Недовольный своими исправниками-чистильщиками он их выгонял и жестоко наказывал, а на их место приглашал чужеземных «специалистов» правильного христианства из бывшей Византии — Греции. «Никон после отстранения старых справщиков призвал «искусных мужей» из иностранцев. Главную роль среди них играли грек Паисий Лигарид и Арсений Грек. Арсений Грек трижды менял вероисповедание, одно время он был даже мусульманином. — отметил в своём исследовании наш знаменитый исследователь истории из далёкой Аргентины Борис Башилов (Поморцев). — Большинство крупных русских историков — Ключевский, Соловьёв, Шмурло, являющиеся по складу своего мировоззрения западниками, — изображали обычно раскол как борьбу невежественных религиозных фанатиков против исправления ошибок в богослужебных книгах, против крещения тремя перстами. Противник Никона оказались самые даровитые и умные люди эпохи, как протопоп Аввакум, как Спиридон Потемкин, знаток «Лютерской ереси», знавший языки: греческий, латинский, еврейский, польский и немецкий, как дьякон Федор, Неронов, Лазарь Вонифатьев. Они пошли в раскол не по скудности ума, а потому, что были убежденные последователи православия, готовые отдать жизнь за веру предков.».
Реформаторы во главе с Никоном и царём столкнулись не просто с «непониманием», но с упорным сопротивлением не только священников и монахов, но и прихожан, то есть народа. Сторонники старых порядков, оппозиционеры назвали себя староверами. Их решили легитимно сделать врагами.
«Великий Собор 1667 года поступил совершенно неправильно, объявив раскольников еретиками. Ведь их расхождение с новой церковью относилось не к догматам, а только к обрядам. Анафема на раскольников, провозглашенная так называемым «Великим Собором», только испортила всё дело», — писал в далёкой Аргентине исследователь истории наш эмигрант Борис Башилов.
Никон не поступал не только по основным заповедям Христа, но даже согласно поучениям Савла-Павла, который учил христианских священников: «Пасите Божие стадо. и не господствуя над наследием Божиим, но подавая пример стаду». Примеру Сергия Радонежского, Нила Сорского, Серафима Саровского не много священников и монахов следовало.
Произошёл раскол церкви народа. Поскольку царь и Никон были единомышленниками, и, кроме того, когда царь покидал Москву, то российское правительство оставлял под руководство доверенному Никону, — поэтому власть и сила у Никона была огромная. И Никон не стал церемониться с со своими многочисленными противниками и, отбросив всякие увещевания и убеждения, применил силу, насилие — непокорных сажали в тюрьмы, на цепь, били, пытали, ссылали в ссылки, вешали на виселицах и т.д. То есть — народ испытал на себе русскую христианскую православную инквизицию, и очередной раз в своей истории «истинную» христианскую любовь и христианское милосердие.
И неудивительным оказался мирный союз двух христианских «чистильщиков» — в 1685 году европейские иезуиты открыли в Москве иезуитскую школу и начали проповедовать среди иностранцев и русских католичество. Похоже, они обменивались «опытом».
Бывший единомышленник царя Алексея Романова и Никона протопоп Аввакум возмущался: «Огнём, да кнутом, да виселицей хотят веру утвердить! Которые апостолы научили так? Не знаю!
Мой Христос не приказал нашим Апостолам так учить, еже быть огнём, да кнутом, да виселицей в веру приводить». В 1681 г. приказом царя Фёдора самого Аввакума сожгли, а в следующем году отрубили голову Никите Пустосвяту. Монахи знаменитого Соловецкого монастыря 10 лет держали вооружённую оборону. Фактически опять началась гражданская война. Тысячи несогласных с Никоном русских людей — староверов опять побежали подальше от власти, от Москвы в Сибирь, лесную глушь и опять к казакам, у которых беглых набралось уже несколько армий.
И хотя царь Алексей Романов убрал Никона с поста Патриарха в 1658 году, но реформы-чистки и казни продолжал проводить и без Никона. А царь разругался с Никоном потому, что Никона понесло, вернее — вознесло, он «тихим сапом» пытался вознестись выше статуса царя. Вначале Никон пошел дорогою некоторых пап — потребовал от светской власти полного невмешательства в церковные и духовные дела, и вместе с этим хитрый Никон оставлял за собой и следующими патриархами право на свое активное вмешательство в светскую власть. И стал вмешиваться — стал критиковать правительство и царя за то, что они ограничивают Церковь в хозяйственной деятельности, в землепри- обретениях и т.п., то есть — в бизнесе. В ответ царь решил вступить на «территорию» Никона — ввести «министерство по делам Церкви» — Монастырский указ. Это ещё больше возмутило и разъярило Никона. И он публично проповедуя в Успенском соборе Московского Кремля стал рассуждать о главенстве и преимуществе власти Церкви над светской властью, священства над царством. То есть, грамотный Никон вспомнил старую логику христианского «святого» юриста Августина: