Жемчужиной природно-территориального комплекса является Шемахинское (Сказовское) карстовое поле, изобилующее пещерами, карстовыми воронками, колодцами, подземными реками. Крупнейшая из пещер — Шемахинская (Сказовская) и Козитовый (Пещерный) лог объявлены памятниками природы.
Пещера Шемахинская-1 и близлежащий район с разнообразными карстовыми формами представляют собой очень интересный образец действующей подземной гидрогеологической сети. Поглощение талых и дождевых вод происходит в поноры долин Верхняя Шемаха и Морозкина, а также через карстовые воронки на их междуречье. Под землей происходит перераспределение водных потоков и переток воды из одной долины в другую. Дальнейшие спелеологические исследования могут принести новые большие открытия. Вполне реальным, например, является соединение двух пещер — Шемахинской-1 и Шемахинской-2 (длина последней составляет 1510 м), ведь ближайшие ходы этих пещер находятся друг от друга лишь в 100—120 метрах. А успешная попытка проникновения спелеологов на магистральную галерею: поноры речки Верхняя Шемаха — родники Конный и Теплый ключ — пещера Шемахинская-1 — может дать пещерную систему длиной около 6—8 километров.
Помимо Сказовой пещеры и Шемахинской-2 здесь открыты еще две крупные пещеры — Глиняная и Холодная. Вход в Глиняную начинается в воронке, со дна которой ведут два коридора. Общая длина пещеры около 240 метров.
Березовая лесостепь уникальна
Летом 1926 года в Троицком округе (б. Уральской области) работала почвенно-ботаническая экспедиция Пермского университета под руководством профессора В. В. Никитина. Целью ее было помочь практикам сельского хозяйства в освоении края. Внимание участников экспедиции привлек участок степи, лежащий в 30 километрах южнее Троицка. Интерес объяснялся тем, что на его небольшой сравнительно территории оказались представленными все типы почв лесостепного Зауралья и характерная для них растительность. Тогда и возникла мысль об организации здесь заповедника. Так, по инициативе ученых Пермского университета и на основании решения Троицкого окружного исполкома от 24 июля 1928 года в южной части лесостепи Зауралья был открыт заповедник на площади 1509 гектаров.
Инициаторы создания Троицкого заповедника (среди них был выдающийся физиолог растений Д. А. Сабинин) рассматривали его прежде всего как образец (эталон) природы лесостепного Зауралья в ее первозданном виде. Охранный режим в заказнике в первые годы его существования был чрезвычайно строгим: полностью исключались какие бы то ни было виды хозяйственной деятельности. Достаточно сказать, что даже дрова для сотрудников заготовлялись в ближайшем лесхозе. Если вспомнить, что в те годы на сотни верст кругом еще простирались целинные степи, нельзя не отдать должное мудрости и дальновидности создателей заповедника.
Однако, начиная с 30-х годов в охране природы заповедника по ряду причин возникли негативные преобразования. Известную роль сыграло изменение научной тематики, а именно широкое развертывание агротехнических работ (исследования А. Г. Силина по семеноводству люцерны, изыскание эффективных способов мелиорации солонцов, начатые под руководством А. И. Оборина и т. п.). Это потребовало распашки части земель под опытные посевы.
Очень большой ущерб охране и изучению природы лесостепного Зауралья нанесло упразднение заповедника и создание на его месте Троицкого учебно-опытного лесного хозяйства Пермского госуниверситета с режимом заказника. Этот режим осуществляется и в настоящее время: здесь запрещены охота, рыбная ловля, сбор ягод и грибов, однако ведутся сенокошение и выпас, имеются и распаханные для хозяйственных нужд площади.
Черную страницу в летопись Троицкого заповедника-заказника вписало отторжение в 1969 году от его территории 300 гектаров степей. Они были переданы Троицкому плодопитомническому совхозу под кормовую базу кумысной фермы. Целесообразность данной меры обосновывалась потребностью в целинных степных пастбищах для выпаса кобылиц, поскольку нераспаханных земель в Челябинской области к этому времени уже практически не осталось. Урон, нанесенный природе лесостепи, несомненно, был бы меньшим, если бы отрезанные земли действительно использовались как пастбища. Вскоре, однако, они отошли колхозу «Заря» и были распаханы.
Вопреки сказанному выше, роль Троицкого заказника в деле охраны природы не только не уменьшилась, а, напротив, неизмеримо возросла и, очевидно, будет возрастать и впредь. В южной части лесостепного Зауралья он остался единственным очагом естественной растительности среди преобразованного человеком ландшафта. Именно здесь в относительно малоизмененном виде сохранилась зауральская березовая лесостепь.