вернули себе литовские земли и белорусские земли и двигались на Москву, стремились вернуть себе Смоленск.
В этой ситуации Россия в 1661 году в местечке Кардис срочно заключила мир со Швецией.
На южном фронте дела России были ещё хуже. Там возникла запутанная ситуация с запорожскими казаками. После казни Выготского часть казачества отшатнулась от Польши и выразила опять симпатии России. Эти группировки воевали между собой и казнили друг друга. А хитрый гетман Дорошенко умудрился с помощью российских воевод в Киеве казнить атаманов и казаков - сторонников России.
Одни казаки воевали на стороне русских, другие на стороне поляков. Третьи разбойничали сами по себе или с крымскими татарами. Причём обычно авторы большинства книг и учебников идеализируют запорожских казаков - одни сражались фанатично за православную веру, а другие за католическую, ничего подобного - чаще всего выбор стороны казаками был по принципу - кто больше заплатит. И поляки и русские везли на Днепр мешки с деньгами. И в этом соревновании Алексей Романов стал проигрывать. В результате затяжной войны с Польшей и Швецией в России опустела казна, заканчивались золотые и серебряные деньги, поэтому Алексей Романов решил провести денежную реформу - ввёл в оборот «неуважительные» медные деньги.
Когда российская часть казаков получила медные деньги, то казаки возмутились, насмешливо говорили - московский царь нам скоро пришлёт «паперные грошы» - то есть бумажные. Это, похоже, и стало причиной трагедии русской армии, посланной из Москвы в Малороссию под командованием Шереметьева. Во время сражения русской армии с польской под городком Чудново на Волыни запорожская армия под руководством сына Б. Хмельницкого Юрия и атамана Тетери изменила, предала и перешла на сторону польской армии. Юрий Хмельницкий и Тетеря присягнули польскому королю.
Огромная русская армия потерпела тяжёлое поражение, более того - она полностью попала в плен. Шереметьев был вынужден сдаться, сложить оружие и знамена. Поляки решили поступить благородно и одновременно коварно - оставили себе артиллерию и оружие, а русскую армию отпустили домой, в Россию. Коварство состояло в том, что они знали казаков и были уверены, что они не откажутся от такой добычи и обязательно нападут на возвращающихся безоружных русских. Так оно и вышло. Только самая ленивая казацкая шайка этим не воспользовалась. Огромное количество пленных русских казаки продали в рабство татарам и туркам, а те перепродали их дальше.
Если посчитать все людские и материальные потери российской стороны во всех сражениях, то желание Алексея Романова удержать, вернуть Восточную, Левобережную Украину в состав России обошлось очень дорого. Проследим далее завершение этой истории.
После всех поражений воевать дальше у российского царя желания не было, и было слишком опасно, тем более, что положение России усугубилось вспыхнувшим в 1662 году «Медным бунтом» в самой Москве из-за медных денег, о которых уже говорилось. Бунтари громили в Москве дворцы и хоромы богатой знати, и вот-вот могли захватить Кремль, а узнав, что Алексей Романов в Коломенском, двинулись к нему, жизнь царя повисла на волоске. Царь вёл многообещающие переговоры с восставшими и затягивал время, и не зря - вовремя подоспели верные стрелецкие полки. После чего «Тишайший» дал приказ - всех бунтовщиков «бити и рубити до смерти», в завязавшейся резне-сражении большое количество повстанцев оттеснили к Москве-реке и в ней утопили, по всей России стали ловить восставших, начался тотальный сыск, пытки и т.п.
России в этот период точно было не до войны. При этом следует учесть, что именно в этот период был трагический пик раскола русского народа в результате церковных реформ-чисток Алексея Романова и Никона, и тысячи русских людей убегали в леса и степи. И плюс ко всему именно в этот тяжёлый для России момент по понятным экономическим причинам Алексей Романов стал забирать у богатейшей церкви имения и деньги, а Никон стал этому препятствовать, и по этой причине два идеологических соратника жестоко перессорились друг с другом, и уже никогда не помирились.