Большую роль Яковлева в деле взращивания прибалтийских сепаратистских движений неизменно отмечают как ветераны антисоветского движения, так и их противники. Особенно большие усилия он приложил в Литве. Вообще, в отличие от других советских республик в Литве компартия стояла пусть и не во главе сепаратистского движения, но действовала заодно с «Саюдисом». 20 декабря 1989 г. КП Л заявила о своем разрыве с КПСС. Бывший первый секретарь Бразаускас, сумевший вовремя изменить свои взгляды на 180 градусов, даже стал первым избранным президентом посткоммунистической Литовской республики. Надо отдать ему должное — глупым идеалистом он не был, и жизнь свою посвятил не борьбе за утверждение эфемерных демократических ценностей. Его больше привлекали ценности материальные. В 2005 г., когда Бразаускас уже был премьер-министром, находящаяся в оппозиции фракция консерваторов («Союз Отечества») начала сбор подписей за создание парламентской комиссии по расследованию некоторых аспектов предпринимательской деятельности жены Бразаускаса — Кристины Бутримене-Бразауске-не. В частности, депутатов заинтересовал факт приобретения ею 38 % акций элитной вильнюсской гостиницы «Crowne Plaza» (принадлежавшей ранее Совету министров Литовской ССР и ЦК КПЛ). Глава правительства отверг обвинения в коррупции, но признал, что его супруга владеет 51 % акций гостиницы, а еще 48 % принадлежат его сыну. Идее создания парламентской комиссии он категорически воспротивился, чем разочаровал даже президента республики Адамкуса.
В Литве западные спецслужбы, прежде всего ЦРУ действовали предельно нагло, чуть ли не открыто. Вот что рассказал в интервью журналу «Наш современник» (№ 5,2006 г.) последний первый секретарь ЦК КПЛ (КПСС) Миколас Бурокявичус:
Об известном диверсанте Андрюсе Эйве (он же Эндрю Эйва, Андриус Эйтавичюс) вспоминают многие. Вот что пишет бывший генерал КГБ Вячеслав Широнин в своей книге «ЦРУ-КГБ: скрытые пружины перестройки»: