Во второй половине XVI в. правительство еще продолжает активно насаждать поместья. Казанские походы 1547–1552 гг., Ливонская война 1558–1583 гг. побуждали государство лихорадочно искать пути увеличения численности служилых людей. После присоединения Казани и Астрахани состав помещиков пополнился за счет казанских и астраханских ново-крещеиов. Поместная линия в политике достаточно ярко проявилась и в период опричнины (1565–1572 гг.).
К началу опричнины фонд дворцовых и государственных оброчных земель для раздачи в поместья был почти полностью исчерпан. Правительство не посягнуло на черносошные земли Поморья, поскольку экономически сильное крестьянство этого района было наиболее надежным плательщиком налогов и северные крестьяне обладали широкими правами владения землей вплоть до ее отчуждения. Со второй половины 60-х годов начинается массовое перераспределение поместных земель. Размер поместья сокращается, мелкие поместья дополняются урезками у «нетчиков», т. е. не явившихся на службу. При том, что преобладали небольшие поместья, поместные раздачи второй половины XVI в. и периода Смуты привели к возникновению и ряда крупных поместий.
Войны второй половины XVI в. потребовали крайнего напряжения финансовых сил страны. С середины XVI в. резко повышаются размеры налогов, устойчивость крестьянского хозяйства нарушается, что неблагоприятно отражается и на экономическом положении класса феодалов, в особенности светских землевладельцев. Число помещиков и вотчинников сокращается (значительная часть их погибла во время Ливонской войны и опричнины, часть была разорена). Экономическая эффективность поместной системы во второй половине XVI в. все же не вполне утратилась. Помещичьи «усадища» (барская запашка), обрабатываемые трудом холопов, были менее подвержены разорению, чем крестьянские хозяйства.
Законодательное установление крестьянской крепости в 90-х годах XVI в. способствовало сближению всех категорий феодального землевладения, ибо оно усилило и юридически оформило неполную собственность землевладельца на личность непосредственного производителя, а следовательно, увеличило его права собственности и на крестьянские земли. Постепенно условный характер земельной собственности помещиков проявил себя как источник их незаинтересованности в расширении своей хозяйственной деятельности. Время польско-шведской интервенции и крестьянской войны начала XVII в. оказалось чрезвычайно тяжелым для поместной системы. Усилилась хозяйственная нестабильность. Часть поместного фонда была перераспределена в вотчину по указам 1610 и 1618 гг. В пожалованных вотчинах барская запашка обслуживалась не столько холопами, как это было в поместьях, сколько крестьянами. Новое вотчинное хозяйство уже в 20—30-х годах XVII в. показало себя более жизнеспособным по сравнению с поместным. Для этого времени характерна тенденция разрушения крупного поместного землевладения. В 30-х годах XVII в. поместье и вотчина представляли собой еще разные типы хозяйства и поместная система была доминирующей, но будущее было за вотчинами нового типа — пожалованными. Фонд родовых вотчин мало изменился вследствие правительственных постановлений, всячески ограничивавших возможности их отчуждения в пользу частных лиц или духовных корпораций. Образование значительных площадей вотчинного землевладения в первой трети XVII в. шло за счет пожалования выслужными вотчинами. Перевод поместья в вотчину способствовал восстановлению хозяйственной стабильности. Соборное уложение 1649 г. разрешило обмен поместий на вотчины при условии регистрации сделок в Поместном приказе.
Феодальная собственность на землю сочеталась с крестьянским владением землей. Первая половина XVI в. характеризуется в Новгородской земле повсеместным ростом средней запашки на крестьянскую семью. Однако в результате хозяйственного кризиса в 70-х — первой половине 80-х годов XVI в. запашка крестьянского двора в новгородских пятинах сократилась в 2–3 раза и даже сильнее. В Поморье, где было крепкое черносошное землевладение, подобного сокращения не наблюдалось. В поморской деревне свободная мобилизация земельных участков влекла за собой концентрацию земли в руках наиболее обеспеченной части деревни, деревенских богатеев, и вела к обезземелению социальных низов деревни.
На протяжении XVI в. крестьяне все больше привлекались к обработке барской пашни, хотя в ряде владений еще в конце XVI — начале XVII в. основными исполнителями барщины были не крестьяне, а холопы. В дворцовых, церковно-монастырских и частновладельческих землях центра в XVI в. крестьянские дворы и участки подразделялись на оброчные и барщинные. В XVII в. это деление исчезает: все дворы одного имения несут одинаковые повинности — как оброчные, так и барщинные.