Согласно существующим в Академии наук правилам, директор Института избирается тайным голосованием членов соответствующего отделения, а затем утверждается Президиумом Академии наук. Как правило, такое голосование является чистой формальностью, так как кандидатура директора предварительно согласовывается и утверждается в ЦК КПСС, а лишь потом выносится на тайное голосование в Академии наук.
Проект партийного комитета заключался в том, чтобы директор, его заместители и заведующие секторами избирались путем тайного голосования с участием всего научного коллектива института. Таким образом, деятельность руководства институтом находилась бы под прямым контролем коллектива, и директор думал бы не только о том, угоден он или не угоден вышестоящему начальству, но также и о том, насколько его деятельность соответствует интересам научной деятельности коллектива. Партком также хотел, чтобы старшие научные сотрудники избирались тайным голосованием не на заседании Ученого совета, а всем составом старших научных сотрудников, а младшие научные сотрудники — всем коллективом младших научных сотрудников. Таким образом, существовала бы прочная обратная связь между коллективами и отдельными его членами. Эти предложения должны были быть предварительно широко обсуждены не только Ученым советом, но и в низовых партийных организациях, на заседаниях секторов и т. д. Партийный комитет подготовил соответствующий доклад, но ничего больше в этом направлении сделать не удалось: начались новые идеологические штормы, и корабль партийного комитета понесло по бурному морю.
Партийный комитет решительно выступил против бездельников, окопавшихся в Институте и в течение многих лет не дававших никакой продукции. Как правило, то были демагоги, запугивающие коллективы, где они работали, обвинениями политического характера. Партийный комитет Института повел серьезную борьбу против этих людей, особенно уютно чувствовавших себя в секторе новейшей истории западноевропейских стран, которым руководил уже упоминавшийся выше Н. Саморуков. Обсуждение на партийном комитете состояния дел по важнейшему объекту работы сектора — истории рабочего движения — вскрыло серьезное неблагополучие там. Однако решение партийного комитета сменить руководство сектора натолкнулось на противодействие директора Института Хвостова, который охотно держал в своем резерве группу бездельников, чтобы в случае необходимости натравливать их на «непокорных» сотрудников. Принцип Хвостова был примитивно прост. Он изложил его как-то в припадке откровенности одному из своих ближайших сотрудников в то время, когда он был главным редактором журнала
Между Хвостовым и парткомом возник серьезный конфликт, который продолжался два года, пока обстоятельства коренным образом не изменились. Причем, Хвостов опирался на поддержку отдела науки ЦК КПСС, на Президиум Академии наук, на райком партии. Партийный комитет, не входя в прямой конфликт ни с одним из этих учреждений, опирался на коллектив Института, на партийную организацию Института.
Авторитет парткома 1965 года был очень велик. Прямо на глазах менялась атмосфера в Институте. Люди стали более смелыми в своих выступлениях, более независимыми в своих научных суждениях, ибо они чувствовали поддержку, они могли рассчитывать на помощь партийного комитета, если они были правы. Это были удивительные месяцы. Спустя год после ухода Хрущева идеи, заложенные XX и XXII съездами КПСС, стали неотъемлемой частью внутриинститутской жизни.
Многие институты Академии наук, другие высшие учебные заведения с пристальным вниманием наблюдали за событиями, развертывавшимися в Институте истории Академии наук СССР. Одно время имя Данилова олицетворяло прогрессивное начало в области общественных наук. Встречаясь с каким-нибудь знакомым из другого института, как правило, можно было услышать от него вопрос: «Ну, как там Данилов?» Всех занимало, как долго прогрессивный партийный комитет сможет продержаться.