Через год после этого досадного инцидента произошел еще один, не менее неприятный. Л. А. Смирнова, проходя мимо саркофага, плюнула на него и бросила в стекло камень, сопроводив свои действия ругательствами. Стекло саркофага было разбито, но тело Ленина не пострадало. В апреле 1962 года житель города Павловский Посад пенсионер А. А. Лютиков также бросил камень в саркофаг.
В Мавзолее имел место и террористический акт. В сентябре 1967 года некий Крысанов, житель литовского города Каунас, взорвал начиненный взрывчаткой пояс около входа в Мавзолей. В итоге погиб террорист и еще несколько человек. Мавзолей не пострадал.
В 70-х годах Мавзолей оснастили новейшими приборами защиты, однако и после этого инциденты в усыпальнице Ленина не прекратились. Самый драматический случай произошел 1 сентября 1973 года. К Мавзолею нескончаемым потоком шли шеренги детей. Неизвестный злоумышленник сумел скрытно разместить под одеждой взрывное устройство и пройти в траурный зал. Как только террорист приблизился к саркофагу, он соединил провода взрывного устройства. Мощный взрыв буквально разорвал преступника на клочки, погибла идущая вслед за ним супружеская пара, четверо школьников были ранены, а охранники траурного зала контужены. Основная сила взрывной волны пришлась на саркофаг, но тело Ленина не пострадало, поскольку саркофаг был закрыт пуленепробиваемым стеклом. Установить личность террориста так и не удалось, так как от него осталась часть головы, одна рука и обрывки документов.
В апреле 1990 года произошел редчайший случай. У входа в Мавзолей уголовник бросил на парапет усыпальницы две трехлитровые банки с зажигательной смесью. Поджигателя связали подоспевшие сотрудники отделения охраны Красной площади и отправили в милицию. Пламя быстро погасили.
Видел Мавзолей и 34-летнего В. Е. Загорского, который 10 января 1991 года выразил свой «протест» довольно оригинальным способом, пытаясь голым пройтись по площади мимо главной усыпальницы страны. Не менее скандальная акция произошла 15 марта 2010 года. Житель Подмосковья Сергей Крапецов перелез через ограждения, забрался на трибуну Мавзолея и начал оттуда выкрикивать призывы к разрушению усыпальницы и скорейшему захоронению тела вождя. В том же году милиционеры задержали мужчину, который бросил в Мавзолей рулон туалетной бумаги. Что двигало им, так и осталось тайной.
1 мая 1990 года во время официальной демонстрации на Красную площадь вступила альтернативная колонна с антикоммунистическими лозунгами. Президент СССР Михаил Горбачев и другие руководители страны спешно покинули трибуну Мавзолея, и военный парад не состоялся. Это был последний раз использования Мавзолея как трибуны для руководителей государства.
После государственного переворота, 6 октября 1993 года, секретным решением президента Ельцина был упразднен легендарный пост № 1. В тот день к 16 часам у Мавзолея Ленина, как всегда, собрались сотни москвичей и приезжих, в том числе иностранные туристы, чтобы полюбоваться торжественной сменой почетного караула. Но их ожидания на сей раз были напрасными. Новая смена не появилась. В 16 часов дверь Мавзолея внезапно открылась, часовые повернулись спинами к толпе и исчезли в темном проеме вестибюля ленинской усыпальницы. Главный пост страны, воспетый поэтами на многих языках мира, остался без почетного караула.