Преемником Акаева стал бывший премьер-министр Курманбек Бакиев. Роза Отунбаева была назначена новым министром иностранных дел Кыргызстана, а Азимбек Бекназаров стал генеральным прокурором. Все трое были центральными фигурами протестного движения против Акаева. Бакиев был избран новым президентом, набрав на выборах 90 % голосов. Киргизы возлагали на него большие надежды. Они ожидали, что он предпримет что-нибудь против бедности и плохого экономического положения. Однако, как довольно быстро выяснилось, они основательно обманулись в нем.
Бакиев прибрал к своим рукам все доходные места, до которых он только смог добраться, а самые важные должности в политике и экономике были заняты членами его клана. Бесхозяйственность и коррупция при Бакиеве превзошли даже акаевскую систему. Он правил еще более авторитарно и прежде всего, более жестоко. Для того, чтобы укрепить свою личную власть и ослабить роль парламента, Бакиев нашел способ изменения Конституции в свою пользу.
На этот раз данная ситуация продлилось лишь пять лет, пока у населения не лопнуло терпение. Арест представителей оппозиции и повышение цен на электроэнергию в 2010 году переполнили чашу терпения. Разочарованные киргизы вновь выплеснули накопившуюся ярость на улицы страны. Восстание началось 6 апреля 2010 года, и спустя всего три дня Бакиев со своей семьей сбежал из столицы сначала на юг страны, а затем через Казахстан в Минск. Президент Беларуси Лукашенко предоставил ему убежище. В результате беспорядков, которые в 2010 году привели к свержению Курманбека Бакиева, погибли 68 человек и более 600 получили ранения. Были избиты министр внутренних дел Бакиева и его вице-премьер. Криминальные элементы, воспользовавшись ситуацией, вышли на улицы, начались повсеместные грабежи и поджоги. Временами ситуация в Бишкеке была на грани гражданской войны. Парламентская оппозиция под руководством бывшего министра иностранных дел Розы Отунбаевой, которая в 2005 году вместе с Бакиевым свергла режим Акаева, приняла на себя власть, в буквальном смысле слова лежавшую на улицах. Бо́льшая часть полиции и армии, которая вначале еще пыталась насильственно сдерживать демонстрантов, перешла на другую сторону и поддержала новые силы, объединившиеся вокруг Розы Отунбаевой. Бакиев был тяжело разочарован и заявил о путче. Впоследствии, находясь в эмиграции, он заявил о намерении баллотироваться на пост президента Кыргызстана, хотя с 2012 года он является гражданином Республики Беларусь. В случае возвращения на родину его ожидает пожизненное заключение.
Временное переходное правительство
8 апреля 2010 года киргизская оппозиция образовала Временное правительство народного доверия, которое состояло из видных политических деятелей, прежде уже относившихся к антиакаевскому фронту. Президентом временного правительства стала бывший министр иностранных дел Роза Отунбаева. Период ее пребывания в этой должности продолжался до 1 декабря 2011 года, двумя месяцами ранее состоялись новые президентские выборы.
Когда мы встретились с Розой Отунбаевой в мае 2010 года, она выглядела уставшей. На некоторых зданиях в Бишкеке были видны следы от выстрелов. Охранники с накачанными мышцами, которые встретили и проводили нас к президенту переходного правительства, были не в униформе; по их одежде было видно, что они долго не меняли ее. Здесь царило революционное настроение. В кабинетах президентской администрации сидели десятки мужчин и женщин, которые только что взяли власть в свои руки, но пока еще ничем не были заняты. Они пили чай, обсуждали политическую ситуацию и принимали гостей. Отунбаева просила международной поддержки. Важным является, как сказала она, пережить предстоящую зиму, а затем станет получше.
После образования временного правительства внутриполитическая обстановка в Кыргызстане начала стабилизироваться. Тем не менее ситуацию в стране нельзя было назвать спокойной: раз за разом проходили небольшие митинги, часто организованные сторонниками Бакиева. Новое правительство спешило представить новую Конституцию. Она должна была учредить демократические структуры власти в Кыргызстане, придать законность временному правительству и покончить с беспорядками. С 2010 года Кыргызстан стал единственным государством Средней Азии, являющимся парламентской республикой. С тех пор Избранный народом президент делит власть с премьер-министром, которого выбирает парламент.
Межэтнические столкновения на юге