В беседе с японским поверенным в делах Ш. Сако 3 февраля 1935 года Б. С. Стомоняков выразил озабоченность Советского правительства событиями на монголо-маньчжурской границе и высказал пожелание «получить от японского правительства соответствующую информацию и ознакомиться с его намерениями». При очередной встрече 14 февраля Сако проинформировал Б. С. Стомонякова, что «маньчжурская сторона не имеет намерения нарушать территорию Внешней Монголии хотя бы даже на один вершок».
Однако японские провокации продолжались, несмотря на то что в феврале начались переговоры между представителями командования погранчастей МНР и японо-маньчжурских войск. 4 июля 1935 года японо-маньчжурская делегация предъявила монгольской делегации ультиматум, в котором потребовала направления в ряд пунктов МНР своих представителей для постоянного пребывания и проведения для связи с ними телеграфной линии. Об этом монгольские друзья проинформировали советскую сторону.
На другой день, 5 июля, Б. С. Стомоняков направил телеграмму советскому полпреду в Японии К. К. Юреневу, в которой поручил немедленно посетить министра иностранных дел Хирота и сделать заявление от имени Советского правительства. В этом заявлении указывалось, что требования квантунского командования, предъявленные 4 июля монгольскому правительству, вызывают у Советского правительства серьезные опасения, что они создают предлог «для занятия японо-маньчжурскими войсками территории Монгольской Народной Республики в районе Тамсаг-Сумэ». Советское правительство, говорилось далее в заявлении, заинтересовано с точки зрения защиты собственной границы в неприкосновенности территории МНР.
Получив информацию об этом шаге Советского правительства, правительство МНР направило 9 июля письмо в адрес Советского правительства с выражением «величайшего безграничного удовлетворения и благодарности» по поводу советского демарша перед Японией.
В конце октября 1935 года Председатель Совета Министров МНР Гендун[51]
направил советским руководителям письмо, в котором сообщалось о ряде мероприятий, проводимых в Монголии по укреплению политического и экономического положения страны. В письме выражалась уверенность, что Советский Союз «и впредь будет оказывать МНР всяческую организационную, техническую и финансовую помощь».Б. С. Стомоняков от имени советских руководителей передал через советского полпреда в МНР В. X. Таирова приглашение Гендуну посетить Москву для обсуждения вопросов советско-монгольских отношений.
Правительственная делегация МНР во главе с Председателем Совета Министров Гендуном нанесла визит в СССР с 11 декабря 1935 года по 9 января 1936 года и была принята на самом высоком уровне — И. В. Сталиным, К. Е. Ворошиловым и другими официальными лицами. В состоявшихся переговорах, в которых принял участие и Б. С. Стомоняков, особое внимание было уделено вопросам укрепления обороноспособности МНР, в том числе техническому оснащению и боевой подготовке монгольской армии, защите границ от японо-маньчжурских захватчиков. В связи с состоявшимися переговорами Советское правительство приняло в конце января 1936 года решение об оказании МНР помощи вооружением, снаряжением и транспортными средствами на сумму в 8 миллионов тугриков.
Одновременно Советский Союз сделал серьезное предупреждение Японии. Вызвав японского посла, Б. С. Стомоняков заявил ему 21 февраля 1936 года, что «учащающиеся столкновения на границах Монгольской Народной Республики и Маньчжоу-Го представляют еще один очаг опасности для мира на Дальнем Востоке и вызывают серьезное беспокойство у правительства СССР». В связи с этим он, напомнив, что Советское правительство, поддерживающее неизменно с 1921 г. дружественные отношения с Монгольской Народной Республикой, предложил образовать смешанную пограничную комиссию для предупреждения и урегулирования всех пограничных инцидентов.
12 марта 1936 года в Улан-Баторе был подписан Протокол о взаимопомощи между СССР и Монгольской Народной Республикой, согласно которому договаривающиеся стороны обязывались в случае угрозы нападения принять все меры, необходимые для обеспечения безопасности, и «оказать друг другу всяческую, в том числе и военную, помощь».
Информируя полпреда СССР в Японии К. К. Юренева о происходящих событиях, Б. С. Стомоняков писал 28 марта: «Улан-баторский протокол является новым звеном в той цепи последовательных действий, которыми мы обуздываем японскую агрессию против МНР. Теперь Япония уже конечно не сомневается в том, что завоевание ею Монголии привело бы к войне с Советским Союзом».
В июле 1936 года монгольский народ широко отмечал 15-летнюю годовщину со дня провозглашения Монгольской Народной Республики.