В этом же году был проведен следующий «разбор» служилых городов и было решено в полноценную службу записывать только тех дворян и детей боярских, кто имел определенное количество крестьянских дворов, а остальных переводить в «рейтарскую» службу. Эта мера являлась шагом на пути к созданию регулярной армии. К числу таких мер относилась и ликвидация важнейшей должности дворянского самоуправления в уездах — губного старосты, передача его функций воеводам. Усиление власти воевод сопровождалось милитаризацией управления, создавались военные округа — разряды — для большего удобства в комплектовании войска и взимании налогов. Разряды, как это показал еще П. Н. Милюков, были предтечами петровских губерний.
С окружной организацией была связана «полковая роспись» 1681 г., согласно которой войско разделялось на 8 корпусов, связанных каждый со своим разрядом. Реформаторы того времени и, прежде всего, боярин В. В. Голицын, выдвинувшийся в конце царствования Федора на первые роли, хотели пойти дальше и вынашивали планы областной реформы, которые предусматривали новое расписание военных и гражданских чинов по 34 степеням и рангам и введение в крупных городах должности наместников.
Все эти мероприятия подготовили знаменитую отмену местничества, что было сделано с привлечением выборных из городов (1682). Теперь царь мог назначать на государственные и военные должности, учитывая способности и заслуги претендента, а не древний порядок чиновной иерархии. Впрочем, эта реформа породила и определенную нестабильность в верхах, что было особенно опасно в условиях борьбы двух упомянутых кланов. Борьба эта развернулась с особой силой после смерти Федора в 1682 г. На престол поначалу был посажен Петр, с чем, однако, не пожелали смириться Софья и ее приверженцы.
Орудием в их руках стала такая сила, как стрельцы. В это время стрельцы, составлявшие значительную часть войска, были недовольны своим положением. Наряду с военными обязанностями, они должны были заботиться о хлебе насущном, опираясь в этой заботе только на свой не очень большой участок земли. Они подвергались издевательствам и эксплуатации со стороны полковников — дворян, посягавших даже на их скудное жалование.
15 мая 1682 г. Софья и ее приверженцы спровоцировали стрелецкий мятеж, в ходе которого были перебиты многие сторонники Н. К. Нарышкиной. Петр остался царем, но на престол был возведен и его старший брат, слабоумный Иван — сын Алексея от первого брака. Реальная же власть оказалась сосредоточенной в руках Софьи.
Наталье Кирилловне и ее сыну пришлось поменять кремлевские палаты на подмосковное село Преображенское. Здесь в военных «экзерцициях» проводил время будущий великий преобразователь России. Из своих сверстников он сформировал потешные полки (Семеновский и Преображенский) и устраивал между ними настоящие сражения. Живой, пытливый ум Петра жадно тянулся ко всему новому, необычному. Так, подлинной страстью молодого царя уже тогда стали кораблестроение и мореплавание.
Софье же пришлось столкнуться с главой стрелецкого приказа И. А. Хованским и его окружением. Опираясь на Боярскую думу, она смогла расправиться со своим противником, что уменьшило и ее собственные силы, в свою очередь, усилив Думу. Регентство Софьи, «последнее в русской истории думное правление, когда Боярская дума не была ограничена сверху сильной монархической властью» (А. С. Лавров). Это отразилось и на активной деятельности думных комиссий, для которых этот период стал временем расцвета.
Однако отношения между Софьей и Петром обострялись из года в год и вскоре неизбежным стало открытое столкновение. Августовской ночью 1689 г. Петру донесли о готовящемся походе сторонников Софьи на Преображенское. Испуганный Петр бежал под защиту могучих крепостных стен Троице-Сергиевой лавры, куда на помощь ему прибыли потешные полки. События 1689 г. показали падение роли традиционных для России институтов власти. Если дворянское ополчение не пришло к Петру, то и Боярская дума не смогла повлиять на исход конфликта.
Все решили стрелецкие полки, которые перешли на сторону Петра. Софья, оказавшаяся без поддержки, была заточена в Новодевичий монастырь.
Реальная власть в стране сосредоточилась в руках родственников Натальи Кирилловны. У Петра же появились новые увлечения и новые друзья: иностранцы из так называемой Немецкой слободы (Кокуй). Среди них были разные люди, по разным причинам приехавшие в Россию. Общаясь с ними, Петр открывал для себя мир Западной Европы. Здесь у него была и «дама сердца» — Анна Монс, к которой он стремился тем сильнее, чем хуже становились его отношения с женой — Евдокией Лопухиной.
Как рыба в воде чувствовал себя Петр и среди военных потех. Именно война и стала первым серьезным делом царя на ниве правления огромным государством.