Православная церковь в лице ее иерархов, "за исключением неученого Никона Вологодского" (слова видного богослова и историка церкви А. Карташева), с самого начала отнеслась отрицательно к изданиям Нилуса. Его эсхатологические сочинения, в которые он включал как составную часть ПСМ, носили выраженный оккультный характер и противоречили христианскому богословию. Достаточно сказать, что автор с полной уверенностью утверждал близкое пришествие Антихриста, а в последнем прижизненном печатном труде, озаглавленном "Письмо С.А. Нилуса Иеродиакону Зосиме 1917, Августа 6-го дня", он не только назвал предполагаемый конечный год земного исчисления – 1922, но и год явления Антихриста – 1918 и, самое поразительное, его имя – Давид-Ганнен-Феникс. Таким образом, Нилус попирает евангельские каноны: "О дне же том и часе никто не знает, ни Ангелы небесные, а только Отец Мой один… (Мф 24:36); Он же сказал им: не ваше дело знать времена или сроки, которые Отец положил в Своей власти… (Деян 1:7)".
ПСМ нашли некоторый отклик лишь в мистических кругах: есть ссылка на книгу Нилуса в магистерской диссертации П. Флоренского; в художественной литературе "антимасонскую" традицию поддержала Е. Шабельская романами "Сатанисты XX века" (1909) и "Красные и черные" (1911), где немало страниц посвящено заседаниям еврейских заговорщиков, во главе которых стоит персонаж, напоминающий С.Ю. Витте; речи заговорщиков повторяют монологи "мудрецов".
В годы первой мировой войны ПСМ впервые вышли за пределы России: дядя царя, великий князь Николай Николаевич, командующий Кавказским фронтом, известный гонитель евреев, велел перевести протоколы на английский язык и распространить среди союзников; по воспоминаниям X. Вейцмана, ПСМ были популярны у британских офицеров на Ближнем Востоке. 1918 г. был переломным в истории ПСМ. Убийство революционными властями России царской семьи вызвало волну массового, мистически окрашенного интереса к антисемистской фальшивке. Известие о том, что следователи армии Колчака обнаружили в комнате императрицы Александры Федоровны подаренную ей за несколько месяцев до того книгу Нилуса "Великое в малом" (вместе с Библией и "Войной и миром" Л. Толстого) было воспринято в монархических и экзальтированных христианских кругах как завещание царицы-мученицы, указывающее на евреев – истинных виновников трагедии. Издания ПСМ появились в Новочеркасске, Ростове-на-Дону, Харькове; к распространению их в белых армиях приложил руку известный антисемит В. Пуришкевич, служивший в отделе пропаганды Добровольческой армии. По свидетельству М. Новомейского и некоторых других, "жидо-масонский заговор" стал навязчивой идеей адмирала Колчака: новые издания ПСМ появились в Омске, Иркутске, Владивостоке, Хабаровске. В белогвардейской печати также публиковался в разных вариантах "документ Цундера" (новая версия "письма Кремье"), найденный якобы среди бумаг командира Красной Армии. Пропаганда ПСМ и других фальшивок в белых армиях и войсках Петлюры спровоцировала жесточайшие погромы с невиданным прежде числом жертв.
После победы большевиков распространение ПСМ в России было запрещено, они имели хождение лишь в некоторых кругах националистического антисоветского подполья.
Однако завезенные в Европу белой эмиграцией ПСМ сыграли зловещую роль в становлении идеологии правых движений, особенно национал-социализма в Германии.
Российское черносотенство с нацизмом объединил А. Розенберг, который приехал в конце 1918 г. из России в Германию, где стал официальным идеологом и философом нацистской партии. В 1923 г. А. Гитлер назначил Розенберга на пост главного редактора газеты "Фёлькишер беобахтер", в которой он опубликовал ПСМ, а затем активно содействовал их миллионным изданиям на немецком и других языках. (Первый перевод ПСМ на немецкий язык под псевдонимом Готтфрид цур Беек издал в 1919 г. Мюллер фон Хаузен; второй – в 1920 г. – осуществил Т. Фрич.) Пропаганда, развернутая нацистами в связи с ПСМ, вызвала широкую антиеврейскую истерию и спровоцировала убийство министра иностранных дел В. Ратенау, которого объявили одним из "сионских мудрецов".
Трудно переоценить роль ПСМ в разработке планов "окончательного решения еврейского вопроса". Но несомненно их влияние и на основы идеологии нацизма:
Гитлер и его окружение приняли как откровение начертанный в ПСМ абсурдный план заговора с целью достижения господства над миром и попытались сами его реализовать.
В Англии первый перевод ПСМ был опубликован в 1920 г. и выдержал пять изданий. В 1921 г. корреспондент лондонской газеты "Морнинг пост" В. Мароден выпустил новый перевод, также несколько раз переизданный. И в "Морнинг пост", и в "Тайме" появились статьи, утверждавшие подлинность ПСМ. В 1920 г. в Бостоне (США) ПСМ были опубликованы на средства автомобильного короля X. Форда тиражом в полмиллиона экземпляров; их пропагандировала также издававшаяся массовым тиражом его газета "Дирборн Индепендент". Мировое распространение получила книга Форда "Международное еврейство", развившая идею заговора.