Радикальные круги консисторий и кальвинистской буржуазии тем не менее не прекратили свою деятельность. Синод, тайно собравшийся в Генте 1 октября 1566 г., решил продолжить восстание. Возобновились выступления кальвинистов в ряде городов Фландрии и Брабанта. В конце октября богатые купцы-кальвинисты предложили Филиппу II 3 млн гульденов за введение свободы вероисповедания. Соглашение не состоялось, но сбор средств в этот фонд продолжался. Деньги использовались для набора войск, которые должны были снять осаду с Валансьенна, не допустить капитуляции Турне, поддерживать во Фландрии, Брабанте, Голландии выступления кальвинистов. Командирами отрядов оказались малоспособные люди, и правительственные войска уничтожали их поодиночке. В марте 1567 г. пали Турне и Валансьенн, войска кальвинистов были разбиты. В Западной Фландрии их разогнал бывший член Лиги господ граф Эгмонт. Правительственные войска 17 марта 1567 г. вошли в Амстердам. С иконоборческим восстанием — первым этапом Нидерландской революции — было покончено.
Принц Оранский, остановивший кальвинистские выступления в Антверпене, продолжал искать пути сговора с Филиппом II. Одной из последних попыток такого рода была его встреча с графом Эгмонтом 2 апреля 1567 г., где Эгмонт выступал в роли доверенного лица наместницы. Встреча закончилась безрезультатно; по преданию, оба ее участника обменялись пророческими словами. «Прощай, принц без владений», — сказал Эгмонт. «Прощай, граф без головы», — ответил принц, отбывший в родовую резиденцию дома Нассау в Империи — Дилленбург.
Неверие в силы народа, страх перед ним, своекорыстные личные, групповые и сословные интересы аристократии и дворян, двусмысленная позиция богатых купцов-кальвинистов и руководимых ими консисторий обрекли восстание 1566 г. на поражение; народ Нидерландов был отдан на расправу испанскому абсолютизму.
В августе 1567 г. в страну во главе карательной армии вступил Фернандо-Альварес де Толедо, герцог Альба. Образец испанского гранда, способный военачальник, посредственный политик и полный невежда в вопросах экономической жизни, герцог Альба отличался исступленным католическим фанатизмом и высокомерием. Топор палача и костер инквизиции были, по его мнению, единственно надежными средствами управления «недосожженными еретиками». Свою программу он сформулировал так: «Бесконечно лучше сохранить
Герцог Альба в сентябре 1567 г. учредил Совет по делам о мятежах получивший неограниченные права по рассмотрению дел всех участников мятежей и еретиков. Приговоры выносились без соблюдения судебной процедуры. Казненные исчислялись тысячами, еще большее число лиц изгнали из страны. В июне 1568 г. были казнены граф Эгмонт, адмирал Горн и ряд других знатных лиц. Альба стал председателем Государственного совета; компетенция всех трех советов была значительно урезана. Испанские войска вели себя в Нидерландах как в завоеванной стране. В 1569 г. уже действовали вновь созданные епископства и архиепископства.
Однако сотни смельчаков, получивших прозвище лесных гёзов, с оружием в руках скрылись в лесных и предгорных районах юга, уничтожая мелкие группы испанских войск и их пособников. Одним из главных районов их действий стали очаги иконоборческого восстания в Западной Фландрии — Дранутр, Бёшеп, Ньепп, Ниве Керке.
На севере многие матросы, рыболовы, портовый люд ушли в море. Они захватывали небольшие, но иногда груженные деньгами и драгоценными металлами испанские эскадры, нападали на прибрежные укрепленные пункты и гарнизоны испанцев, чинили суд над их пособниками и католическими клириками. С 1568 г. принц Оранский стал выдавать морским гёзам свидетельства на право ведения морской войны против испанцев, посылать к ним в качестве офицеров и капитанов кальвинистских дворян. До весны 1572 г. морские гёзы пользовались покровительством Елизаветы I и базировались в английских портах. Альбе пришлось создать специальный флот для борьбы с ними. Морские гёзы показали себя бесстрашными борцами за свободу родины.