К сожалению, хотя сенсорные центры и некоторые функции мышления действительно расположены в мозге, к человеческим качествам это не имеет никакого отношения. Более того, форма человеческого мозга не влияет непосредственно на форму черепа, даже на внутреннюю его поверхность, поскольку мозг нигде не контактирует с костью. В ходе эволюции с течением времени форма черепа могла измениться, чтобы приспособиться к изменениям в мозге, но в случае черепа отдельного человека это невозможно.
Галль и его выдающийся ученик Иоганн Гаспар Шпурцгейм (1776–1832) горячо отстаивали свою новую науку, но лишь в 1815 году, когда в газете «Edinburgh Review» появились яростные нападки на эту теорию, френология нашла дорогу к сознанию масс. Шпурцгейм опубликовал яркую статью в защиту френологии, опровергающую статью в «Edinburgh Review», и в результате в Эдинбурге в 1820 году появилось первое френологическое общество, а эдинбургский юрист Джордж Комб (1788–1858) на десятилетия стал важной фигурой во френологии. По обеим сторонам Атлантики стали создаваться все новые и новые френологические общества. Термин «френология» ввел доктор Томас И.М. Форстер (1789–1860) в 1815 году.
В пик расцвета френологии, несмотря на то, что она всегда подвергалась нападкам со стороны традиционных ученых-медиков, большая часть общества приняла ее весьма серьезно. Некоторые работодатели стали требовать, чтобы новый работник проходил френологический анализ для проверки, достаточно ли он умен и добронравен. Френология применялась и в криминалистике, но с тем же ужасающим результатом, что и физиогномика Ломброзо. И хотя большинство френологов были убеждены, что занимаются действительно наукой, френология привлекла на свою сторону и некоторое число христиан-креационистов: поскольку Галль включил в 27 зон органы, отвечающие за почитание и удивление, им казалось, что эти «духовные» зоны созвучны с верой в Творца.
Френология более или менее угасла в Великобритании к началу 1850-х годов, но в США была по-прежнему чрезвычайно популярна, в основном благодаря усилиям двух братьев, Орсона Сквайра Фаулера (1809–1887) и Лоренцо Найлса Фаулера (1811–1896). Их карьера началась в Нью-Йорке в 1830-е годы, и они успели сколотить большое состояние. Лоренцо приехал в Великобританию в 1860 году, чтобы ездить по городам и читать лекции; поездка заняла около двух лет. В 1862 году он переехал туда совсем и в 1863 году основал в Лондоне Институт Фаулера. Он также начал широко продавать принадлежности для френологии, и практика «чтения головы» вновь стала последним писком моды в английской бульварной прессе. Большинство френологических скульптур, которые встречаются до сих пор, были продукцией Лоренцо Найлса.
К сожалению, у этой новой разновидности френологии были неприятные расистские замашки. Френологический анализ почти всегда был субъективным, что бы там ни думали об этом сами френологи: если большая шишка, отвечающая за какое-то качество, на практике явно противоречила настоящему характеру человека, то существовало много разных признанных способов обойти это противоречие. Если френолог мог прочесть все, что хочет, в шишках человеческого черепа, это открывало дорогу предрассудкам френологов; предрассудки вполне подтверждались — на удивление последовательно — «читаемыми» ими черепами. Расистская подоплека, несмотря на то, что она была заметнее на поздней стадии развития френологии, то есть в период ее возрождения, появилась не впервые. В 1827 году в книге «The Constitution of Мап» (Строение человека) Джордж Комб писал о черепах африканцев, что они
чрезмерно развиты в области органов плодовитости и способности к умственным сосредоточениям (отвечающих за приписываемую африканцам любовь к детям и склонность к малоподвижным занятиям) и недоразвиты в зонах добросовестности, осторожности, индивидуальности и рефлексии.
Френология вновь сошла на нет в начале XX века — скорее всего потому, что вышла из моды, а не потому, что общественность отдала предпочтение истинной науке. Но отголоски этой псевдонауки по-прежнему звучали в области физической антропологии, и слишком часто именно по расистским причи-нам. Однако некоторые (хотя и очень немногие) ее основные открытия оказались ценными, особенно предположение, что виды мыслительной деятельности могут иметь разные центры в мозге: это справедливо в отношении по крайней мере некоторых из них (другие распределены по всему мозгу), и истина заключается в том, что эти зоны могут увеличиваться в размерах при частом и постоянном использовании, о чем и догадались френологи.