Разросшийся культ Великого князя Николая Николаевича поначалу охотно поддерживался властями, считавшими, что «вера армии и народа в вождя – первый залог успеха». Со временем, однако, пропаганда превращает его фактически во второе лицо империи, и слухи становятся всё более фантастическими: «Николаю Николаевичу, может быть, доверяют, но государю никто не доверяет. Он баба, даже хуже бабы», «Нужно молиться за воинов и Великого князя Николая Николаевича. За Государя же чего молиться. Он снарядов не запас, видно, прогулял…», «Государь Император продал Перемышль за 13 миллионов рублей, и за это Верховный главнокомандующий Великий князь Николай Николаевич разжаловал царя в рядовые солдаты», «наша Государыня передаёт письма германцам. Если бы я был на месте Николая Николаевича, я бы ей голову срубил».
Со временем культ Николая Николаевича начал вызывать всё более сильное раздражение царя и царицы. Как Верховный главнокомандующий, он имел значительную власть и над гражданскими ведомствами, которой активно пользовался, фактически потеснив царя. Дошло до того, что в народе начали ходить портреты великого князя с надписью «Николай III», одна из его телеграмм, вопреки придворному этикету, оказалась подписанной «Николай» вместо «Николай Николаевич» (на что имел право только царь), а официальные документы Ставки начинают имитировать стиль царских манифестов.
Императрица Александра Фёдоровна в своих письмах неоднократно «давит» на царя, требуя снять Николая Николаевича, к этим требованиям присоединяется и Распутин. По её утверждениям, Николай Николаевич стал «чем-то вроде второго императора», или даже намерен сместить Николая II, став новым царём. Дворцовый комендант Воейков В. Н. в своих воспоминаниях указывает: «Вмешательство Ставки в дела гражданские в ущерб делам военным стало всё возрастать. Корень этого зла лежал в том обстоятельстве, что, когда писалось положение о Верховном главнокомандующем на случай войны на нашем Западном фронте, предполагалось, что во главе армии будет стоять лично сам Государь. При назначении Верховным главнокомандующим Великого князя Николая Николаевича вопрос этот был упущен из вида, чем и воспользовался генерал Янушкевич, чтобы от имени Великого князя вмешиваться в вопросы внутреннего управления. Это породило ненормальные отношения между Ставкой и верховным правлением государства; некоторые из министров, желая застраховать своё положение, ездили на поклон в Барановичи, где получали предписания, часто противоречащие Высочайшим указаниям. Немалую роль играли в ставке и журналисты, за ласковый приём платившие распространением путём прессы популярности великого князя, искусно поддерживаемой либеральными кругами, в которых он стал сильно заискивать после пережитых им в 1905 году волнений».
Всё это кончилось тем, что 4 августа 1915 года царь переместил Великого князя на должность командующего Кавказской армией, назначив Верховным главнокомандующим себя. Это назначение вызвало протесты, в том числе и матери царя, вдовствующей императрицы Марии Фёдоровны, записавшей в своём дневнике 12 (25) августа 1915 года: «Он начал сам говорить, что возьмёт на себя командование вместо Николаши, я так ужаснулась, что у меня чуть не случился удар, и сказала ему, что это было бы большой ошибкой, умоляла не делать этого особенно сейчас, когда всё плохо для нас, и добавила, что, если он сделает это, все увидят, что это приказ Распутина. Я думаю, это произвело на него впечатление, так как он сильно покраснел. Он совсем не понимает, какую опасность и несчастье это может принести нам и всей стране».
Генерал Деникин в своей работе «Очерки русской смуты» отмечает, что с принятием Николаем II Верховного главнокомандования фактическим главнокомандующими, конечно, стал не он сам, а его начальник штаба (первый заместитель): «Генералитет и офицерство отдавали себе ясный отчёт в том, что личное участие Государя в командовании будет лишь внешнее, и потому всех интересовал более вопрос: кто будет начальником Штаба? Назначение генерала Алексеева успокоило офицерство. Что касается солдатской массы, то она не вникала в технику управления; для неё Царь и раньше был верховным вождём армии, и её смущало несколько одно лишь обстоятельство: издавна в народе укоренилось убеждение, что Царь несчастлив».
Судя по всему, военное сообщество всё-таки восприняло назначение негативно; адмирал Колчак отметил, что «Николай Николаевич являлся единственным в императорской фамилии лицом, авторитет которого признавали и в армии и везде»; по оценке генерала Брусилова: «В армии знали, что Великий князь неповинен в тяжком положении армии, и верили в него как в полководца. В искусство же и знание военного дела Николаем II никто (и армия, конечно) не верил… Впечатление в войсках от этой замены было самое тяжёлое, можно сказать, удручающее». Лично я склонен доверять Брусилову и в этом случае!