Командировка в Кронштадт по-новому повернула судьбу Раскольникова. Здесь впервые проявились его блестящие способности организатора масс, умение убеждать людей, воодушевлять их и вести за собой. Очень скоро он стал товарищем (заместителем) председателя Кронштадтского Совета, одним из руководителей кронштадтской организации большевиков. Здесь раскрылся и его природный организаторский талант — он часто выступал на заседаниях Совета, на многотысячных митингах, проходивших на Якорной площади. Петроградский комитет партии посылал его для выступлений на столичных заводах и фабриках, в солдатских казармах. В июне во главе кронштадтской делегации он совершил агитационную поездку по морским базам Балтийского флота, и везде после его выступлений на митингах и собраниях моряков принимались большевистские резолюции.
В июльской мирной демонстрации Раскольников руководил колонной кронштадтцев, насчитывавшей несколько тысяч человек, а затем с отрядом моряков подготавливал к обороне особняк Кшесинской, который контрреволюционеры всех мастей не без основания называли большевистским штабом. В наступившие дни реакции Временное правительство припомнило Раскольникову все его «грехи» — он был брошен вместе с другими активными работниками партии в петроградскую одиночную тюрьму «Кресты», из которой Федор Федорович был освобожден лишь 13 октября.
И сразу же командировка в Новгород и Лугу для подготовки местных гарнизонов к вооруженному восстанию. В дни Октября он входит в состав Петроградского военно-революционного комитета. С ним — молодым морским офицером — Ленин советовался, каким образом можно использовать корабли Балтийского флота для защиты подступов к революционной столице от наступавших мятежных войск казачьего генерала Краснова. Под Пулковом — первое боевое крещение Раскольникова. здесь он во главе матросского отряда отражает натиск мятежников. После разгрома красновских войск — новое назначение: вести сводный отряд моряков на помощь московским рабочим и солдатам, которые еще сражались с контрреволюционными силами.
По возвращении из Москвы его назначают комиссаром Морского генерального штаба, а затем членом коллегии морского комиссариата. В этой должности встретил он новый, 1918 год, который из всех лет его жизни стал самым бурным и драматичным…
Это был трудный период для молодой Советской республики, ибо силы внутренней и внешней контрреволюции со всей яростью обрушились на завоеванную в Октябре власть рабочих и крестьян. Трудным был он и для Раскольникова. Вскоре после разгона Учредительного собрания его назначили заместителем наркома по морским делам. Со свойственной ему энергией он включился в работу. Участвовал в подготовке декрета об организации нового Рабоче-Крестьянского Красного Флота, который был принят Совнаркомом под председательством Ленина 29 января. Но революционный флот республики вскоре оказался под угрозой захвата германскими войсками. Нужно было срочно уводить боевые корабли из Гельсингфорса и Ревеля в то время, когда Балтийское море еще было покрыто льдом. Балтийцы совершили невозможное, проведя сквозь ледовые поля линкоры, крейсеры, эсминцы и другие корабли. Среди руководителей вошедшего в историю «Ледового похода» был и Раскольников.
А в июне восемнадцатого нависла угроза над Черноморским флотом, основные силы которого были сосредоточены в Новороссийске. Немецкое командование ультимативно требовало возвращения кораблей в Севастополь, занятый его войсками. Советское правительство не могло согласиться на такой шаг. Но в случае отказа могло начаться германское наступление на Москву и Петроград.
Требование немцев Совнарком формально принял, о чем было сообщено официальной телеграммой в Новороссийск. В то же время было отдано тайное распоряжение: не допустить захвата флота германскими империалистами, затопить его. Однако приехавший в Новороссийск посланец Москвы встретил серьезное сопротивление контрреволюционно настроенных офицеров и распропагандированных ими матросов. И тогда в Новороссийск поехал Раскольников. Он сумел убедить моряков в необходимости выполнения приказа Совнаркома. Стоявшие в бухте корабли были потоплены. Они уходили на дно с поднятыми на мачтах сигналами: «Погибаю, но не сдаюсь».
С отрядом матросов-черноморцев Раскольников пробился сквозь занятые белоказаками районы в Царицын. Вскоре был назначен членом Реввоенсовета Восточного фронта, а с 22 августа стал командующим Волжской военной флотилией. Она участвовала во взятии Казани, а затем, перейдя на Каму, с боями оттеснила корабли белогвардейской флотилии под командой адмирала Старка в реку Белую и там их блокировала. Под командованием Раскольникова был совершен беспримерный поход трех миноносцев в тыл белым к селу Гольяны, где удалось захватить у противника и- отвести в Сарапул баржу с 432 арестованными коммунистами, красногвардейцами, советскими работниками, спасти их от неминуемой смерти.