Естественно было предположить, что совершенные в один день в Петрограде и Москве покушения представляют собою акты организованного террора и были подготовлены одной политической группой. При расследовании выяснилось, что Каплан в прошлом была анархисткой, затем эсеркой, а Каннегисер состоял в партии народных социалистов. Центральный комитет партии правых эсеров и другие социалистические партии выступают с официальными публичными заявлениям о том, что их организации не имеют никакого отношенеия к убийству М.С.Урицкого и покушению на жизнь В.И.Ленина. Ещё раньше они заявляли то же по поводу убийства В.Володарского. Конкретных данных, опровергающих утверждения этих партий, ВЧК не имела.
Чрезвычайная комиссия обратила внимание на связи убийцы М.С.Урицкого с Филоненко. В сообщении Петроградской чрезвычайной комиссии указывалось, что Каннегисер являлся родственником Филоненко. Этот интерес к Филоненко не был случайным.
М.М.Филоненко, по образованию инженер, поручик царской армии. Он был человеком огромного честолюбия, склонным к авантюрам, Керенский назначил его военным комиссаром Временного правительства.
Материалы судебного процесса по делу эсеров выявили более подробные данные о личности Каннегисера. Как выяснилось, последний постоянно вращался среди антисоветски настроенных офицеров и юнкеров, участвовал в подпольных военных группировках, создававшихся в Петрограде.
Он являлся сторонником активных методов борьбы с Советской властью. Член ЦК партии народных социалистов В.И.Игнатьев показал, что Каннегисер, как член партии народных социалистов, предложил ему использовать в партийных интересах военные группы, в которых он работал. «Приблизительно в конце марта, – рассказывал Игнатьев, – ко мне явился… Каннегисер, который предоставил мне определенные рекомендации от знакомых мне лиц и после некоторого разговора предложил мне сорганизовать или, вернее, оформить уже существующую организацию беспартийного офицерства, которая поставила своей задачей активную борьбу против Советской власти.
Он сказал, что свыше 100 человек разбиты по разным районам города. Город разделен на комендатуры. Я осведомился, каково политическое кредо этой группировки. Ответ получил такой, что они стоят на точке зрения идейного на-родоуправства. Затем мы более детально обсудили этот вопрос… Я просил более ответственных руководителей (организации) и комендантов прийти ко мне на совещание. Около полумесяца пошло на эту организационную работу». В конце концов, офицерские военные группы, в которых участвовал Каннегисер, перешли в ведение партии народных социалистов, и член ЦК этой партии Игнатьев взял на себя политическое руководство ими.
Между тем в городе существовали и военные группы правых эсеров. Впоследствии все городские военные группы слились в единую организацию, ставшую военным костяком «Союза возрождения России».
В районах Петрограда были созданы низовые объединенные военные организации «Союза» – военные комендатуры, большая часть которых возглавлялась правыми эсерами. Комендантом же Выборгского района был Каннегисер.
Игнатьев рассказал, что Каннегисер предлагал ему вступить от имени партии народных социалистов также в связь с действовавшей в городе самостоятельной организацией Филоненко. «Каннегисер неоднократно говорил мне, – показывал Игнатьев, – о своих личных связях с Филоненко, о своей прошлой работе с ним, о встречах с ним в период своей работы в „Союзе возрождения“.
От встречи с Филоненко я отказался, от вхождения в связь с его организацией уклонялся, так как, по моей информации, организация его носила правый уклон и слишком личный характер, служила не для достижения общих целей, а для честолюбивых устремлений Филоненко к власти… Непременным уловием для совместной работы с его организацией ставилось признание Филоненко в качестве будущего премьера и военного министра». Отвечая на вопрос о причастности Филоненко к убийству М.С.Урицкого, Игнатьев сообщил на следствии, что он встречался с Филоненко в Архангельске во время господства там «союзных» оккупантов, при этом «во время разговора с Филоненко у последнего пробегала мысль о том, что он что-то знает по делу убийства Урицкого, но, скорее, был склонен приписать её желанию похвастаться своей актуальностью в борьбе с большевиками перед правыми кругами и союзниками, с которыми Филоненко был тесно связан».
Новые данные о личности Каннегисера, его связях с право-эсеровскими организациями были рассмотрены следственными органами, которые пришли к выводу, что они, однако, недостаточны для определенных суждений. В обвинительном заключении по делу правых эсеров указывалось: «Следствием установлено, что Каннегисер находится в тесной связи с организацией партии с.-р., входил в организацию Филоненко и в своё время был одним из назначенных военных комендантов партии с.-р. в Выборгском районе при подготовке попытки восстания и был на одном из заседаний военного штаба на Невской заставе».