В конце июля обе стороны приехали в Саффолк и развернули штаб-квартиры на первом этаже главного здания JFCOM, в огромных помещениях без окон, называемых испытательными стендами. Морская пехота, авиация, сухопутные войска, соединения военно-морского флота были приведены в полную боевую готовность и ждали приказов командования «синих» и «красных». Если силы «синих» запускали ракету или поднимали в воздух боевой самолет, один из сорока двух автономных компьютерных модулей симулировал каждое такое действие настолько реально, что находившиеся в командном пункте зачастую не догадывались, что это имитация. Учения продолжались две с половиной недели. В целях предстоящего анализа специалисты JFCOM снимали на видео и записывали все разговоры, а компьютер учитывал все пули, ракеты и танки. Это было больше чем эксперимент. Как стало ясно менее чем через год, это была генеральная репетиция войны (точнее, вторжения США в Ирак, президент которого, имея мощную этническую поддержку, оказывал, по мнению военных экспертов США, помощь международным террористам). В соответствии с заявленной целью учений Millenium Challenge, Пентагон должен был проверить новые методы ведения боевых действий. В операции «Буря в пустыне» в 1991 году США выбили силы Саддама Хуссейна из Кувейта. Но это была война обычного типа: две хорошо организованные и вооруженные армии встречаются и сражаются на открытом поле боя. После «Бури в пустыне» Пентагон пришел к выводу, что такое ведение войны вскоре уйдет в прошлое: ни у кого не хватит глупости бросить США прямой вызов и вступить с ними в открытое военное противостояние. В будущем конфликты будут иметь рассеянный характер — происходить не только на поле боя, но и в городах; средством воздействия будет не только вооружение, но и идеи; этические и экономические методы воздействия будут использоваться не менее интенсивно, чем армии. Вот как сказал об этом один из аналитиков JFCOM:
«Следующая война будет не просто между военными и военными. Решающим фактором будет не количество уничтоженных танков, кораблей или самолетов, а ваша возможность разрушить систему организации противника. Вместо того чтобы подавлять средства ведения войны, надо бороться с организацией войны. Военная мощь опирается на экономическую систему, которая тесно связана с национальной системой и личными взаимоотношениями. Надо разобраться во всех этих связях противника».
В учениях Millenium Challenge «синие» получили в свое распоряжение мощный интеллектуальный ресурс, какого не существовало, возможно, за всю историю вооруженных сил США. Объединенное командование разработало метод системной оценки оперативной обстановки (т. е. по сути формализованный алгоритм принятия решений), разбивающий силы противника на ряд систем (военная, экономическая, общественная, политическая), и создало матрицу их взаимосвязей, из которой было понятно, какое звено наиболее уязвимо. Также руководству «синих» была предоставлена методика максимально эффективного ведения операций, позволяющая военачальникам не ограничивать свое стратегическое мышление определением целей и уничтожением боевых единиц противника. Военачальники получили полную картину боевой обстановки в режиме реального времени и располагали инструментарием совместного интерактивного планирования. Руководство «синих» получило доступ к огромному объему информации и разведданных, а главное — методологию, логичную, системную, рациональную и жизнеспособную. Другими словами, «синие» располагали всеми возможностями, какими обладал Пентагон.