По старой мусульманской традиции жители побежденного христианского города, отказавшегося сдаться, теряли как личную свободу, так и места для отправления религиозного культа, а солдатам-победителям в течение трех дней разрешалось неограниченно грабить город. Все историки, повествующие о падении Константинополя, рассказывают о разграблении церквей. Несомненно, многие константинопольские церкви и монастыри были опустошены. Однако из современных этим событиям письменных источников нам известно с полной достоверностью только о разграблении четырех церквей — св. Софии, св. Иоанна в Петре, церкви Хоры, расположенной недалеко от того места, где турки прорвались через брешь в сухопутных стенах, а также церкви св. Феодосии недалеко от Золотого Рога[340]. Археологические раскопки показывают, что была разграблена и трехчастная церковь Пантократора; это подтверждается также тем, что Геннадий, который в то время был монахом монастыря при этой церкви, попал в плен. Св. София была сразу же превращена в мечеть; остальные из упомянутых церквей какое-то время оставались пустыми и полуразрушенными и были превращены в мечети позднее. До осады в городе действовало множество и других церквей, но о дальнейшей судьбе их ничего не известно; можно лишь предполагать, что они также были разграблены и заброшены. К ним относятся церкви, расположенные в районе Старого императорского дворца и вокруг цитадели, такие, например, как Новая Базилика Василия I или храм св. Георгия в Мангане[341].
Однако из истории последующих лет видно, что у христиан остался целый ряд церквей, которые, очевидно, сохранились нетронутыми. Громадный собор св. Апостолов, второй по величине и значению после св. Софии, был передан султаном в пользование патриарху Геннадию, и его святыни сохранились, поскольку тот смог взять их с собой, когда несколько месяцев спустя добровольно оставил собор. Церковь Паммакаристы, куда он перебрался, действовала тогда в качестве монастырской, и монахинь тоже никто не тронул; наконец, когда Геннадий там обосновался, он смог переселить монахинь с их святынями в расположенные поблизости церковь и монастырь св. Иоанна в Трулле[342]. Недалеко от них, на границе квартала Влахерны, осталась нетронутой церковь св. Димитрия Канаву. В другой части города, в Псамафии, церковь Перивлепты оставалась у греков до середины XVII в., когда султан Ибрагим передал ее армянам, чтобы угодить своей любимой жене-армянке, известной под именем Шекерпарче («Кусочек сахара»). Церковь св. Георгия Кипарисского, расположенная поблизости, также не пострадала. Церкви Липса, св. Иоанна в Студионе и св. Андрея в Суде, по всей вероятности, остались у христиан до тех пор, пока не были превращены в мечети в более поздние царствования. Церковь женского монастыря Мирелеон также, по-видимому, оставались церковью вплоть до конца XV в.[343]. Примерно в это же время была отчуждена церковь св. Иоанна Евангелиста, так как нашли, что она расположена слишком близко от вновь выстроенной мечети[344].
Как же случилось, что эти церкви сохранились? Вопрос этот довольно скоро стал вызывать недоумение у самих турок. В 1490 г. султан Баязид II потребовал передачи ему патриаршей церкви Паммакаристы. Патриарх Дионисий I, однако, сумел доказать, что Мехмед II специально выделил эту церковь для патриархии. Султану пришлось уступить при условии, однако, чтобы с купола собора убрали крест; он также отказался запретить своим чиновникам отбирать у греков другие церкви[345].
Лет тридцать спустя султан Селим I, враждебно относившийся к христианству, предложил, к ужасу своего везира, насильно обратить всех христиан в ислам. Когда же ему сказали, что это вряд ли практически осуществимо, он распорядился по крайней мере конфисковать все церкви. Везир предупредил патриарха Феолепта I, и тот через своего довольно ловкого законоведа по имени Ксенакис сумел отыскать и привести к султану трех янычаров, каждому из которых было около ста лет. Феолепт признал, что у него не сохранилось письменного фирмана на охрану церквей, который сгорел во время пожара в патриархии. Однако трясущиеся от старости янычары поклялись Селиму на Коране, что они находились среди телохранителей Султана-Завоевателя перед его триумфальным въездом в город и что они видели знатных греков из различных частей города, принесших султану ключи от своих кварталов в знак их капитуляции, поэтому, мол, Мехмед разрешил им сохранить свои церкви. Султан Селим удовлетворился этими показаниями и даже разрешил христианам вновь открыть две или три церкви (названия их остались неизвестными), закрытые перед этим его чиновниками[346].