В массе высоких оценок трудов Иакинфа раздавались, однако, голоса его противников и ожесточенных хулителей (Греч, Булгарин, Клапрот), среди которых выделялся О. И. Сенковский. Как ни парадоксально, но Сенковский более всего негодовал по поводу того, что Иакинф пользовался в своих работах не западноевропейскими, а русским языком. "Мы часто сожалеем, читая труды почтенного отца Иакинфа, — писал он, — что он не издает сочинений по-французски или английски. Русский язык до сих пор оставался и долго еще останется вне круга ученых европейских прений о предметах восточных, а самая запутанность, в которую повергнуты эти предметы гипотезами известных ориенталистов, еще увеличивается от появления нового диспутанта, изъяснявшегося на языке, не получившем права гражданства в ориенталистике". Сенковский сокрушался о том, что "все это потеряно для науки, потому что писано на языке, который еще не имеет прав на известность в ученом свете" {Сенковский О. И. Собр. соч., т. VI. СПб., 1859, с. 27–28.}.
Нетрудно понять законный гнев, который вызывали подобные упреки у человека глубоко патриотических взглядов. Отвергая такого рода суждения, Иакинф подчеркивал: "Если бы мы, со времен Петра Первого доныне, не увлекались постоянным и безразборчивым подражанием иностранным писателям, то давно бы имели свою самостоятельность в разных отраслях просвещения. Очень неправо думают те, которые полагают, что западные европейцы давно и далеко опередили нас в образовании, следовательно, нам остается следовать за ними. Эта мысль ослабляет наши умственные способности, и мы почти в обязанность себе ставим чужим, а не своим умом мыслить о чем-либо. Эта же мысль останавливает наши успехи на поприще образования в разных науках. Если слепо повторять, что напишет француз или немец, то с повторением таких задов всегда будем позади, и рассудок наш вечно будет представлять в себе отражение чужих мыслей, часто странных и нередко нелепых" {"Москвитянин", 1844, № 3, ч. II, с. 170.}.
Трезвые и убедительные эти высказывания Иакинфа были тем более значимы, что он хорошо знал древние языки — латинский и греческий, свободно владел французским, знал немецкий, не говоря уже о китайском языке и письменности, которые он изучил профессионально.
Аналогичные критические соображения Иакинф выражал не однажды, отвечая своим оппонентам: "Привычка руководствоваться чужими, готовыми мнениями, неумение смотреть на вещи своими глазами, неохота справляться с источниками, особенно изданными на отечественном языке: своему-то как-то не верится, то ли дело сослаться на какой-нибудь европейский авторитет, на какого-нибудь иноземного писателя, хотя тот также не имел понятия о деле {"Финский вестник", 1847, № 5, разд. IV, с. 3.}.
Научная требовательность и незаурядная эрудиция Иакинфа нашли свое яркое выражение и в его острых полемических выступлениях по важным проблемам современной ему жизни. Отстаивая свои взгляды, основанные на тщательном исследовании исторических материалов, Иакинф, в частности, решительно осуждал пангерманские теории о происхождении тянь-шаньских племен усунь, которые, по утверждению немецких и других западноевропейских историков, представляли собой прагерманские племена. Подчеркивая несостоятельность подобных концепций, Иакинф указывал на то, что в усуньских племенах "даже запаху германского не было". Едва ли не одним из первых в России Иакинф возвысил голос против расистских теорий, проповедовавшихся западноевропейскими учеными, которые, отмечал он, "еще обоняют в Чжунгарской атмосфере запах германизма… До каких нелепых заключений не доводит нас тщеславное стремление к открытиям при руководстве мечтательных предположений" {"Москвитянин", 1844, ч. I, с. 162.}. Столь же непримиримым был Иакинф и в отношении расистской концепции относительно усуньских племен, сторонники которой пытались доказать их финское происхождение лишь потому, что у них были "русые волосы и голубые глаза".
Так, в противоположность господствующему мнению европейских ученых своего времени, Иакинф выдвигал свое собственное, согласно которому монголы издавна населяют обширные территории Центральной Азии, хотя и получили свое современное название лишь в XIII веке.
В духовной жизни той эпохи важная роль принадлежала идеям декабристов, сосланных в Сибирь после восстания 1825 года в Петербурге. Являясь выдающимися деятелями своего периода, эти передовые люди России вели неустанную работу по просвещению среди сибирского населения, способствуя распространению демократических взглядов о народах Азии. Проявляя большой интерес к Китаю, Монголии, Японии и другим зарубежным странам Дальнего Востока, декабристы в немалой степени содействовали становлению отечественного востоковедения, развивавшегося на путях русской передовой прогрессивной науки. В результате в первой половине XIX века в России были заложены серьезные научные основы русской ориенталистики, которая в дальнейшем стала играть ведущую роль в мировом востоковедении.