Энергия и результативность работы Папанина были замечены. Вскоре его пригласили в Академию наук заведующим отделом морских экспедиционных работ. Задача отдела – обеспечивать работу кораблей Академии наук. А всего-то в Академии – один научно-исследовательский корабль дальнего плавания – всё тот же «Витязь», да около десятка малых судов для работы в прибрежных водах.
Заведование таким отделом, казалось, не может доставить больших хлопот. Однако через несколько лет в Академии наук, а затем в научно-исследовательских институтах Гидрометслужбы и других ведомств появляются океанские корабли, специально предназначенные для научных исследований. В 70–80 годы в нашей стране насчитывалось уже несколько десятков плавучих исследовательских институтов различных типов. Папанин, без всяких преувеличений, был инициатором и организатором создания наибольшего и ведущего в мире научно-исследовательского флота.
…В посёлке Борок Ярославской области, расположенном на берегу Рыбинского водохранилища, имеется два научных учреждения: Институт биологии внутренних вод имени И.Д. Папанина (ИБВВ РАН) и Геофизическая обсерватория «Борок» Объединённого института физики Земли имени О.Ю.Шмидта (ГО ОИФЗ РАН). Здесь проживает около двух тысяч человек.
Борок возник на месте помещичьей усадьбы, построенной в середине 19 века отцом революционера и учёного Н.А. Морозова. В 1938 году в бывшей усадьбе учреждается Верхневолжская база АН СССР, преобразованная позднее в биологическую станцию «Борок». В 1956 году на базе станции был образован Институт биологии водохранилищ, переименованный затем в Институт биологии внутренних вод АН СССР, которому в 1987 году присвоили имя И.Д. Папанина.
Уникальна судьба Н.А. Морозова. Отцом его был ярославский помещик, дворянин П.Г. Щепочкин, а матерью А.В. Морозова – простая новгородская крестьянка, бывшая дворовая крепостная. Родители жили невенчанными, поэтому пятеро детей носили фамилию матери, а отчество – крёстного отца А.И. Радожицкого.
До 15 лет Н.А. Морозов жил в Борке, занимаясь под руководством гувернёра, а затем поступил во Вторую Московскую классическую гимназию. Он участвовал в «хождении в народ», являлся членом исполкома партии «Народная воля». Дважды арестовывался и был осуждён вначале на три года, а затем приговорён к пожизненной каторге, заменённой одиночным заключением в Шлиссельбургской крепости. Отсидев 24 года, Н.А. Морозов самостоятельно выучил за это время 11 иностранных языков и написал 26 томов научных работ по химии, физике, математике, астрономии, философии, политэкономии, авиации. И это при том, что официально он не имел высшего образования. Книги были высоко оценены Д.И. Менделеевым, В.И. Вернадским, А.Л. Чижевским, К.А. Тимирязевым, К.З. Циолковским.
С 1918 года и до самой смерти Морозов возглавлял Естественнонаучный институт имени П.Ф. Лесгафта в Петрограде-Ленинграде. Был награждён двумя орденами Ленина и орденом Трудового Красного Знамени. В 1923 году «за заслуги перед революцией и наукой» Совнарком вернул учёному в пожизненное владение его же собственное имение. Большую часть последнего Морозов передал Академии наук и потому считался одним из основателей биологической станции в Борке. Скончался Н.А. Морозов, которого Тимирязев назвал «последним энциклопедистом ХХ века», в 1946 году, в возрасте 92 лет. Похоронен в Борке, где ему поставлен бронзовый памятник.
…Создание этого образцового научного городка тесно связывают с именем И.Д. Папанина. Однажды Ивана Дмитриевича, который любил охотиться в Ярославской области, попросили заодно проверить состояние биологической станции «Борок». Находилась она в глухомани, дышала на ладан, но в связи с созданием Рыбинского водохранилища её предполагалось оживить. Иван Дмитриевич вернулся в Москву с двойным впечатлением: с одной стороны – прекрасное место для научных исследований, а с другой несколько обветшавших деревянных строений и десяток скучающих от одиночества сотрудников. Ни сил, ни возможностей решать существенные задачи у них не было.
Со свойственной ему решимостью Папанин предложил Президиуму Академии наук возглавить эту станцию «по совместительству». Приехав в Борок в начале 1952 года в качестве уполномоченного Академии, он развернул бурную деятельность. Широкий авторитет в научных и хозяйственных кругах позволил известному полярнику «выбивать» дефицитные материалы и оборудование, к причалу биостанции одна за другой стали подходить баржи с кирпичом, досками, металлом. Строились лабораторные корпуса, жилые дома, подсобные службы, создавался научно-исследовательский флот.
Папанин пригласил в Борок целый отряд молодых специалистов, обеспечив их жильём и питанием. Но главным его достижением стало появление на станции группы известных учёных-биологов, запрещённых генетиков, многие из которых отсидели свои сроки, и им был закрыт въезд в Москву. Среди них можно отметить Б.С.Кузина, Ф.Б. Мордухай-Болтовского, М.А. Фортунатова, С.И. Кузнецова. Перед ними была открыта возможность полноценной творческой деятельности в Борке.