Незадолго до этого найманский царевич Кучлук начал новую войну с монголами, опираясь на силу этнически близких кара-китаев. Кучлук потерпел поражение, однако погубила царевича не военная слабость. Его сил было достаточно, чтобы бороться против немногочисленного корпуса, посланного Чингисханом, но Кучлук принял какую-то новую веру, смысл которой остается загадкой для историков. Во всяком случае, это верование не относилось ни к исламу, ни к христианству, ни к буддизму, а представляло собой некий неизвестный культ. В результате все население отказало Кучлуку в повиновении. Он бежал, отступая до Памира, где был настигнут монголами и убит. А население его ханства подчинилось Чингисхану.
Вновь монголо-хорезмийские отношения были поколеблены самим хорезмшахом и его чиновниками. В 1219 г. к хорезмийскому городу Отрару подошел богатый караван из земель Чингисхана. Купцы пошли в город, чтобы пополнить продовольственные запасы и вымыться в бане. Там торговцам встретились двое знакомых, один из которых донес правителю города, что купцы эти — шпионы. Тот сразу сообразил, что это прекрасный повод ограбить путников. Купцов перебили, имущество отобрали. Половину награбленного правитель Отрара отослал в Хорезм, и Мухаммед принял добычу, а значит — разделил ответственность за содеянное.
Чингисхан направил послов, чтобы выяснить, из-за чего произошел инцидент. Мухаммед разгневался, увидев неверных, и велел часть послов убить, а часть, раздев донага, выгнать на верную смерть в степь. Двое или трое монголов все-таки добрались домой и рассказали о случившемся. Гнев Чингисхана не имел пределов. С точки зрения монгола, произошли самые страшные преступления: обман доверившихся и убийство гостей. По обычаю, Чингисхан не мог оставить неотмщенными ни купцов, которых убили в Отраре, ни послов, которых оскорбил и убил хорезмшах. Хан должен был воевать, иначе соплеменники просто отказали бы ему в доверии.
В Средней Азии хорезмшах имел в своем распоряжении четырехсоттысячное регулярное войско. А у монголов, как полагал знаменитый российский востоковед В. В. Бартольд, было не более 200 тысяч ополченцев. Чингисхан потребовал военной помощи от всех союзников. Пришли воины от тюрков и кара-китаев, уйгуры прислали отряд в 5 тысяч человек, только тангутский посол дерзко ответил: «Если у тебя не хватает войска — не воюй». Чингисхан счел ответ оскорблением и сказал: «Только мертвым я смог бы снести такую обиду».
Чингисхан бросил на Хорезм собранные монгольские, уйгурские, тюркские и кара-китайские войска. Хорезмшах же, поссорившись со своей матерью Туркан-хатун, не доверял военачальникам, связанным с нею родством. Он боялся собрать их в кулак для того, чтобы отразить натиск монголов, и рассеял армию по гарнизонам. Лучшими полководцами шаха были его собственный нелюбимый сын Джелал-ад-Дин и комендант крепости Ходжент — Тимур-Мелик. Монголы брали крепости одну за другой, но в Ходженте, даже взяв крепость, они не смогли пленить ее гарнизон: Тимур-Мелик посадил своих воинов на плоты и по широкой Сырдарье ушел от преследования. Разрозненные гарнизоны не могли сдержать наступления войск Чингисхана. Вскоре все крупные города султаната — Самарканд, Бухара, Мерв, Герат — были захвачены монголами.
По поводу взятия монголами среднеазиатских городов существует устоявшаяся версия: «Дикие кочевники разрушили культурные оазисы земледельческих народов». Но так ли было? Эта версия, как показал Л. Н. Гумилев, построена на легендах придворных мусульманских историков. Например, о падении Герата исламские историки сообщали как о бедствии, при котором в городе было истреблено все население, кроме нескольких мужчин, сумевших спастись в мечети. Они прятались там, боясь выйти на улицы, заваленные трупами. Лишь дикие звери бродили по городу и терзали мертвецов. Отсидевшись некоторое время и придя в себя, эти «герои» отправились в дальние края грабить караваны, чтобы вернуть себе утраченное богатство.
Но возможно ли такое? Если все население большого города было истреблено и лежало на улицах, то внутри города, в частности в мечети, воздух был бы заражен трупным ядом, и спрятавшиеся там просто умерли бы. Никакие хищники, кроме шакалов, возле города не обитают, а в город и они проникают очень редко. Измученным людям двинуться грабить караваны за несколько сот километров от Герата было просто невозможно, потому что им пришлось бы идти пешком, неся на себе тяжести — воду и провизию. Такой «разбойник», встретив караван, уже не смог бы его ограбить…