Место, где возникло Субботино, до середины XVIII века значилось обыкновенной пустошью и исстари входило в состав Верейского уезда. Второе название пустоши – Колычево – указывает на то, что на этом месте существовало селение, какими-то силами и обстоятельствами уничтоженное под корень. Но незабытое. В 1626-27 годах пустошь значится как собственность некоего Юрия Пушечкина, затем как владение боярина Л.С.Бородина, в 1669 году уже в ранге поместья пожаловано П.Л.Воейкову, который (вместе со своими потомками) удерживал Колычево-Субботино в своих руках вплоть до 1744 года. Тогда оно, судя по некоторым признакам, в качестве приданого за невестой попало в распоряжение Смирновых. Последним сельцо и окружающая местность пришлись по душе, и в 1761 году на высочайшее имя поступает прошение: Н.А.Смирнов, мол, изыскал необходимые средства и просит разрешения построить в Субботине каменный храм. Если принять во внимание, что в те же самые годы строится церковь в соседних Спас-Косицах, то проясняются подспудные мотивы такого ходатайства. Во второй половине XVIII века, а именно в 1778 году, в селе помимо деревянного господского дома, двух каменных палат, большого плодового сада значилось еще и каменное господское строение. Однако к этому времени дом уже лет десять стоял без постоянных обитателей. В этот период на карте Московской губернии село называлось Саботнино. Написание – Саботнино, а не Субботино – могло быть и ошибкой составителей карты, а могло отражать реалии. Один из первых энтузиастов изучения архитектурных и усадебных памятников Подмосковья Андрей Николаевич Ильин в 1912 году исследовал Субботино, и вот что он тогда отметил:
Все постройки к настоящему времени исчезли, осталась церковь, в состоянии не лучшем, чем многие другие.
Церковь принадлежит к редким в Подмосковье памятникам так называемого елизаветинского барокко с его, как отмечают специалисты, "развитым декором сложного рисунка". Церковь обладает продольно-осевой пространственной структурой. Тип храма: восьмерик на четверике.
Второй объект, который 38 лет назад объявили памятником архитектуры, взяв под охрану государства, – это Преображенская церковь в селе
Крестьяне стали государственными, что дало им возможность чувствовать себя посвободнее и посытнее. Поэтому у жителей Слепушкина появились деньги, которые они в 1804 году сложили в одну кучу и заказали на свои трудовые сбережения храм в честь Преображения Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа.
Из истории самого храма известно, что без ремонта он простоял почти сто лет. В 1905 году здание церкви капитально обновили: впервые расписали стены, устроили духовое отопление, храм получил новый иконостас, заменили главу и крест на здании. Наконец, окончание ремонтных работ совпало со столетием постройки храма, и в 1908 году юбилей торжественно отметили.
Хотя Преображенская церковь и строилась в позднее время, тем не менее имя архитектора осталось неизвестным. Возможно, что поэтому и стиль сооружения называют "архаизирующее направление в культовом зодчестве начала XIX века".
В период сплошной коллективизации сельского хозяйства храм в Слепушкине был закрыт, вся церковная утварь реквизирована. После закрытия здание пережило еще одну беду – нашествие немецко-фашистских захватчиков в период Великой Отечественной войны. В настоящее время картина незавидная: утрачена глава колокольни, кровля трапезной и алтаря, северное и западное крыльцо, столярка, убранство интерьера, частично живопись и полы; повреждены кровля четверика и колокольни, карнизы, цоколь, лицевая кладка, свод трапезной, проемы алтаря...