Пока Мюнцер проповедовал, а крестьяне дивились небесному знамению, враги окружили их. Пленника-дворянина послали к князьям, прося пощады. Те снова требовали выдать Мюнцера. Крестьяне ответили, что сделают это, если на диспуте кто-либо его победит. Князья настаивали на своем.
И тут первые залпы пушек обрушились на крестьян. Они еще пели мюнцеров гимн, когда ядра стали разносить укрепления, наспех сооруженные из возов. Началась паника. Сопротивляющихся и бегущих убивали беспощадно. Резня продолжалась и на улицах города. Около 5 тыс. крестьян было уничтожено, лишь 600 взято в плен. Раненый Мюнцер был передан Эрнсту Мансфельдскому и подвергнут пыткам.
Мюльхаузен на унизительных условиях сдался на милость победителей. 54 человека, в том числе и Мюнцера, казнили. Этой победы князей было достаточно, чтобы по всей Тюрингии и в соседних землях отряды повстанцев стали неудержимо таять. Если пламя восстания не распространилось дальше на север и восток, то в значительной степени из-за разгрома под Франкенхаузеном. Хотя в отдельных районах вооруженные выступления крестьян продолжались летом и осенью 1525 г. (Пруссия, Верхняя Швабия), а в Зальцбурге и Тироле — ив следующем году, современники считали, что поражение повстанцев под Франкенхаузеном и резня, учиненная князьями, внявшими кровожадному призыву Лютера, фактически положили конец великому восстанию.
Реформацию и Крестьянскую войну многие историки вслед за Энгельсом считают раннебуржуазной революцией в Германии и обычно датируют 1517–1525/26 гг. Поэтому разгром мятежных крестьян толкуется как конец раннебуржуазной революции. Однако подобное мнение может быть принято лишь в том случае, если под «буржуазной революцией № 1» понимать только события, разыгравшиеся на территории Империи, да и то с оговоркой, что поражение Крестьянской войны было концом «критического эпизода» этой революции, но отнюдь не самого революционного процесса, продолжавшегося и в Германии, хотя в иных формах, и в других странах.
Западная Европа знала немало крупных крестьянских движений, но ни одно из них по своему размаху и значению не может сравниться с восстанием 1525 г. Огромные территории — от Швейцарии и альпийских земель до отрогов Гарца и Рудных гор — были охвачены мятежами. Во многих районах к восстанию присоединилась большая часть населения, способного носить оружие. Это сразу же выявило трудности, которые редко удавалось преодолевать: не хватало ни снаряжения, ни людей, могущих слить разрозненные выступления в единый и целенаправленный революционный поток.
Особую остроту нередко приобретали восстания на принадлежавших церкви землях: раздавались призывы секуляризовать церковные имущества и избавиться от подчинения духовным феодалам. По отношению к светским владетелям тоже проявлялась достаточная решимость. Крестьяне настаивали на уничтожении феодальной эксплуатации или, по крайней мере, требовали значительных послаблений. Восстание приобретало наибольший размах там, где дальновидные вожди осознали необходимость выступать в единстве с другими оппозиционными силами, дабы преобразовать общество в интересах всего народа. Но тем не менее Крестьянская война потерпела поражение. Как отмечал Энгельс, «местная и провинциальная раздробленность и неизбежно порождаемая ею местная и провинциальная узость кругозора привели все движение к гибели… ни бюргеры, ни крестьяне, ни плебеи не оказались способными на объединенное общенациональное выступление».
Хотя Крестьянская война бушевала во многих землях Германии, охвачена ею была лишь часть Империи. В Баварии происходили волнения, но правителям удалось удержать страну от всеобщего мятежа. В саксонских землях установившиеся раннеабсолютистские формы власти и соответствующие средства принуждения были действенно использованы для предотвращения восстания. В северных землях Империи положение крестьян было относительно благополучным. Тут натиск феодалов-землевладельцев на крестьянские права не носил еще всеобщего характера, обстановка была менее взрывоопасной.