Атагуальпа был признан виновным в незаконном захвате престола, в убийстве своего брата Гуаскара, в растрате золота страны, что нанесло ущерб испанской короне, в идолопоклонстве, в многоженстве, в попытке поднять восстание против законных властителей Перу – испанцев и т. д. За все эти преступления «суд» приговорил его к публичному сожжению на костре. Но так как Атагуальпа в конце концов согласился принять крещение, чтобы только отвязаться в последние часы своей жизни от назойливого Вальверде, то новообращенного, в виде особой милости, не сожгли, а задушили тетивой от лука. Казнь Атагуальпы была повторением печальной истории властителя ацтеков Куаутемока. Эти два злодейства резко выделяются даже среди бесчисленных
зверств испанцев в Америке, где завоеватели не останавливались ни перед какими позорными преступлениями!
Правда, в разношерстном сборище авантюристов нашлось все же несколько человек, сохранивших чувство чести и собственного достоинства. Они пытались было протестовать во имя поруганной и преданной справедливости, но их слабые голоса были заглушены корыстолюбивыми речами Писарро и его сообщников.
После казни Атагуальпы Писарро облек «верховной властью» одного из его сыновей, совсем еще юношу, но тот вскоре умер, как полагают, отравленный кем-то из партии Гуаскара. Борьба между двумя братьями-инками и все события, имевшие место со времени прибытия испанцев, значительно ослабили ту связь, какая всегда существовала между перуанцами и их властителями. Поэтому Писарро очень обрадовался, когда к нему явился Манко, сын убитого Гуаскара, с изъявлениями преданности и покорности. Несмотря на то, что Писарро торжественно короновал его в Куско, новый «государь» пользовался не большим влиянием, чем его скоропостижно скончавшийся предшественник. В стране началось брожение. Империя стала распадаться. Правитель Кито, Руминагуи, приказал убить брата и детей Атагуальпы и объявил себя главою независимого государства.
Испанцы умело воспользовались внутренними раздорами в стране. Писарро стремительно двинулся на Куско, решив, что теперь у него достаточно сил, чтобы покорить столицу Перу. В гавани Сан-Мигель высаживались толпы авантюристов, соблазненных рассказами о перуанских сокровищах, и спешили присоединиться к Писарро. Под его начальством собралось уже пятьсот человек, не считая значительного отряда, оставшегося в крепости Сан-Мигель во главе с Белалькасаром.
Во время похода на Куско происходили стычки с большими отрядами перуанцев, но все они кончились для них тяжелыми потерями и самыми ничтожными для завоевателей. 15 ноября 1533 года испанцы вступили в Куско и немедленно овладели городом. Но здесь их ждало разочарование: золота и драгоценных камней удалось собрать гораздо меньше, чем они ожидали, хотя добыча и превысила в общем сумму выкупа Атагуальпы. Потому ли испанцам показалось этого мало, что они уже «освоились» со сказочными богатствами страны, или потому, что теперь стало больше желающих принять участие в дележе?
Между тем Белалькасар, которому наскучило бездействие, воспользовался подкреплением, прибывшим из Никарагуа и Панамы, и отправился в Кито, где, по словам перуанцев, Атагуальпа оставил большую часть своих богатств. С отрядом из восьмидесяти всадников и ста двадцати пехотинцев он разбил войско Руминагуи, преградившее ему путь, и благодаря своему мужеству и ловкости вступил победителем в Кито. Но ему пришлось испытать еще большее разочарование: сокровищ Атагуальпы в Кито вовсе не оказалось. По-видимому, они были предусмотрительно вывезены и спрятаны жрецами.
Не успел Белалькасар укрепиться в завоеванном городе, как на сцену неожиданно выступило новое действующее лицо. На перуанском побережье высадился с крупными силами сподвижник Кортеса, губернатор Гватемалы Педро де Альварадо. Прикинувшись, будто он не знает, что провинция Кито подлежит ведению Писарро, новый претендент на завоевание Перу организовал экспедицию из пятисот человек, в числе которых было более двухсот всадников. Альварадо рассчитывал первым дойти до Кито, а потом уже отстаивать права фактического владельца. Высадившись в Портовьехо, он решил добраться до Кито без проводников, но выбрал по неведению самый худший и труднейший путь через Анды. После страшных страданий от жажды и голода, не говоря уже о горячем пепле извергающегося вулкана Чимборасо и о глубоких снегах на горных перевалах, экспедиция Альварадо, потеряв пятую часть своих участников и половину лошадей, достигла, наконец, долины Кито. Оставшиеся в живых были так измучены, что потеряли всякую боеспособность.
Как только Писарро узнал о высадке Альварадо, он немедленно послал на спорную территорию своего компаньона Диего де Альмагро, поручив ему предварительно зайти в Сан-Мигель за подкреплением. Не застав в крепости Белалькасара, раздосадованный Альмагро отправился в поход на Кито с теми незначительными силами, которые были в его распоряжении.