Расположение русских войск позволяло Наполеону надеяться на их разгром по частям. Этого, однако, не произошло. Русские войска начали отходить на восток, искусно маневрируя и избегая генерального сражения. В процессе отступления уничтожались все склады и продовольственные запасы, что поставило неприятельскую армию в весьма затруднительное положение, поскольку она вскоре начала испытывать недостаток провианта. Ведя тяжелые арьергардные бои, русские солдаты и офицеры демонстрировали высокое мужество и мастерство, французы несли крупные потери. В конечном счете 1-я и 2-я армии смогли соединиться у Смоленска. Багратион и Барклай-де-Толли придерживались разных взглядов относительно характера военных операций. Багратион настаивал на сражении с Наполеоном, тогда как Барклай-де-Толли, рассчитывая выиграть время и измотать неприятеля, высказывался за продолжение отступления. В конце концов общая неблагоприятная обстановка и численный перевес неприятеля вынудили русские войска оставить Смоленск. Надежды Наполеона навязать им генеральное сражение не оправдались. Оборонявшие Смоленск корпуса Н. Н. Раевского и Д. С. Дохтурова нанесли французам большой урон в живой силе. В ходе ожесточенных боев Наполеон потерял 20 тыс. человек, французская армия, утомленная длительными маршами, начала терять боевые качества (все большие размеры приобретало мародерство и дезертирство).
Тем не менее неприятель продолжал продвигаться в глубь России, приближаясь к Москве. Боевой дух русских войск был исключительно высок. Солдаты и офицеры все активнее выражали недовольство действиями Барклая-де-Толли. В армии, рвавшейся в решительный бой, распространялись слухи о его измене. Вторжение французов вызвало в стране мощное патриотическое воодушевление, охватившее самые широкие слои населения. «Война теперь не обыкновенная, а национальная», — писал в одном из своих донесений Багратион. Наполеону пришлось столкнуться в России не только с армией, но и со всем народом.
На положении русских войск между тем негативно отражалось отсутствие единого руководства. Царь, первоначально претендовавший на роль главнокомандующего и находившийся на театре военных действий, по совету своих приближенных уехал из армии. Багратион, формально подчинявшийся Барклаю-де-Толли, фактически мало считался с ним. Отношения между обоими военачальниками после сдачи Смоленска обострились до предела. В конечном счете под нажимом столичного дворянства 8 августа 1812 г. Александр I назначил главнокомандующим М. И. Кутузова, которому, таким образом, отныне, как справедливо отметил один из крупнейших отечественных историков Е. В. Тарле, суждено было «навсегда стать в памяти людей истинным представителем русского народа в самую страшную минуту существования России».
Опытный полководец (ему шел 67-й год), участник суворовских походов, Кутузов поддерживал в армии веру в близость перелома в войне, но отказался от немедленного сражения с неприятелем и продолжал отвод войск на восток. Лишь 26 августа 1812 г. примерно в 100 км от Москвы у села Бородино разыгралась грандиозная битва, ставшая одним из наиболее знаменательных событий в летописи русской боевой славы. Численность французских войск равнялась 134 тыс. человек. Кутузов, как традиционно считалось в нашей историографии, располагал 120–132 тыс. человек. Новейшие исследования (Н. А. Троицкого, С. В. Шведова) определяют численность русских войск в 155–157 тыс. человек. Сражение отличалось исключительным ожесточением. Обе стороны несли огромные потери: русские — 44 тыс. человек, а французы примерно 50 тыс. человек. Несмотря на героическое сопротивление русских войск, Наполеону удалось захватить такие важные пункты позиции Кутузова, как Багратионовы флеши, батарею Раевского. Однако решить главную задачу — разгромить русскую армию — Наполеон все же не смог. Мужество русских солдат и офицеров, огромные потери надломили боевой дух французской армии, пошатнули ее уверенность в успехе. Бородинская битва стала великой победой России в нравственном и политическом отношении.
Русская армия была готова продолжать борьбу. Однако Кутузов не хотел рисковать. На военном совете в подмосковной деревне Фили главнокомандующий принял решение оставить Москву. 2. сентября 1812 г. французская армия вошла в древнюю столицу России. Почти все жители Москвы оставили родной город и ушли вслед за войсками Кутузова. Последний, совершив искусный маневр, вышел на Калужскую дорогу и расположился у села Тарутино. Русская армия тем самым прикрыла не разоренные войной черноземные губернии, Тулу с ее оружейными заводами. Войска смогли отдохнуть и получить пополнение.