Дослужившись на посту военного агента до чина полковника Генерального штаба, Эдуард Владимирович, имея возможность продолжать военно-дипломатическую карьеру, все же не видел себя вне армии, вне ее строевых частей. В 1885 году он расстается с Болгарией для того, чтобы отбыть цензовое командование батальоном 1-го лейб-гренадерского Екатеринославского полка в Москве. Без опыта командования батальоном было невозможно получить строевую должность, и Экк активно включается в непростую и очень ответственную работу батальонного командира, решая совершенно иной круг задач, нежели задачи военного агента. На этом посту Эдуард Владимирович впервые проявил себя как заботливый, но в то же время весьма требовательный командир. Весьма трудно достичь необходимой золотой середины: некоторые офицеры слишком погружались в бытовые проблемы своего подразделения, забывая про требования службы и ведение боевой подготовки, иные, наоборот, за излишней требовательностью в обучении личного состава не замечали необходимости заботы о его повседневных нуждах. Именно на посту батальонного командира Экк проявил качества, все ярче и ярче раскрывавшиеся в дальнейшем. Несмотря на то что цензовое командование батальоном было во многом необходимой формальностью, полковник Экк не только сдал его в блестящем с точки зрения строевой и боевой подготовки состоянии, но и вникая во все мелочи солдатского быта и проявляя постоянную заботу о нуждах подчиненных. Экк, в отличие от многих коллег, не стеснялся разговаривать с солдатами, регулярно общался с унтер-офицерами, с уходившими в запас и, поскольку общение это было не для галочки, а от души, знал душу русского солдата, его менталитет, его потребности и надобности. Требовательность и одновременно искреннее, неподдельное внимание давали потрясающий результат: солдаты души не чаяли в своем начальнике, ибо чувствовали его заботу, а не отбывание номера. Именно понимание психологии солдата, его мира позволяло Экку приводить в чувство разболтавшиеся полки, из не лучшего качества резервных батальонов формировать боеспособные дивизии и руководить корпусами в самых тяжелейших операциях. Доверие солдата своему командиру и безграничное уважение к нему творили поистине чудеса, позволяя им выполнять невозможное. Высокие чины не мешали Экку обходить позиции на передовой, вникать в каждую мелочь окопной жизни и делать все возможное, чтобы люди были не только снабжены боеприпасами, но и сыты, одеты, обуты, чтобы укрытия были сухи, а каждый солдат имел возможность помыться и переодеться в чистое. Даже второочередные дивизии, сформированные по мобилизации 1914 года, под командованием Экка воевали как лучшие кадровые части, ибо не чувствовали никакого различия между собой и подразделениями первой очереди, ощущали такую же заботу и внимание и платили за них сторицей. Даже в страшные послереволюционные дни 1918 года бывшие солдаты одного из полков, сражавшегося под началом генерала Экка во время Мировой войны, а теперь красноармейцы, не просто не смели тронуть царского генерала и «классового врага», а оказывали ему всяческую посильную помощь, настолько большим авторитетом в их среде он пользовался.
Экк обладал редким талантом мотивировать, воодушевить своих людей, увлечь их общим делом, вдохнуть в равнодушных искру, заставлявшую их равняться на лучших, а не на отстающих. Стремление командира сделать вверенное ему подразделение не просто хорошим, а лучшим передавалось подчиненным, они сами уже старались не подвести своего начальника, не ударить в грязь лицом, потому что для них не было средней оценки – только «отлично» и «плохо». Достигнутые на маневрах результаты и оценки на смотрах, а потом и отбитые штурмы, и удачные наступления, и прорывы, и требования не были пустой рутиной, а жизненно необходимыми навыками, а самого Экка превращали из просто заботливого начальника в настоящего боевого командира, которому солдаты доверяли безгранично.