Приказ утверждал личный состав 64 «троек» на республиканском, краевом и областном уровнях. В «кулацкой операции» «тройки» были «оперативным костяком массового террора» и имели не только те же задачи, что и ускоренные суды по раскулачиванию, но иногда и тех же членов, например: Станислав Реденс, Ефим Евдокимов, Леонид Заковский, Василий Каруцкий, Борис Бак, Роберт Эйхе и другие. Председателем заседаний был представитель НКВД, материалы для принятия решений «тройкой» также готовили сотрудники НКВД — «докладчик»-следователь и «секретарь» «тройки». Следствие проводилось «ускоренно и в упрощенном порядке». Заседания происходили за закрытыми дверями, в отсутствие обвиняемого, не оставляя ему никакой возможности для защиты. Пересмотр вынесенных «тройками» решений не был предусмотрен приказом, поэтому расстрельные приговоры быстро приводились в исполнение (70:28, 31,228).
Лимиты на уничтожение неоднократно увеличивались как по инициативе центра, так и по многочисленным ходатайствам территориальных органов НКВД. Например, 15 октября 1937 г. Политбюро приняло увеличение лимитов на 120 тыс. человек, из них 63 тыс. по первой категории и 57 тыс. — по второй. В Омске назначенный 28 июля 1937 г. председатель «тройки» уже 1 августа просил Лубянку увеличить лимиты. Он объяснил это «стахановскими темпами», которыми арестовано уже 3008 человек по первой категории (71).
В 1938 г. репрессии приобрели еще более жестокий характер — в некоторых регионах подавляющее большинство приговоров были смертными. Так, в Украинской ССР и Молдавской АССР с 1 января по 1 августа 1938 г. лишь 830 человек были отправлены в лагеря, а 36 393 приговорены к смерти. Одной из причин особой жестокости репрессий на Украине, видимо, стали кадровые изменения в партийном руководстве. 27 января первым секретарем Коммунистической партии Украины стал Н.С. Хрущев. Работа «троек» была поставлена на конвейер. Например, Ленинградская «тройка» 9 октября 1937 г. вынесла 658 смертных приговоров заключенным на Соловецких островах. Омская «тройка» 10 октября вынесла 1301 приговор, по которым 937 человек были осуждены на смертную казнь. «Тройка» Татарской АССР 28 октября вынесла 256 смертных приговоров. Карельская «тройка» 20 ноября рассмотрела 705 дел и вынесла 629 смертных приговоров. В тот же день Краснодарская «тройка» вынесла 1252 приговора. Репрессии проводилась также в отношении лиц, уже осужденных и находившихся в лагерях. Для них в приказе был выделен лимит на расстрел на 10 тысяч человек, который впоследствии был увеличен. По данным ГУГБ НКВД СССР, по состоянию на 31 декабря 1937 г. в процессе «кулацкой операции» было арестовано 555 641 человек, из них 239 252 приговорены к смерти, 314110 человек осуждены на сроки в лагерях или тюрьмах и 14 600 заключенных лагерей были приговорены к расстрелу (72:150–152).
Современные российские историки оценивают общее число заключенных только в «кулацкой операции» до 820 тыс., из них от 437 тыс. до 445 тыс. были расстреляны. Начальники УНКВД, получив разверстку на арест нескольких тысяч человек, были поставлены перед необходимостью арестовывать сразу сотни и тысячи человек. А так как всем этим арестам надо было придать какую-то видимость законности, то сотрудники НКВД стали повсеместно выдумывать всякого рода организации, «центры», «блоки» и просто группы.
Из материалов следственных дел того времени видно, что почти во всех краях, областях и республиках действовали широко разветвленные повстанческие, «правотроцкистские шпионско-террористические, диверсионно-вредительские» организации и центры, и, как правило, эти «организации» или «центры» возглавляли первые секретари обкомов, крайкомов или ЦК компартий союзных республик. Так органами УНКВД Западно-Сибирского края было сфабриковано широкомасштабное дело, названное позднее «эсеро-ровсовским заговором». «Ровсовская» операция представляла собой репрессивную акцию, инициированную и реализованную руководством Западно-Сибирского края, которому удалось заручиться поддержкой Москвы. Поданная в Москву информация сыграла существенную роль и в разработке будущей «кулацкой» операции.
Кроме крупной «ровсовской» организации в Новосибирской области были «разоблачены» «Сибирский комитет польской организации войсковой», «Новосибирская троцкистская организация в РККА», «Новосибирский троцкистский террористический центр», «Новосибирская фашистская национал-социалистическая партия Германии», «Новосибирская латышская национал-социалистическая фашистская организация» и еще 33 другие «антисоветские» организации и группы. В конце июля 1937 г. члены оперативной бригады секретно-политического отдела УНКВД Западно-Сибирского края, в значительной степени укомплектованной курсантами межкраевой школы НКВД под руководством П.И. Молостова, ходили по предприятиям и стройкам Новосибирска, выясняя у администрации наличие «антисоветского элемента».