Советское правительство решило вернуться к проведению в жизнь постановления 1929 года о религиозных объединениях. Вспомнили, что решение, принятое Собором в 1945 году, касающееся организации приходов, противоречит Постановлению. Совет по делам Русской Православной Церкви потребовал, чтобы Церковь согласовала свой Устав с гражданским законодательством. В результате, когда Патриарх пригласил епископов 18 июля 1961 года на праздник преп. Сергия в Загорск, после богослужения, их, не введя предварительно в курс дела, собрали и заставили тут же срочно одобрить изменения, о которых шла речь: отныне руководство приходами вновь отдавалось под начало органа, состоящего из трех светских лиц, а священникам предлагалось заниматься исключительно богослужением. Таким образом они были низведены до положения наемных работников для совершения служб в храме. Власти теперь могли - и это было главной их победой - назначать в эти приходские органы своих людей, а те как бы самостоятельно принимали решение о закрытии той или иной церкви. Архиерейский Собор 1961 г. был проведен с нарушением всех правил Церкви, а текст нового Устава противоречил ее традициям. Из епископов лишь один предпринял какие-то попытки аннулировать это решение. Речь идет о владыке Гермогене (80). Человек выдающийся и решительный, из числа тех, кого обычно называют, "князьями Церкви". В Московской духовной академии еще до революции он учился у отца П. Флоренского. Рукоположен был Патриархом Тихоном, и затем стал наместником Киево-Печерской Лавры, потом был отправлен в ГУЛАГ на десять лет. В 1956 году хиротонисан в епископы и назначен в Ташкент, где проявил предельную твердость и не позволил закрыть в своей епархии ни единого храма. Ему даже удалось перестроить и расширить свой кафедральный собор. Это сделало его весьма популярным среди верующих, но именно за это его убрали из Ташкента и некоторое время он оставался без епархии.
Другие епископы смирились, полагая, что всякое сопротивление бесполезно. Как-то один епископ сказал: "Часто я себя спрашиваю, правильно ли мы делаем, что молчим и не изобличаем открыто то, что творится в Церкви и какие она переживает трудности? Другой раз мне становится противно и я хочу все бросить и уйти на покой. И совесть меня упрекает, что я этого не делаю. Но потом та же совесть говорит мне, что нельзя бросать верующих и Церковь. А ведь выступить с обличением или даже открыто критиковать церковные порядки, это значит, в лучшем случае, быть сразу же отстраненным от всякой церковной деятельности, а все равно ничего не изменится" (81).
Именно в это время в 1961 году Гагарин совершил первый полет в космос. Этот подвиг как бы свидетельствовал об окончательном триумфе Советской техники и науки вообще. Кроме того, Гагарин привез неопровержимое свидетельство о том, что Бога нет. Он его не встретил на небе! В том же году собрался XXII съезд партии, где была принята новая программа построения коммунизма. Парадоксально, но в то же время с этим съездом связан новый этап десталинизации. Доклады против страшных сталинских методов произносились на нем с такой резкостью, что Солженицын, прочитав его материалы, решил не таиться больше и опубликовать свою повесть "Один день Ивана Денисовича". И она действительно вышла в 1962 году.
Между тем, интеллигенция, будущие диссиденты и правозащитники, и пальцем не пошевелили, чтобы защитить Церковь! Причем отнюдь не из трусости и даже не по равнодушию и не потому, что считали нормальной тогдашнюю ситуацию, а в силу того, что Церковь была так хорошо упрятана в свое гетто, так хорошо изолирована от общества, что они просто не заметили репрессий, которые обрушились на нее. В это время лишь несколько одиноких голосов, изобличавших антирелигиозную кампанию и закрытие монастырей и церквей, раздались публично. Главная заслуга принадлежит здесь Анатолию Левитину (82), пустившему по каналам самиздата резкие статьи в защиту веры. Это был очень яркий человек, которого с детства влекло к Церкви; рукоположенный в сан диакона одним из обновленческих епископов, он был чуть ли не единственным в стране приверженцем системы, примирявшей христианство с социализмом. Он было вышел из ГУЛАГа, однако, вскоре из-за своего бесстрашия попал туда снова. Другой материал, распространенный самиздатом, в ответ на выступления публично отрекшихся священников, принадлежал перу отца Сергия Желудкова(83). Он жил в Пскове, где гражданские власти запретили ему служить. Как и Левитин, он в юности начинал у обновленцев, но не потому, что был готов подписаться под их политической программой, а в силу того, что надеялся на глубокую реформу Церкви. Его заботил диалог с неверующими и "анонимными христианами". Лишь в последующие десятилетия станет он известным.