Его главный собор посвящен написанной, по преданию, самим евангелистом Лукой Смоленской иконе Божьей Матери Одигитрии, или Путеводительницы, история которой не вполне выяснена. Известно, что икону привезли на Русскую землю в 1046 г.; римский император Константин IX Мономах, выдавая свою родственницу за черниговского князя Всеволода Ярославича, благословил ее в предстоящий путь этой иконой (отсюда и название – «путеводительница»); позднее сын Всеволода Владимир Мономах поставил ее в смоленский храм. Как она попала в Москву, в точности неизвестно, но наиболее вероятно, что икона, бывшая в Смоленске, перенесена в Москву в 1398 г. Софьей, дочерью великого князя Литовского Витовта, и оставлена в кремлевском Благовещенском соборе. В 1456 г. смоляне просили отпустить икону обратно, на что великий князь Василий Темный согласился, указав предварительно сделать с нее точную копию. Торжественные проводы иконы состоялись 28 июля, прощание с ней происходило у Саввина монастыря (ставшего потом приходской церковью Св. Саввы в Большом Саввинском переулке). Через много лет Смоленск был присоединен к Московскому княжеству, и около того места, где москвичи прощались с иконой-путеводительницей, князь Василий III основал девичий монастырь, в новопостроенный собор которого 28 июля 1528 г. перенесли список иконы.
Неоднократно монастырь служил оборонительным целям, становясь заслоном на пути завоевателей. Много претерпел он в Смутное время, когда Москва несколько раз подвергалась нападению польско-литовских интервентов. Новодевичий монастырь, превращенный в вооруженный лагерь, неоднократно переходил из рук в руки: известно, что в нем были расквартированы четыре роты из польского полка Гонсевского. Надо сказать, что и после Смутного времени, когда Новодевичий монастырь уже восстановили, в нем постоянно размещались ратные люди – стрельцы, казаки, вооруженные монастырские слуги и крестьяне. Специально для них в монастыре около угловых башен выстроили здания стрелецких караулен, имевших выходы не внутрь монастыря, а только на его крепостные стены.
Новодевичий монастырь стал одним из самых богатых и уважаемых в России, особенно после удаления в монастырь под именем монахини Александры царицы Ирины, вдовы царя Федора Иоанновича. В монастырь перед избранием на царство ушел ее брат, правитель государства Борис Годунов. Сюда, в Новодевичий монастырь, пришли толпы москвичей во главе с духовенством, призывая Годунова взойти на трон. В ночь на 22 февраля 1598 г., как эмоционально рассказывал Карамзин, «не угасали огни в Москве, все готовилось к великому действию – и на рассвете, при звуке всех колоколов, подвиглась столица… жители Московские, граждане и чернь, жены и дети устремились к Новодевичьему монастырю молить Бориса о приятии царского венца». И только после долгих уговоров, после трогательных сцен «все бесчисленное множество людей… упало на колена, с воплем неслыханным: все требовали Царя, отца, Бориса! Матери кинули на землю своих младенцев и не слушали их крика», в конце концов, Борис согласился быть царем России.
Особенно благоволила к монастырю царевна Софья, которая, думается, никак не предполагала, что ей придется окончить свои дни здесь в заточении.
После разгрома стрелецкого восстания Петр I приказал заключить Софью в монастырь, где ей отвели караульню около северо-западной Напрудной башни. После поражения Стрелецкого бунта и последующего розыска несколько стрельцов были повешены перед караульней, да «так близко к самым окнам Софьиной спальни, что Софья легко могла достать повешенных рукою», – свидетельствует очевидец.
Кроме Ирины и Софьи, из именитых монахинь в Новодевичьем монастыре жила и там же скончалась первая жена Петра – царица Евдокия. Против воли ее постригли, заключили в Шлиссельбург, потом в суздальский Покровский монастырь, а после восшествия на престол ее внука перевели в 1727 г. в Москву, в Новодевичий, отведя отдельное здание около северных ворот. У нее здесь был целый двор с гофмейстером, штатом служителей и немалым бюджетом в 60 тысяч рублей.
Практичный Петр старался получить непосредственную пользу от тысяч монастырских насельников по всей России – так, в Новодевичьем монастыре он учредил школу для кружевниц, в которой обучали этому ремеслу специально выписанные из Бельгии монашенки. Он не остановился и перед тем, чтобы поселить в женском монастыре старых заслуженных солдат: еще в 1763 г. в Новодевичьем монастыре квартировали три майора, два капитана и четыре поручика, получавшие от монастыря жалованье.
В 1812 г. монастырь уцелел благодаря храбрости монахинь – наполеоновские войска перед уходом заложили порох и зажгли фитили, но бесстрашные монахини сумели погасить их.
Новодевичий монастырь просуществовал тихо и мирно до наступления советской власти, когда он был упразднен и обращен в музей, став филиалом Исторического.