Новый отдел № 18. названный "проектным", возглавил доктор технических наук, лауреат Сталинской премии Л. И. Маслов, бывший главный конструктор крейсеров пр. 26. 26бис и 68. В 1949 г. отдел состоял из девяти человек, включая автора. Отдел интенсивно развивался, через четыре года был преобразован в Проектно-исследовательское бюро (ПРИБ), а затем в отделение института, функционирующее но настоящее время. Начальниками 18 отдела – ПРИБа – первого отделения последовательно были: Л. И. Маслов, Н. П. Дубинин, Л. Л. Гордон, А. Д. Скурихин, В. В. Дмитриев, А. М. Васильев и В. Н. Поляков. В начале задачей отдела было только составление заключений по всем проектам кораблей, судов и плавсредств, разработанных в ПКБ. ОКБ и СКВ MCП, при этом специализированные отделы представляли свои замечания в отдел № 18, и котором проводилось сопоставление проектируемого корабля с его последними отечественными предшественниками и новейшими зарубежными аналогами. Затем в отделе начали выполняться НИР по разработке предложений, улучшающих отдельные характеристики корабля, и т. д. вплоть до разработки отделением в 1970-1980-е годы предложений по перспективным кораблестроительным программам. При jtom в отделе с самого начала его образования имела место специализация сотрудников по массам кораблей. Автор специализировался на малых боевых кораблях (от сторожевиков до торпедных катеров). поскольку уже имел определенный опыт в этой области.
В начале послевоенного периода ПМК были "самыми строящимися" кораблями в СССР и в начале 1950-х годов в МСП был проведен специальный НТС. посвященный ходу их строительства. В отделе № 18 к тому времени было выполнено две НИР по тематике ПМК. результаты которых были доложены на НТС: анализ весовых нагрузок ПМК, на основании которого были разработаны рекомендации по уменьшению их водоизмещения, и выбор материала корпуса этих кораблей в ближайшем будущем – стеклопластик и маломагнитная сталь.
Директор института В. И. Першин уделял должное внимание развитию Г1МК и. в частности, проявлял интерес к созданию прорывателей минных заграждений (пр. 322). По его инициативе в отделе броневой и конструктивной зашиты было выполнено две НИР по этой тематике. Работы по новым ПМК велись в институте в тесном контакте как с НИМТИ. так и с НИИ-400.
Ходовые, мореходные и маневренные качества новых ПМК отрабатывались в бассейнах института под руководством И. В. Гирса и Г. А. Фирсова, а прочностные и вибрационные – на стендах под руководством Г. С. Чувиковского и Н. Г. Беляковского. Решением вопросов взрывостойкости и конструктивной защиты последовательно руководили: Н. М. Белов, В. В. Беспалов. А. А. Александров и Н. С. Каратеев. Особенно большой объем работ в институте был выполнен в части защиты ПМК по физическим полям. Работы в области магнитной защиты ПМК велись последовательно под руководством И. М. Фомина, С. И. Самойлова. Л. А. Рудни, Е. П. Лапицкого и Р. А. Павловского, В. П. Копченова; активное участие в этих работах принимали А. А. Легчилин. И. И. Гусев. С. Т. Гузеев, Э. П. Рамлау, Э. С. Качанов. Ю. И. Назаров, М. Г. Струнский, И. П. Краснов и др. Работами в области акустической защиты ПМК последовательно руководили М. Я. Минин, М. Б. Якубовский и Г. А. Хорошев; активное участие в работах принимали М. М. Мачавариани, А. С. Никифоров, Д. Д. Плахов. В. А. Постников. В. А. Колышницын. Л. Я. Гутин и др. Вопросами зашиты по гидродинамическому каналу взрывателей занимался Г. Н. Иванов.
О внимании, уделяемом в ЦНИИ-45 вопросам изучения физических нолей корабля, можно судить по тому, что в нем еще в 1960-х годах была учреждена должность заместителя директора по этому вопросу, на которую был назначен Г. А. Хорошев.
Особое место в деятельности ЦНИИ-45 занимали работы по внедрению стеклопластика в кораблестроение. Фактически руководителем этого направления работ в масштабе отрасли был начальник отдела института Б. П. Соколов. Активное участие в этих работах принимали М. К. Смирнова, В. А. Антипов, Н. Н. Фелонюк и др.
Директорами ЦНИИ-45 – ЦНИИ им. акад. А. Н. Крылова после В. И. Першина последовательно были Н. Н. Бабаев. А. И. Вознесенский. Г. А. Матвеев. В. В. Дмитриев. В настоящее время институт возглавляет академик РАН В. М. Пашин.