Э.Т. Кренкель родился 24 декабря 1903 года в городе Белостоке (ныне Польша), в семье инспектора коммерческого училища. В 1910 году семья переехала в Москву, где отец стал преподавать немецкий язык в Коммерческом училище и Коммерческом институте. Жили скромно, но и особой нужды не испытывали. Это была глубоко культурная, интеллигентная семья, где детей приучали к труду с раннего возраста. На всю жизнь Эрнст сохранил живой интерес к литературе, искусству, новостям науки и общественной жизни.
Из воспоминаний Кренкеля:
Переезд в Москву связан с тем, что отец заступился за большую группу евреев, укрывшихся во время погрома в училище. Ему посоветовали покинуть государственную службу «по состоянию здоровья».
Стремясь дать сыну хорошее образование, родители определили его в частную реформатскую гимназию при швейцарской церкви в Москве, где уровень преподавания был выше. Уже тогда в душе мальчика проявилась склонность к романтике и приключениям.
Начавшаяся Первая мировая, а затем и Гражданская войны прервали учёбу. Кренкелю пришлось уйти на заработки: был упаковщиком посылок на почте, расклейщиком афиш, помощником электромонтёра, подручным механика. В 1921 году он поступил на годичные курсы радиотелеграфистов в Москве, тогда эта профессия была окружена ореолом таинственности.
По окончании курсов Эрнста направили на Люберецкую приёмную радиостанцию, где пришлось «с нуля» осваивать навыки практической работы. Параллельно он поступил на вечернее отделение радиотехникума им. Подбельского, где проучился два года.
Слово Э.Т. Кренкелю:
Однако молодого парня неудержимо тянуло странствовать по свету. Летом 1924 года он отправился в Ленинград с надеждой устроиться на корабль дальнего плавания. Кто-то подсказал Эрнсту, что Гидрографическое управление ищет радиста на какой-то остров в Северном Ледовитом океане. В тот же день он предстал перед известным гидрографом Н.Н. Матусевичем, который набирал смену на первую советскую полярную обсерваторию Маточкин Шар, построенную год назад в средней части Новой Земли. Получив подъёмные и морскую форму, юноша в тот же день выехал поездом в Архангельск.
Вспоминает Э.Т. Кренкель: