Заключив в начале декабря 1880 года контракт с управляющим домом, будущие хозяева лавки стали ждать окончания ремонта. Содержать магазин Исполнительный комитет поручил А.В.Якимовой и Ю.Н.Богдановичу.
Юрий Николаевич Богданович с начала 1870-х годов участвовал в движении народников. Хорошо знавшая Богдановича В.Н.Фигнер рекомендовала его на роль торговца, имея в виду его практичность, находчивость и подходящие внешние данные. Он был широколицый, рыжебородый, добродушный, всегда готовый на шутку. Под стать ему была и Якимова, с ее вятским выговором на «о» и вполне демократическим видом. Но в торговле оба понимали мало, и соседние лавочники сразу увидели, что новички им не помеха.
В начале января 1881 года Якимова и Богданович поселились на Малой Садовой улице. У входа в подвал появилась вывеска: "Склад русских сыров Е.Кобозева". У них было три помещения: лавка, соседняя с нею жилая комната и склад, обращенный во двор. Наружную стену жилой комнаты обшили деревянной панелью под ясень, якобы от сырости. По ночам панель под окном снимали и начинали рыть подземную галерею. Действовать нужно было тихо, так как поблизости находился пост городового. Работали по два человека в смену в тяжелейших условиях. При свечке, сидя или лежа, подкопщик рыхлил землю ручным буравом, выбирал и складывал ее в мешок. Встать он не мог, так как галерея имела всего 80–90 сантиметров в диаметре, снизу выступала подпочвенная вода, а сверху могли обрушиться тротуар и мостовая. Мешок с землей напарник за веревку вытаскивал в комнату. Землю ссыпали в пустые бочки из-под сыров, в угол склада, прикрывая углем и сеном, в диван в жилой комнате, но на улицу ее не выносили.
В устройстве подкопа участвовали Богданович, Желябов, Тригони, Ланганс, Фроленко, Баранников, Колодкевич, Суханов, Исаев, Саблин. Они работали с огромным напряжением. И, хотя имена их держались в тайне, остальные узнавали их по усталым, осунувшимся лицам. Начало сдавать даже богатырское здоровье Желябова: появилась бессонница, случались обмороки.
Несмотря на ночные работы и другие приготовления к покушению, он по-прежнему продолжал бывать у студентов, агитировал рабочих, встречался с военными.
Во второй половине февраля подкоп был закончен. Немало потрудилсь над снарядами Кибальчич, Грачевский и Исаев. К середине февраля отладили конструкцию бомб, и в Пар-голове состоялись их испытания. На них присутствовали кроме Кибальчича и Желябова метальщики.
В группу метальщиков, сформированную Желябовым, входило четыре человека: студенты И.И.Гриневицкий и Н.И.Рысков, рабочий Т.М.Михайлов и окончивший ремесленное училище И.П.Емельянов. Их подготовка была недолгой. В специально устроенной квартире, которую содержали Г.М.Гельфман и Н.А.Саблин, в доме N5 на Тележной улице, Н.И.Кибальчич объяснял метальщикам устройство снаряда.
28 февраля последней проверке подверглись запалы, Кибальчич, Гриневицкий, Михайлов и Рысаков ездили за Смольный монастырь. В пустынном месте Т.Михайлов бросил на дорогу снаряд, наполненный песком вместо гремучего студня. Раздался негромкий хлопок, и крышка снаряда отскочила: заряд сработал.
Итак, к концу февраля 1881 года все было готово.
К тому времени значительно поредели ряды членов Исполнительного комитета. Почти половина их — 13 из 29 — выбыли из строя. Был казнен А.А.Квятковский, осуждены С.Г.Ширяев, Н.К.Бух, АИ.Зунделевич, САИванова, умер В.В.Зегс фон Лауренберг, уехали за границу О.С.Любатович и НАМо-розов.
28 ноября 1880 года был арестован А.Д.Михайлов. Страж порядка в организации, мастер конспирации, он был схвачен из-за собственной неосторожности. Отдав карточки осужденных для пересъемки в несколько фотографий, он зашел в одну из них справиться о заказе. Ему показалось, что визит его встречен подозрением. Михайлов рассказал об этом друзьям, и они категорически запретили ему появляться в фотографии. Тем не менее через несколько дней, просто оказавшись рядом, он подумал, что ошибся в своих подозрениях, и все-таки решил получить заказ.
Когда он вышел из фотографии Таубе, околоточный последовал за ним. Михайлов пытался скрыться через проходной двор — не удалось. На углу Коломенской и Разъезжей, когда он пытался сесть на извозчика, его арестовали. "Простите, милые. Простите мне риск, который обошелся так дорого", — писал Михайлов в первом письме, нелегально переданном из тюрьмы.
В январе 1881 года прошла волна арестов.
27 февраля в 5 часов вечера Перовская и Желябов вместе вышли из дома, взяли извозчика и доехали до Публичной библиотеки. Отсюда они разошлись по своим делам.
Когда вечером 27 февраля Желябов не вернулся домой, Перовская поняла, что он арестован. На следующий день из квартиры было унесено все ценное имущество организации, и Перовская покинула ее.
Встретились Перовская и Желябов через месяц, в зале суда.