В апреле 1861 года Семс получает новое назначение. Ему предстоит отправиться в Новый Орлеан и вступить в командование пароходом «Сэмтер». Это был небольшой парусно-винтовой купеческий пароход водоизмещением 500 т. До недавнего времени он назывался «Гаванна» и совершал регулярные рейсы между Кубой и Новым Орлеаном. Конфедераты мобилизовали его, переименовав в честь своей первой победы под фортом Сэмтер. Знакомство с судном оставило хорошее впечатление. Семс нашел его «крепким и хорошо построенным». Теперь «Сэмтер» требовалось вооружить. Первым делом Семс очищает палубу от множества надстроек, перестилает и усиливает ее для установки орудий. Установить их требовалось пять: 8-дюймовое гладкоствольное бомбовое орудие на поворотной платформе между фок- и грот-мачтой и четыре 24-фунтовые пушки весом по 13 центнеров каждая, по две на борт. Далеко не все шло гладко. Промышленное производство принадлежало в основном Северу и спешные работы на «Сэмтере» приходилось выполнять подчас силами неопытных местных мастеровых. В своем дневнике Семс записал: «24 мая, Новый Орлеан. Уже прошел месяц как я начал готовить «Сэмтера» к плаванию, но мы еще не готовы... Только сегодня получил станок для 8-дюймового орудия. Офицеры налицо, команда перебралась на судно. Все с нетерпением ждут отправления».
Наконец маленький «Сэмтер» был вооружен. Казалось, судно преобразилось и готово начать свое плавание. По существу, это был первый военный корабль южан. Его экипаж состоял из командира, четырех лейтенантов, четырех мичманов, ревизора, лекаря, лейтенанта морских пехотинцев, четырех механиков, боцмана, канонира, парусника, плотника, подшкипера, баталера, 12 морских пехотинцев и 72 матросов. С этой командой 18 июня 1861 года «Сэмтер» и отправился вниз по Миссисипи. Вечером того же дня он подошел к устью реки и под прикрытием фортов встал на якорь. Здесь Семс намеревался дождаться удобного момента, чтобы прорваться в море. Увы, осуществить это было не так-то просто. С конца мая устье реки плотно блокировали корабли северян. Два рукава перекрыли фрегаты «Ниагара» и «Миннесота», в двух стояли пароходы «Бруклин» и «Поухатан». Семс писал: «Я приказал погасить маяки так, что в случае плохой погоды блокирующие суда, не имея приметных пунктов, будут вынуждены уйти в море». Однако стоял июнь и ничто не предвещало плохой погоды.
«Пока, — писал Семс, — я занимаюсь обучением команды у орудий и обращению с ручным оружием». Надо сказать, что дисциплина, правила поведения и распорядок на «Сэмтере» с первого дня были установлены командиром достаточно жесткие. Вот лишь выдержка из составленного лично Семсом «Положения о порядке на пароходе Конфедеративных Штатов “Сэмтер”»:
«1. Один из лейтенантов должен постоянно находиться наверху и только в порту вместо него на вахту может быть назначен мичман.
2. Шканцы, пространство палубы позади грот-мачты, должны быть парадным местом, сидеть и прогуливаться по ним строго запрещается.
3. На судне и на берегу при исполнении служебных обязанностей офицеры должны быть одеты по форме.
4. Никому из офицеров без особого разрешения командира не разрешается оставаться на берегу позже 10 часов вечера.
5. Каждый плутонг орудий должен обучаться по крайней мере три раза в неделю...
6. Ежедневно в 9 часов утра (исключая воскресенье) и вечером после заката солнца команда должна быть вызываема на палубу для осмотра.
7. По воскресеньям в 11 часов утра будет производиться общий осмотр, причем офицеры должны быть в эполетах.
8. Старший механик должен доводить до сведения капитана о малейшей неисправности в машине и котлах.
9. Во время хода под парами в машине должен постоянно находиться дежурный механик, который через каждые два часа обязан докладывать вахтенному офицеру о ходе машины.
10. Офицер морских пехотинцев должен ежедневно, когда погода тому не препятствует, обучать свою команду.
11. Пожарные партии будут вызываться раз в неделю, причем помпы, шланги и проч. должны быть на местах и действовать как на пожаре».
Учения и тренировки продолжались до 30 июня, когда наконец поступило известие, что «Бруклин» покинул свой пост и, преследуя какое-то судно, спустился под ветер.