Во время свадьбы Екатерина планировала заодно избавиться от адмирала Колиньи, который обретал все большую популярность. Двадцать второго августа она подослала к Колиньи наемного убийцу, который ранил его в левое плечо, но не смертельно. Екатерина и ее приспешники первыми прибыли к адмиралу и выразили лицемерные соболезнования. Лидеры протестантов, съехавшись позднее в резиденцию адмирала, выражали свое недоверие и требовали мести. Перед угрозой ответных действий протестантов королевское семейство запаниковало — было приказано закрыть город.
24 августа 1572 года король Карл IX отдал приказ уничтожить всех гугенотов — как он сказал, «чтобы не осталось никого, кто мог бы меня упрекнуть в содеянном».
За ночь были убиты 3000 человек, в том числе и Колиньи. Большинство убийств видных политических деятелей произошло в первые часы бойни. Повальные казни протестантов продолжались еще один день и одну ночь — до тех пор, пока улицы не стали походить на поле битвы. Сена покраснела от крови — в реку сбросили столько трупов, что они не тонули.
Сразу после Варфоломеевской ночи Париж попал в руки основанной в 1576 году Католической лиги, которую возглавлял герцог де Гиз, считавший, что власть должна принадлежать только ему. Официально Лига подчинялась короне, а в действительности единолично управляла городом.
Непредвиденным последствием бойни стало восшествие на престол Генриха III, младшего брата Карла IX. Карл умер вскоре после дня святого Варфоломея — официально от туберкулеза, но, по слухам, король был отравлен собственной матерью, убившей сына якобы по приказанию неких католических группировок.
Непродолжительное правление Генриха III проходило при дворе, известном своей сексуальной распущенностью. Сам король тоже не был чужд плотских удовольствий — он окружил себя пажами-миньонами, или «милашками», чем и заслужил прозвище «Король Содомский». Кроме того, он был своенравен и жесток.
В 1589 году умерла Екатерина Медичи. После ее смерти недолго прожил и Генрих III, враждовавший с Католической лигой, — он был зарезан монахом-фанатиком Клеманом в том же 1589 году. Теперь на трон вполне законно претендовал гасконский гугенот, ведущий свое происхождение от Людовика Святого и названный Генрихом III официальным преемником — Генрих Наваррский.
Воспротивившись этому, Католическая лига поднимает горожан на восстание — они не пускают в Париж нового короля. Но гасконец упрям — он несколько месяцев осаждает Париж, в котором начинается голод. За время осады парижане, недовольные городской властью и уставшие от бесконечных бедствий, требуют вступить в переговоры с Генрихом IV.
В марте 1592 года к Генриху Наваррскому была направлена делегация. Главным вопросом переговоров было обращение в католичество. Король раздумывал недолго. Стороны обратились за советом к богословам. В конце концов Генрих объявил, что готов к обращению, произнеся свою знаменитую фразу: «Париж стоит мессы»…
Первой заботой Генриха IV стало восстановление Парижа. Строительство из дерева было запрещено, новые здания возводились из кирпича и камня.
Утром 14 мая 1610 года Генрих IV был убит фанатичным католическим монахом Франсуа Равальяком. На троне его сменила в качестве регентши вторая жена, Мария Медичи.
Вскоре после смерти Генриха королева взялась за постройку дворца на левом берегу Сены. Она приобрела особняк герцога Люксембургского и приказала своему архитектору Соломону де Броссе выстроить для нее дворец, равный по величию и красоте флорентийскому палаццо Питти. Так появился Люксембургский дворец и сад при нем.
Первая жена Генриха, знаменитая королева Марго — Маргарита Валуа, брак с которой был расторгнут в 1599 году, тоже внесла изменения в облик Парижа. На нынешней улице Бонапарта когда-то находился построенный ею монастырь малых августинцев. Эксцентричную Марго, о которой ходили мрачные легенды (она якобы хранила сердца всех своих убитых любовников), на склоне лет охватило странное религиозное рвение. Дав обет возвести храм в честь Иакова, она построила в саду, прилегающем к ее особняку на соседней улице де Сэн, монастырь и часовню, и поместила в ней 14 монахов ордена босых августинцев. В течение пяти лет, сменяя друг друга и ни на минуту не умолкая, они днем и ночью пели в честь Иакова хвалебные псалмы, сочиненные Марго. Через пять лет королева сочла, что монахи безбожно фальшивят, выгнала бедных певцов, а монастырь заселила монахами ордена реформированных, или малых, августинцев.
Любопытная судьба постигла памятник Генриху IV на площади Вогезов — тот самый, где под ним лошадь Генриха IL В 1639 году, посчитав, что Генрих IV, простоявший на новой площади три десятка лет, смотрится не слишком актуально, Ришелье заказал скульптору Пьеру Биару статую своего «монарха и повелителя» — Людовика XIII. Генрих IV, как и его предшественник, был расплавлен, и бронза пошла на нового всадника. На постаменте статуи была высечена пространная надпись, сообщавшая, что статую эту в честь «Людовика Справедливого» воздвиг его верный слуга и премьер-министр кардинал Ришелье.