Помимо высокой смертности от невыносимых условий труда и содержания, плохого питания и медицинского обслуживания, многие заключенные были расстреляны по указанию властей. Расстрелы в лагерях и тюрьмах начались сразу же после выхода приказа НКВД № 00447 от 30 июля 1937 г. В первую очередь расстреливали троцкистов и «контрреволюционеров», а также «отказников», сектантов, «за саботаж и попытку восстания», за побеги и т.д. Известны массовые расстрелы заключенных на Колыме, в Воркутинских лагерях и в урочище Сандармох в Медвежьегорском районе Карелии. В колымском «Дальстрое» вдохновителями таких расстрелов были начальники С.Н. Гаранин и К.А. Павлов, а «техническую сторону» вопроса решали палачи: начальник УНКВД по Дальстрою В.М. Сперанский с так называемой московской бригадой в составе чекистов Кононовича, Каценеленбогена (Богена), Бронштейна и Виницкого. Используя методы фальсификации, провокации и прямого физического воздействия, «московская» бригада разрабатывала дело о «Колымской антисоветской, шпионской, повстанческо-террористической, вредительской организации», которая якобы была организована и возглавлялась бывшим директором «Дальстроя» Э.П. Берзиным. По данному делу в числе остальных был арестован и бывший начальник Севвостлага И.Г. Филиппов. Уже через несколько дней он дал следующие показания: «Антисоветская организация, активным участником которой я состоял, ставила перед собой основную задачу — свержение Советского правительства. В этих целях организация вела практическую работу в направлениях: а) подготовки на Колыме вооруженного выступления против советской власти в момент возникновения конфликта между СССР и Японией или же Германией; б) подготовки и совершения террористических актов против руководителей Коммунистической партии и Советского правительства; в) возбуждения местного коренного населения против советской власти; г) широкого вредительства во всех областях хозяйства Дальстроя; д) передачи различных сведений иностранным разведкам. Кроме того, организацией переправлялось за границу золото... Вредительство по линии лагерей проводилось под моим и Берзина непосредственным руководством... Мы считали заключенных на Колыме своими людьми и старались всемерно улучшить их материально-бытовое положение...» (114: 217).
«Тройкой» НКВД по «Дальстрою» до начала декабря 1937 г. были рассмотрены дела около 3000 человек, по которым вынесено 2428 расстрельных приговоров. С 16 декабря 1937 г. по 15 ноября 1938 г. «тройка» рассмотрела еще 10 734 дела, по которым был расстрелян 5801 человек. Таким образом, общее количество казненных более чем за год деятельности «тройки» УНКВД было не менее 8000 человек, включая вольнонаемных работников «Дальстроя» (114: 218). В «Справке по делу вскрытой на Колыме антисоветской шпионской, террористическо-повстанческой, вредительской организации», подписанной 4 июня 1938 г. начальником УНКВД по «Дальстрою» В.М. Сперанским, приводились следующие данные: репрессировано вольнонаемных — 285 человек, среди которых выявлены 150 шпионов, работавших на 12 разведок, в том числе: на японскую — 52 человека, на немецкую — 35, польскую — 21, итальянскую и литовскую разведки — по 2 человека. В «Справке» также отмечалось, что «... в погранзоне Охотского побережья ликвидирована японская шпионская сеть организации в 116 человек», включая: 54 кулака, 17 служителей культа, 11 бывших жандармов и полицейских, 3 родовых князя и т.д. Все репрессированы по 1-й категории». Кроме того, в «Справке» было указано, что уже «арестовано и осуждено заключенных 3302 человека». В это число входило: «троцкистов и правых — 60 %, шпионов, террористов, вредителей и других контрреволюционеров — 35 %, бандитов и воров — 5 %»(115).
Расстрелы заключенных проводились в Магадане, на так называемой «Серпантинке», на «Мальдяке» и некоторых других приисках «Дальстроя».Так, 13 августа 1938 г. на прииске «Мальдяк» по двум актам было расстреляно 159 человек. Тела всех расстрелянных затем были «зарыты в землю в районе 3-й командировки прииска “Мальдяк”». Принимавший участие в расстреле сотрудник НКВД А.И. Гарусов позже показывал: «В начале августа 1938 г. я был командирован начальником РО НКВД Мельниковым на прииск “Мальдяк” в распоряжение члена бригады Богена. По прибытии в его распоряжение Боген поручил мне и группе товарищей проводить следствие, давая сроки за три часа заканчивать 20 дел. Когда мы ему жаловались на непосильную работу, он прямо приказывал бить арестованных. Боген сам показал нам пример, вызвал одного заключенного и избил кочергой, после чего и мы били, чем придется. Через несколько дней приехал капитан Кононович с прокурором Метелевым в 2 часа ночи и к 6 часам утра рассмотрели больше 200 дел... 133—135 приговорили к высшей мере наказания. Прокурор арестованных не смотрел и ни с кем из них не разговаривал» (116).