Заместитель Генерального прокурора СССР (Вышинского) Г.К. Рогинский «за создание контрреволюционной организации в прокуратуре СССР» в 1940 г. получил 15 лет лагерей и умер в местах заключения. «Рогинский, как отмечалось в справке комиссии ЦК, — благодаря своей беспринципности использовался бывшим вражеским руководством НКВД в необоснованном массовом избиении партийного и советского актива. Рогинский давал санкции на аресты по простым, ничего не говорящим справкам НКВД, не проверяя дела по существу. Он по требованию НКВД давал санкции по телефону из квартиры и даже из дома отдыха». «Отговорилось далее в справке, — разлагал и развращал аппарат, устранял его от надзора за следствием, запрещал военным прокурорам, участвующим в выездных сессиях, снимать сомнительные дела на доследование или для направления в другие суды. Военным прокурорам, выезжавшим на места, запрещалось вмешиваться в следствие и осуществлять права прокурора». (Шапиро, Вельский, Гендин и Рогинский реабилитированы.)
В подписании списков принимали участие только те члены Политбюро, которые были наиболее приближены к Сталину. На списках нет автографов Калинина, Андреева, Чубаря, в то время как подпись Жданова, кандидата в члены Политбюро, встречается очень часто. Молотовым завизировано 372 списка. Собственноручные резолюции «за» и подписи Сталина сохранились на 357 списках, Каганович подписал 188, Ворошилов — 185, Жданов — 176, Микоян — 8, а вскоре расстрелянный Косиор — 5 списков. На 8 списках стоит подпись Ежова, который подписывал их не как нарком внутренних дел, а как секретарь ЦК, хотя он почти всегда присутствовал при утверждении списков. Рекорд в деле уничтожения «врагов народа» «великий вождь и учитель» Иосиф Сталин и его подручный Вячеслав Молотов поставили 12 декабря 1938 г., когда за один присест подписали сразу несколько списков и отправили на смерть 3167 человек. Именно Сталин и его подручные вынесли приговор каждому из них. Военная коллегия была лишь техническим оформителем этих заранее вынесенных приговоров.
Осуждение по спискам продолжалось и после 1938 г., хотя с приходом Л.П. Берии на пост главы НКВД СССР масштабы репрессий сократились. (За 1939 г. по обвинению в контрреволюционных преступлениях были осуждены к высшей мере наказания «всего» 2600, а за 1940 г. — 1600 человек.) Сталинские списки с этого времени стали утверждать постановлениями Политбюро. Принятое 16 февраля 1939 г. по записке Берии и Вышинского постановление Политбюро за № П68/112-оп гласило: «Дела активных врагов партии и Советской власти, входящих в руководящий состав контрреволюционной правотроцкистской, заговорщической и шпионской организации, в количестве 469 человек — передать на рассмотрение Военной коллегии Верховного суда СССР с применением Закона от 1 декабря 1934 г.». Из них расстреляны 413 человек. Решением от 8 апреля 1939 г. за № П1/217-оп, принятым также на основании записки Берии и Вышинского, Политбюро постановило «дела активных участников контрреволюционной правотроцкистской, заговорщической организации» (всего 931 человек) передать Военной коллегии Верховного суда для рассмотрения в соответствии с Законом от 01.12.1934 г., причем в отношении 198 руководящих участников применить высшую меру наказания — расстрел, а остальных 733 человек приговорить к заключению в лагерь «на срок не менее 15 лет каждого».
Решением Политбюро от 17 января 1940 г. (№ П11/208-оп) на основании списка, представленного Берией Сталину, «осуждено» несколько сотен человек. В сопроводительной записке (№ 265/6) говорилось об окончании следствия в отношении арестованных «врагов ВКП(б) и Советской власти, активных участников контрреволюционной, правотроцкистской заговорщической и шпионской организации в количестве 457 человек» и о том, что НКВД считает необходимым передать их дела в Верховную коллегию для рассмотрения в порядке Закона от 01.12.1934, причем 346 человек следует приговорить к ВМН, а 111 — на сроки не менее 15 лет. «Просим Вашей санкции», — завершал записку Берия. В прилагаемом списке среди 346 человек, подлежащих расстрелу, были Исаак Бабель, Михаил Кольцов, Надежда Михайловна Бухарина-Лукина, Всеволод Мейерхольд. Большую часть списка заняли имена чекистов-«ежовцев» и членов их семей, включая Ежова и Фриновского с женой и сыном. Предложение Берии было принято без изменений.
6 сентября 1940 г. Берия попросил санкцию на передачу в Верховную коллегию дел еще на 537 человек. Из приложенного списка предполагалось 472 человека расстрелять (в том числе 41 по обвинению в принадлежности к «заговорщической организации, готовившей вооруженное восстание против правительства МНР»), а остальных 65 человек приговорить к заключению на срок не ниже 15 лет каждого.