Раскольникова из Москвы вызвал Ленин. Новое правительство энергично занималось реорганизацией органов управления, разрушало старый государственный аппарат и создавало новый, с опорой на Советы на местах и народные комиссариаты в центре. Подошел черед морского министерства, и Раскольникову поручалось возглавить перестройку управления флотом на новых началах.
Уже 13 ноября он был назначен комиссаром Морского генерального штаба и с группой балтийских матросов-партийцев приступил к чистке учреждений министерства. Начали с офицеров и чиновников генерального штаба, прекративших работу по призыву начальника штаба контр-адмирала Капниста. Сняли с поста и отдали под суд Капниста, уволили со службы офицеров, не желавших признать новую власть. По предложению Раскольникова обновленный состав Морского генерального штаба избрал начальником штаба капитана первого ранга Беренса, беспартийного боевого офицера. Этот Беренс когда-то служил на знаменитом "Варяге", участвовал в том бою у Чемульпо, когда команде пришлось затопить крейсер, чтобы не сдаться японцам. 23 ноября на заседании Совнаркома под председательством Ленина обсуждалась судьба Адмиралтейств-совета, Раскольников настаивал на упразднении совета и передаче его прав новому органу управления флотом, созданному Всероссийским съездом военных моряков, - Морской секции ВЦИК. Декрет об упразднении Адмиралтейств-совета, подготовленный Раскольниковым, был принят и издан за подписями Ленина, его, Раскольникова, Бонч-Бруевича, секретаря СНК Горбунова.
На другой день после этого заседания Совнаркома Раскольников получил от Ленина еще одно чрезвычайное поручение - организовать на заводах морского ведомства производство крайне необходимых стране паровозов, а также различных сельскохозяйственных орудий. Он должен был докладывать на каждом заседании Совнаркома о том, как идет эта работа.
Приходилось Раскольникову в те дни выполнять и иные, не связанные непосредственно с морским ведомством, но не менее важные и деликатные поручения Ленина. Особенно беспокоило Ленина и весь большевистский ЦК положение, сложившееся во ВЦИКе, большевистском ВЦИКе, большевистском - в отличие от другого ВЦИКа, тоже действовавшего тогда, правоэсеровского и меньшевистского. Большевистский ВЦИК был создан на Втором Всероссийском съезде Советов, том самом, который признал свержение Временного правительства Военно-революционным комитетом Петроградского Совета и провозгласил Советскую власть. Но и старый ВЦИК, созданный на Первом Всероссийском съезде Советов, еще в июне, в котором большинство принадлежало эсерам и меньшевикам, не сложил полномочий, отказавшись признать законным Второй съезд Советов, объявив его частным совещанием большевиков.
Большевистский ВЦИК, членом которого был Раскольников, тоже не был чисто большевистским, большевики составляли в нем большинство, но там были сильны фракции левых эсеров и меньшевиков-интернационалистов. Небольшевистские фракции пытались противопоставить ВЦИК - Совнаркому, в составе которого были только большевики, такой его состав удалось сформировать Ленину на Втором съезде Советов, предлагали заменить однопартийный большевистский Совнарком правительством из представителей всех социалистических партий России. Конечно, Ленин на это пойти не мог. При этом он считал оппозицию ВЦИКа не менее опасной для большевиков, чем мятежи защитников Временного правительства.
Весь ноябрь и добрую часть декабря ВЦИК сотрясали стычки между сторонниками "однородного социалистического" и "однородного большевистского" правительств, за это время эсеры внесли во ВЦИК до двух десятков запросов с выражением недоверия большевистскому Совнаркому. Раскольников горячо участвовал в переговорах. Ежедневно встречаясь с Лениным, информировал его о ходе переговоров, получал от него указания, иногда - заранее написанные им тезисы требований большевиков, которые от имени большевистского ЦК должен был ставить перед эсерами и меньшевиками.
Доверие Ленина льстило. Раскольников был для него из самых близких и авторитетных помощников, прежде всего, конечно, по морским делам, человеком, на которого Ленин мог положиться и быть уверен, что любое его поручение будет выполнено точно и грамотно.
В свою очередь и его, Раскольникова, доверие к Ленину росло по мере того, как укоренялась власть Совнаркома, всех комиссариатов большевиков в центре и на местах. Как бы то ни было, Ленин оказался тем человеком, который, вероятно, только и был нужен в том хаосе, который переживала страна, человеком, способным овладеть этим хаосом, установить в стране твердую власть. Каменев называл его безумцем. Безумец. А власть большевиков укоренялась. Безумец- в сошедшей с ума стране. Помогать ему одолевать хаос, добиваясь единства в рядах партии, в социалистических кругах, - это была увлекат ельная задача, ей стоило отдавать силы и жизнь.