Мексиканское духовенство и клерикалы, а с ними и папский престол не признали конституцию. В специальной булле папа Пий IX осудил статьи мексиканской конституции, касавшиеся церкви, и объявил их не обязательными для верующих. Церковная иерархия запретила верующим присягать новой конституции. Ни один человек, принимавший конституцию или приобретавший имущество церкви, не имел права на исповедь, на похороны по христианскому обряду или на другие ритуальные услуги церкви. Церковная иерархия запретила вход в кафедральный собор членам правительства.
Осенью 1857 г. клерикальный наемник генерал Сулоага (в прошлом кассир игорного дома) поднял мятеж против правительства. Клерикалам удалось перетянуть на свою сторону Комонфорта. Сулоага захватил столицу. Многие депутаты конгресса бежали в Керетаро, где низложили Комонфорта и провозгласили временным президентом Бенито Хуареса. Новый президент перевел правительство в город Веракрус, откуда повел борьбу против мятежников, укрепившихся в Мехико. Так началась спровоцированная реакцией во главе с церковью кровопролитная гражданская война, известная под именем войны за "реформу". Под "реформой" подразумевалась прогрессивная законодательная деятельность правительства Хуареса. Она длилась три года и закончилась полной победой прогрессивных сил, возглавляемых Хуаресом.
В 1859 и 1860 гг. правительство Хуареса, находясь в Веракрусе, издало ряд законов, дополняющих конституционные статьи о свободе совести. 12 июля 1859 г. был издан закон, отделявший церковь от государства, вся церковная собственность национализировалась, запрещались монашеские ордена и конгрегации, книги и произведения искусства подлежали изъятию из монастырей и передаче государственным библиотекам и музеям. Были приняты законы о гражданском браке, о гражданской регистрации рождений и смерти, о секуляризации кладбищ, о сокращении числа признанных государством религиозных праздников и о свободе культов. В 1864 г. эти законы были включены в конституцию.
Вскоре клерикальная контрреволюция была разгромлена, и правительство Хуареса вступило в столицу, откуда немедленно были высланы папский нунций, архиепископ Гарсиа-и-Бальестерос и четыре епископа, скомпрометировавшие себя поддержкой мятежников. Прогрессивные реформы Хуареса пользовались поддержкой мексиканского народа. За них высказывались даже некоторые патриотически настроенные представители духовенства. Однако церковные власти и папский престол объявили войну Хуаресу.
Пий IX предал анафеме всех мексиканских государственных деятелей, имевших отношение к выработке и провозглашению указанных законов. Он объявил их "пустыми и несуществующими" и "не имеющими ценности". В своем заявлении папа римский метал громы и молнии также против тех священников, которые поддерживали президента Хуареса.
Не найдя опоры внутри страны, клерикальная реакция предложила свои услуги иностранным интервентам. Теперь Мексике угрожал Наполеон III. Действуя в согласии с ним, клерикалы предложили корону Мексики австрийскому эрцгерцогу Максимилиану. По дороге в Мексику эрцгерцог посетил Рим и встретился с Пием IX, который благословил его и обещал поддержку церкви, не преминув напомнить, что ожидает возвращения церкви конфискованного Хуаресом имущества. Поддерживаемый французским экспедиционным корпусом, Максимилиан вскоре высадился в Мексике, где был провозглашен императором. Он образовал марионеточное правительство- регентский совет, в который вошел Лабастида, архиепископ Мексики. 31 мая 1860 г. Хуарес вновь вынужден был оставить столицу.
Высшее духовенство встречало иностранных захватчиков колокольным звоном и торжественными молебнами. Только отдельные священники присоединились к Хуаресу и участвовали в борьбе с интервентами и их мексиканскими агентами.
Однако надежды клерикалов на поддержку со стороны французов и Максимилиана не вполне оправдались. Французы и Максимилиан понимали, что возвращение собственности и привилегий церкви удвоило бы ненависть населения к ним. Максимилиан пытался заручиться сотрудничеством умеренных либералов. В 1864 г. в Мексику прибыл папский нунций Мелиа для заключения конкордата. Мелиа потребовал от Максимилиана восстановить церковные привилегии и возвратить церкви ранее распроданное имущество. Максимилиан отказался. Мелиа пробыл в Мексике год, безуспешно пытаясь переубедить эрцгерцога. В 1865 г. Мелиа ни с чем покинул Мексику.