Такому исходу способствовал ряд причин: зависимость южных провинций от испанских рынков сбыта и сырья, специфическая расстановка классовых сил и их незрелость, обострение лишений народных масс военным лихолетьем, массовая эмиграция в северные провинции наиболее радикальных слоев нарождавшейся буржуазии, увозившей с собой капиталы, секреты производства, связи с клиентурой. Революционные силы были дезориентированы деятельностью иноземных авантюристов, грабежами и насилием их солдат, репрессиями властей, изменами руководителей. Особенно пагубными оказались действия оранжистов. Не сепаратизм городов губил революцию и освободительную войну, а разложение народного единства оранжистской политикой беспринципных компромиссов и двуличной демагогией. Позиции же реакционных слоев дворянства, патрициата, бюргерства, духовенства, связанных со средневековьем и Испанией, усиливались: создавался тупик, революционные силы крестьянства подавлялись.
10 июля 1584 г. принц Оранский был убит в Делфте католическим фанатиком Балтазаром Жераром. До 1585 г. в Генеральных штатах и новом составе Государственного совета заседали еще представители Брабанта и Мехельна, до 1587 г. — Фландрии. Оранжистская прослойка в этих центральных органах оставалась значительной. Сохранялась приверженность к старым политическим мифам, в том числе вера в необходимость приглашения иноземного суверена. Однако герцог Анжуйский уже умер, Генрих III и Елизавета I, находившиеся в сложных внутренних и внешних условиях, отказались. Возобновились связи с турецким султаном, но он уклонялся от каких-либо акций против Испании.
Тем не менее английское правительство твердо усвоило представление о Нидерландах как о возможном грозном противнике. Поэтому туда был послан в качестве губернатора фаворит Елизаветы граф Лестер. Лишенный полководческих способностей, посредственный политик, но опытный интриган, Лестер в декабре 1585 г. прибыл в Соединенные провинции с инструкциями подорвать экономический потенциал страны, превратить ее в придаток Англии. Лестер запретил провинциям вести торговлю с Испанией, Францией и их союзниками. Зная о напряженности в отношениях между правящими слоями, консисториями и радикалами, он сталкивал их между собой, прикидываясь другом народа и поборником истинного кальвинизма. В войне с испанцами его армия терпела поражения, а подкупленные офицеры сдавали города и крепости. Ультимативное требование Генеральных штатов прекратить злоупотребления, вернуться к договорным отношениям и обеспечить успешные военные действия против испанцев он игнорировал. Перехват тайных инструкций из Англии, предписывавших Лестеру заключить мир с Филиппом II, разоблачил подлинные намерения Елизаветы и ее ставленника. Попытка поднять мятеж, чтобы захватить Амстердам и другие города, провалилась. Обманутые радикалы отвернулись от Лестера. В ноябре 1587 г. он отплыл в Англию. Лщпь эти события и опыт двукратного приглашения герцога Анжуйского вынудили правящие круги Соединенных провинций отказаться от подобных комбинаций и установить равноправные отношения с иноземными державами. Высшим органом власти стали Генеральные штаты, а государственный строй — республиканским.
Правящие круги научились проявлять известную осторожность. Появились и крупные национальные политические деятели, в частности Ян фан Олденбарнефелт, который стал ведущей фигурой в Генеральных штатах, фактическим руководителем внешней и внутренней политики Республики. Еще до прибытия Лестера сын принца Оранского Мориц Нассауский был назначен статхаудером Голландии и главным капитаном. В его лице страна приобрела выдающегося полководца и решительного политика. Морской флот Республики в 1588 г. внес достойный вклад в разгром Непобедимой армады Филиппа II. Внешнеполитическая обстановка улучшилась: отношения с Англией упрочились, Франция вошла в полосу очередных внутренних неурядиц. В 1592 г. Фарнезе с экспедиционной армией отбыл на помощь французской католической партии, а в 1596 г. Испанию постигло очередное банкротство. На этом фоне развернулись важные события: с 1589 по 1598 г. армия Морица. Нассауского восстановила целостность семи провинций и приобрела некоторые территории на юге. Более стабильной стала внутриполитическая жизнь Республики, значительный прогресс имел место в сфере экономики.
В первые годы XVII в. обстановка усложнилась. Глубокий рейд Морица Нассауского на юг со взятием Нивпорта был приостановлен не без участия Голландии, которая опасалась возрождения могущества Фландрии и Брабанта в случае их отвоевания. Положение Испании ухудшалось; в 1606 г. начались переговоры о перемирии. Очередное банкротство Испании 1607 г., военные неудачи побуждали ее к уступчивости. В 1609 г. было заключено перемирие до 1621 г. на условиях признания существующих границ, независимости Соединенных провинций, разрешения на срок перемирия торговли провинций с португальскими колониями в Ост-Индии, закрытия устья Шельды для торговли.