В функции 1-го (исследовательского) отдела входило изыскание и выращивание смертоносных бактерий, наиболее эффективных для использования их в качестве средств бактериологического нападения; 2-й (экспериментальный) отдел занимался проверкой действия выведенных в результате изысканий бактерий на организм живых людей, разрабатывал образцы снарядов и специальных распылителей, с помощью которых бактерии должны были перебрасывать на сторону противника, и выращивал блох, зараженных чумой, для распространения при их помощи эпидемии чумы на неприятельской территории. В отделе было 4500 питомников (инкубаторов) для разведения блох на грызунах. В этих питомниках в короткие сроки могли быть выращены многие десятки миллионов чумных блох. 2-й отдел имел в своем распоряжении для проведения преступных экспериментов особый полигон в районе станции Аньда и авиационную часть с самолетами, оборудованными специальной аппаратурой. 4-й (производственный) отдел был предназначен для размножения выведенных лабораторным путем бактерий и представлял из себя как бы фабрику бактерий острых инфекционных болезней. Этот отдел располагал мощным техническим оборудованием, рассчитанным на массовое размножение бактерий в размерах, необходимых для ведения бактериологической войны. Производственная мощность отдела давала возможность выращивать до 300 кг бактерий чумы в месяц. В 5-м (учебно-просветительном) отделе подготавливались кадры, способные применять средства бактериологической войны и путем распространения бактерий вызывать эпидемии чумы, холеры, сибирской язвы и других тяжелых заболеваний.
Таким образом, отряд № 731 изготавливал огромное количество бактерий острых инфекционных заболеваний, предназначенных к использованию в качестве бактериологического оружия для опустошения целых районов и умерщвления гражданского населения. По заключению судебно-медицинской экспертизы, выращивание бактерий в таких размерах было рассчитано на ведение активной бактериологической войны.
Отряд № 100 был расположен в м. Могатон, в 10 км южнее гор. Чанчунь, и занимался той же преступной деятельностью, что и отряд № 731. Производственный отдел отряда № 100 имел шесть отделений, которые изготовляли: 1-е отделение — бактерии сибирской язвы; 2-е отделение — бактерии сапа; 3-е и 4-е отделения — бактерии, вызывающие иные инфекционные заболевания скота; 5-е отделение занималось выращиванием микробов для заражения хлебных злаков с целью их уничтожения; 6-е отделение — возбудителей чумы рогатого скота.
Как установлено на предварительном и судебном следствии, в японских войсках, действовавших на территории Центрального и Южного Китая, также были созданы два секретных формирования, предназначенные для подготовки бактериологического оружия, зашифрованные наименованиями отряд «Эй» и отряд «Нами». Деятельность их была аналогична деятельности отрядов №№ 731 и 100.
Имея в виду, что при применении бактериологического оружия возникает опасность заражения собственных войск, японское командование создало противоэпидемические отряды при всех батальонах и полках с подчинением их начальникам санитарных управлений армий. Это являлось составной частью общего плана подготовки к бактериологической войне.
Изыскания способов и средств ведения бактериологической войны, проводившиеся в отрядах №№ 731 и 100, сопровождались преступными, бесчеловечными опытами по проверке действенности бактериологического оружия на живых людях. Во время этих опытов японские изуверы умертвили зверским способом тысячи попавших им в руки жертв.
На протяжении нескольких лет в отрядах №№ 731 и 100 производились опыты по заражению людей выращенными в лабораториях бактериями чумы, холеры, тифа, сибирской язвы, газовой гангрены. Большинство зараженных умирало в страшных мучениях. Те же, кто выздоравливал, подвергались повторным опытам и в конце концов умерщвлялись. Люди, предназначенные для мучительного истребления, доставлялись в специальную внутреннюю тюрьму, существовавшую в отряде № 731, японской жандармерией, имевшей для подобных операций условное название «особые отправки». Этими жертвами японских изуверов были китайские патриоты и советские граждане, заподозренные в антияпонской деятельности и обреченные на уничтожение. Исключительный цинизм японских убийц выражался, в частности, и в том, что содержавшиеся в тюрьме и предназначенные для преступных экспериментов люди условно назывались «бревнами». Как установлено показаниями подсудимого Кавасимы, только в отряде № 731 ежегодно истреблялось не менее 600 заключенных, а с 1940 года по день капитуляции японской армии в 1945 году было умерщвлено не менее 3000 человек.