В 1942 году Лоренца мобилизовали в немецкую армию как военного врача, несмотря на то, что он никогда не занимался медицинской практикой. Его военная служба началась по специальности «психиатрия и неврология» в госпитале, дислоцировавшемся вначале на территории Польши, в Познани, позже под Витебском (Белоруссия), где ему пришлось около месяца выполнять обязанности полевого хирурга. Известно, что в познаньском госпитале в это время проводились «исследования» польско-немецких полукровок, в том числе на предмет их психической полноценности, и Лоренц, по-видимому, принимал в них участие, хотя и в низкой должности; сам он никогда не комментировал это.
В мае 1944 года при отступлении немецких войск Лоренц попал в плен. Судьба забросила будущего лауреата Нобелевской премии в лагерь военнопленных под Кировом, где он целый год вел отделение на 600 коек; он научился говорить по-русски.
Затем были другие лагеря; около полутора лет Лоренц провел в Армении, под Ереваном. В плену «профессор», как его все называли, написал книгу. За неимением тетрадей писал он на кусках мешков из-под цемента, пером ему служил гвоздь, чернилами — раствор марганцовки. Название, «Оборотная сторона зеркала», подсказал товарищ по заключению, некий Циммер. При публикации автор предпослал ей также подзаголовок: «Опыт естественной истории человеческого познания».
Когда подошло время репатриации австрийцев, призванных в нацистскую армию, «профессору» позволили перепечатать рукопись на машинке и отправили цензору. Ответ задерживался, и тогда начальник лагеря совершил неординарный поступок: вызвав ученого в кабинет, попросил его дать честное слово, что в рукописи только наука и никакой политики, пожал ему руку и позволил забрать с собой рукописный текст (а также прирученных скворца и жаворонка).
Лоренц вернулся домой в 1948 году. Научная карьера в Австрии не складывалась, пришлось переехать в Германию. Эрих фон Хольст организовал для Лоренца и его коллег исследовательскую станцию в Бульдерне близ Мюнстера под эгидой Общества Макса Планка. Позднее, когда был основан Институт физиологии поведения в Зеевизене, Лоренц руководил в нем отделом и был заместителем директора — фон Хольста, а после его смерти в 1962 году возглавил институт.
Лоренц продолжал этологические исследования и, кроме того, прославился как выдающийся популяризатор науки. Его книги «Кольцо царя Соломона» (1952), «Человек находит друга» (1954), «Год серого гуся» (1979) имели огромный успех у читателей во многих странах.
В 1963 году вышла книга «Так называемое зло: К естественной истории агрессии». Споры о ней продолжаются до сих пор. В этой книге Лоренц утверждал, что агрессия у человека, как и у животных, является врожденной реакцией и имеет внутреннюю мотивацию. Однако цивилизация, снабдив человека разнообразными орудиями для убийства и мучения собратьев по виду, не смогла или не успела дать ему соответствующую способность гасить и перенаправлять агрессию. Человек вооружен лучше, чем волк, а по умению контролировать эмоции сопоставим с другими приматами, последствия этого мы и пожинаем.
Лоренц, однако, высказывал убежденность, что справиться с разрывом между способностями к нанесению вреда и к самоконтролю нам поможет культура.
Осмыслив с позиции этологии опыт, приобретенный по обе стороны фронта, Лоренц написал также о «реакции воодушевления». Этот фрагмент полезно процитировать — актуальности он не потеряет никогда. «По спине и — как выясняется при более внимательном наблюдении — по наружной поверхности рук пробегает «священный трепет». Человек чувствует себя вышедшим из всех связей повседневного мира и поднявшимся над ними; он готов все бросить, чтобы повиноваться зову Священного Долга. Все препятствия, стоящие на пути к выполнению этого долга, теряют всякую важность; инстинктивные запреты калечить и убивать сородичей утрачивают, к сожалению, большую часть своей силы».
Специалист по «морфологии поведения», Лоренц отмечает сходство героической мимики и позы человека, одержимого Священным Долгом, с реакциями самца шимпанзе, защищающего семью, — вплоть до «мурашек», вздыбливающих шерсть, чтобы силуэт казался крупнее и грознее.