Восстание 1863–1864 гг. показало, что многие преподаватели-католики не были лояльны к российскому правительству. В течение 1864 г. И.П. Корнилов уволил практически всех учителей-поляков, выплатив им жалованье за год вперед. Был закрыт и Виленский дворянский институт, готовивший преподавателей польского языка. Русским же преподавателям и немцам-остзейцам, прибывшим в округ, в феврале 1864 г. правительство предоставило ряд серьезных льгот. Так, они получали 50 % надбавки к окладу, двойные прогоны, подъемные, ускоренную выслугу. В результате введения этих льгот на 80 вакансий в гимназиях и уездных училищах к осени 1864 г. было подано 360 прошений. Кроме того, М.Н. Муравьев предложил создать в округе «русский» университет, где все преподаватели и подавляющее большинство студентов были бы православными. Однако Министерство народного просвещения предложило иной план по русификации средних учебных заведений округа. В 1863–1864 гг. в университетах страны было создано 60 новых педагогических стипендий для Виленского учебного округа. Воспользоваться ими могли только православные уроженцы края и русские либо немцы-остзейцы. За пользование стипендией (300 руб. в год) полагалось отработать шесть лет в гимназиях округа. Именно этот вариант был одобрен Александром II, и стипендиаты Виленского учебного округа стали до начала ХХ в. основным источником кадров для средних заведений округа. К 80-м гг. XIX в. Виленский учебный округ занял третье место в России по числу работавших в средних учебных заведениях выпускников столичных университетов100
.Виленскую гимназию не раз посещали высокопоставленные лица. Так, в августе 1838 г. ее посетил министр народного просвещения, граф С.С. Уваров. Это событие было записано в протоколах заседания Совета «для всегдашнего воспоминания». 20 августа 1838 г. «назначен был общий смотр ученикам и представление чиновников гимназии», которые были собраны на гимназическом дворе. После представления преподавателей С.С. Уваров вместе с князем Долгоруковым «обошел ряды воспитанников и любовался их красивою наружностью». В рисовальном зале министра приветствовали речами на русском, латинском и немецком языках. 21 августа было испытание учеников всех классов. Испытание производилось «в русском языке пo чтению, декламации и правописанию, по русской истории и хронологии (по методу Язвинского) и по латинскому языку». «Я многого ожидал, – заметил министр, – но то, что здесь нашел, превзошло все мои ожидания»101
.С 1845 г. при Виленской гимназии начал действовать «конвикт для бедных учащихся в Виленских средне-учебных заведениях» (на углу Михайловского переулка, около костела св. Михаила), который в 1870 г. был переименован в «общую ученическую квартиру». Впоследствии при ней было открыто общежитие, куда принимались пансионеры с платой в 300 руб. в год и полупансионеры – в 240 руб. Плата за обучение в гимназии вносилась особо. При поступлении в общежитие единовременно уплачивалось 30 руб. на «первоначальное обзаведение». Пансионеры получали все необходимое, а полупансионеры – только стол, учебники, пособия, письменные принадлежности и стирку белья.
6 сентября 1858 г. Виленскую гимназию посетил император Александр II. Вначале он осмотрел музей, потом – учебные классы на втором и третьем этажах. После этого царь вышел на гимназический двор, где были собраны все преподаватели и гимназисты. Увидев большое количество людей, он спросил: «Сколько учащихся?» Директор ответил, что в гимназии с тремя параллельными классами учится 575 человек. «Много, очень переполнено», – сказал на это Александр II. Попечитель Виленского учебного округа заметил, что такая картина почти везде и для того, чтобы снять данную проблему, нужно открывать новые гимназии. После этого царь осмотрел конквикт, больницу при нем на 4 кровати, столовую и кухню. Общаясь с обитателями конквинкта, Александр II спросил: «Не далеко ли детям ходить из конвикта в классы?» В кухне он приказал налить себе из общего котла супа, приготовленного к обеду и начал есть его с хлебом. Пообедав, император сказал: «Но и детям Вашим пора обедать! Они ведь обедают в 3, а теперь 4 часа». Выходя после осмотра, Александр II сказал попечителю: «Хорошо! Все чисто, опрятно. Все, что я видел сегодня, чрезвычайно радует и утешает меня. Благодарю Вас за Ваше попечение и вполне надеюсь, что оно увенчается совершенным успехом. Благодарю!» Визит этот имел благоприятные последствия. Так, 17 апреля 1859 г. по высочайшему указу были усилены штаты гимназий. В Виленской гимназии годовое жалованье старших учителей было увеличено до 650 руб., младших – до 550102
.