Разбираться Верховному в «шашнях и кознях» на академическом Олимпе, когда тут же после Московского наступления провалился план быстрого изгнания немцев с советской территории, было, разумеется, не ко времени: зимой – весной 1942 года сразу три армии (29-я и 33-я севернее и южнее Вязьмы, а также 2-я Ударная на Волховском фронте) попали в окружение. И это – не считая стоивших большой крови неудачных попыток прорвать блокаду Ленинграда и Севастополя… А все остальное в похожей ситуации (несравнимой, однако, по масштабах событий) известный поэт образно сформулировал на солдатском, не вполне светском, но выразительном жаргоне: «…Чтоб не пер, зараза, поперек приказа, он самочинцу влепил нагоняй…» В ту кровавую пору, когда на ходу приходилось менять большую часть уставов вооруженных сил, копаться в ведомственных неурядицах, не вписывавшихся в жестокие реалии войны, было не ко времени… Определенно мартовское решение 1942 года Великого Диктатора не было ни самым ошибочным, ни чересчур жестоким, но, несомненно, Академия наук тогда потеряла одного из своих ведущих лидеров. Это понимали сами ученые, отметившие событие по-своему: «А.И. Иоффе, занявший его место, устроил собрание нашего отделения и в знак уважения оставил незанятым место, которое обычно занимал Отто Юльевич, а сам сел в стороне и председательствовал на этом собрании не с председательского места» (Александров, 1981, с. 66).
Правда, припоминая предшествующие события из биографии чересчур активного опального академика (начиная с отставки из Главпрофобра и кончая уходом из Главсевморпути) такой финал деятельности на высоком посту вице-президента Академии наук СССР не представляется неожиданным. Практически на любой должности своей многосторонней и неуемной активностью Отто Юльевич не вписывался в прокрустово ложе советской (прежде всего сталинской) командно-административной системы. Всюду ему было тесно, всюду он принимал рискованные для администратора его уровня решения, часто не совпадавшие с мнением тех, кто определял развитие страны. До поры до времени это сходило, но только до поры…
Несмотря на «разжалование» высочайшим распоряжением из вице-президентов до уровня обычного директора академического Института теоретической геофизики, Шмидт успешно продолжил свою научную деятельность. «Применение многих вопросов прикладной геофизики к военным задачам было предпринято по указанию и при поддержке О.Ю. Шмидта. Отто Юльевич лично беседовал с каждым из ведущих сотрудников Института с целью наилучшего использования всех возможностей для решения задач обороны страны. В то же время он не прекращал организации теоретических исследований как в самом Институте, так и в Академии наук в целом… Именно тогда он впервые сформулировал основные космогонические идеи, разработкой которых он затем занимался» (Калашников, 1959, с. 122). Тем не менее его мысли в военную пору определялись обстановкой на фронте, что подтверждает его выступление в ноябре 1942 года: «Для геофизики, как и для других наук, нет сейчас другого желания и стремления, как только помогать нашей Армии выполнить свой долг, бороться за науку, культуру – и против врагов народа, против насильников. Советские геофизики вместе со всей наукой стараются выполнить свой долг, и кое-что фактически ими уже дано и сделано. Перед нашей наукой в СССР великое будущее, и мы знаем, что никто, как мы, советские люди, умея любить свою землю, любя ее изучать, и изучая и любя, сумеем ее защитить».