Султан Мехмед уже выработал основные контуры своей политики по отношению к греческим подданным. Они должны были образовать миллет — самоуправляемую общину внутри его империи под властью своего религиозного главы — патриарха, ответственного за их поведение перед султаном. После некоторых колебаний Георгий Схоларий согласился принять сан патриарха. Из епископов, которых удалось разыскать поблизости, был образован Священный синод, который по просьбе султана официально избрал Георгия под его монашеским именем Геннадия на патриарший престол. По-видимому, это произошло еще до того, как султан покинул Константинополь в конце июня, хотя точная дата избрания осталась неизвестной. Прошло еще несколько месяцев, прежде чем состоялась официальная интронизация Геннадия. Церемония, очевидно, имела место 6 января 1454 г. Вся процедура была скопирована с византийских времен. В роли императора султан дал новому патриарху аудиенцию и вручил ему символы его сана — облачение, посох и наперсный крест. Прежний крест исчез: видимо, либо его утащили во время грабежа, либо прежний патриарх Григорий Маммас при своем бегстве в Рим прихватил его с собой; поэтому по приказу султана был изготовлен великолепный новый крест. Церемония включала специальное обращение султана. Оно гласило: «Будь патриархом, и да сопутствует тебе удача. Будь уверен в нашей дружбе, пользуйся всеми теми привилегиями, которые имели патриархи до тебя». Затем новый патриарх сел на великолепного скакуна, подаренного султаном, и отправился в собор св. Апостолов, который теперь, когда храм св. Софии был превращен в мечеть, стал патриаршим. Там по древнему обычаю он был рукоположен митрополитом Гераклейским. После этого патриарх прошел с процессией по городу и вернулся в свою новую резиденцию на территории собора.
В дальнейшем султан и патриарх разработали совместно новый свод законов для греческого миллета. По словам Франдзиса, который, видимо, узнал о нем, еще будучи в неволе, Мехмед дал Геннадию письменный документ, обещавший ему личную неприкосновенность, освобождение от уплаты налогов, полную гарантию сохранения престола, полную свободу передвижения и право передачи этих привилегий своим преемникам на вечные времена; такие же привилегии были даны митрополитам и другим церковным сановникам, входящим в Священный синод. У нас нет оснований сомневаться в достоверности этой информации; впрочем, гарантия сохранения престола, разумеется, не отменяла права Священного синода сместить патриарха, объявив его избрание неканоничным, как это не раз имело место в Византии. Патриаршие хронисты следующего столетия утверждали, что в другом документе султан обещал Геннадию, что церковь будет законно взыскивать сборы за бракосочетания и похороны, что православные могут отмечать Пасху как праздник в течение трех дней и в эти дни им разрешается свобода передвижения и что отныне ни одна церковь не будет превращена в мечеть. Право церкви управлять христианской общиной, видимо, подразумевалось само собой, если судить по бератам, которые были выпущены турецкими властями в более поздние времена и утверждали избрание епископов с перечислением их обязанностей. Церковным судам было дано право слушать все дела православных, имеющие отношение к религии, включая брак и развод, завещание и опеку над малолетними. Всеми другими гражданскими делами православных занимались учрежденные патриархом светские суды. Только уголовные дела и дела, касающиеся также и мусульман, передавались в турецкие суды. Сама церковь не собирала налогов государству с греческих общин: это было обязанностью главы местной администрации. Однако от церкви могли потребовать применить угрозу отлучения или наложения каких-либо других религиозных санкций на христиан, которые не платили налогов или каким-либо иным образом не подчинялись законам государства. Духовенство освобождалось от уплаты налогов, но могло делать от своего имени вклады, которые номинально считались добровольными. Из христиан только ее представителям разрешалось носить бороды; кроме того, христиане должны были ходить в особой одежде и не имели права носить оружие. Порядок набора мальчиков для янычарских полков был сохранен[265].