Министерству высшего образования СССР вменялось в обязанность «осуществить в 1958 году проектирование учебного корпуса для Новосибирского госуниверситета объемом в 60 тысю кубометров, общежитий для студентов на 1200 человек и жилых домов на 96 квартир и не позднее 1 марта 1958 года выдать проектное задание Академии наук СССР», Совету Министров РСФСР — «предусмотреть в плане капиталовложений на строительство объектов научного городка Сибирского отделения Академии наук СССР необходимые ассигнования на строительство зданий и оснащение Новосибирского госуниверситета».
Официально открыт 26 сентября 1959 в составе факультета естественных наук. В этот день в концертном зале Новосибирского театра оперы и балета состоялось торжественное собрание общественности города Новосибирска, посвященное открытию университета, на котором присутствовали министр высшего и среднего специального образования РСФСР Всеволод Столетов. Спустя еще три дня в университете начались занятия. Первую лекцию для студентов всех специальностей, темой которой были проблемы математической науки того времени, прочитал академик АН СССР Сергей Соболев. С тех пор по традиции первую лекцию для первокурсников НГУ читает один из ведущих ученых Новосибирского научного центра.
В 1960—67 годах из него выделились базовые факультеты НГУ — механико-математический, физический. геолого-геофизический и факультет естественных наук с отделением химии, и биологии, сформированы также экономический и гуманитарный. факультеты. В 1990-е — начале 2000-х годов в структуре НГУ образованы новые факультеты — иностранных языков, психологии, медицины, философский и юридический. В состав НГУ вошел Высший колледж информатики,
НГУ — университет особого типа. Его ключевой элемент — интеграция научной деятельности и образования. НГУ изначально формировался как неотъемлемая часть
Основу преподавательского корпуса НГУ составили ведущие сотрудники научно-исследовательских учреждений НИЦ. Уже к середине 1960-х годов доля преподавателей-совместителей достигла в НГУ около 75 % всех научно-педагогических работников и 90 % докторов и кандидатов наук, сохранившись на высоком уровне и в последующие годы. Обучение в университете базируется на принципе индивидуальной работы с преподавателями и ранней специализации студентов. Тесная интеграция с научным центром позволяет использовать для практических занятий лабораторную базу академических институтов.
В 2005 в НГУ обучалось более 6100 студентов. В его составе — 13 факультетов и 9о кафедр, многие из которых базируются в институтах НИЦ СО РАН. Обучение проводится по 20 направлениям и специальностям, в их числе математика, прикладная математика, механика, физика, химия, биология, медицинская биология, геология, экономика, социология, юриспруденция, менеджмент, журналистика, востоковедение, история, филология, философия, психология, программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем, вычислительные машины, комплексы, системы и сети. Общее число выпускников университета превысило 32 тысячи человек. Каждый четвертый выпускник ныне является кандидатом, каждый сороковой — доктором наук, около 30 чел. избраны в состав РАН. НГУ стал одним из ведущих в стране центров подготовки научной элиты; его выпускники работают не только в России, но и но многих странах мира.
Из 1700 преподавателей НГУ около 500 докторов и свыше 700 кандидатов наук. Среди заведующих кафедрами и профессоров университета — ученые с мировым именем, многие из них являются членами РАН. Подготовка специалистов высшей научной квалификации осуществляется на бале кафедр НГУ по 117 направлениям аспирантуры и 16 направлениям докторантуры. Ежегодно в НГУ проходит обучение около. 300 аспирантов и 20 докторантов, в т, ч. иностранных специалистов. В НГУ сформировалось более 110 научных школ. На базе НГУ и СО РАН открыта кафедра ЮНЕСКО, действует Российско-германский институт экономического образования.