Тогда вряд ли хотя бы один берлинский бюргер ложился спать без мольбы о сильной руке, которая помогла бы восстановить законность в государстве и заодно избавить город от грабежей. Молитвы были услышаны в 1411 году, когда император назначил наместником марки бургграфа Фридриха Нюрнбергского. Молодой, невероятно деятельный правитель добился от берлинцев снаряжения отрядов, получил провиант и боеприпасы, причем ради благого дела те не пожалели церковных колоколов, снятых и переплавленных на пушечные ядра. Вызвав Иоганна фон Квицова на сражение в открытом поле, он разгромил войско разбойников, а затем направил пушки на их гнезда, сравняв с землей 40 крепостей и множество небольших укрепленных пунктов. Активность бургграфа была замечена и вознаграждена присвоением титула имперского курфюрста (нем. Kurfurst – «князь-избиратель»), то есть правителя, наделенного правом избирать императора Священной Римской империи. Таким образом, Фридрих Нюрнбергский стал первым представителем дома Гогенцоллернов, чью родословную продолжил король Пруссии, а завершил кайзер Германии.
К разочарованию горожан, новый господин не вернул Берлину статус, которым город обладал со времен основания. Изначально вольный, он превратился в резиденцию курфюрста. Встревоженные бюргеры попытались освободиться с помощью компенсации, но предложенная ими сумма казалась ничтожной по сравнению с доходами от переправы Мюлендамм. Если судить по долгим судебным разбирательствам, берлинцы добились некоторых послаблений от самого Фридриха и проиграли его преемнику Фридриху по прозвищу Железный Зуб, который, кроме стойкости в суде, показал способность к интригам. Не добившись привилегий законным порядком, он спровоцировал ссору между жителями Берлина, а потом вмешался, не поддерживая ни одну из воюющих группировок. После того как отряды курфюрста захватили некоторые из окрестных ферм в качестве залога, горожане разрешили Фридриху построить крепость в Кёльне, на острове между двумя рукавами Шпрее. Строительство завершилось в 1451 году; к тому времени Гогенцоллерны приобрели права на Бранденбургскую марку и отделили свою резиденцию от Берлина. К началу следующего века население обоих городов успело забыть о средневековых вольностях и вынуждено было склонить голову перед чиновниками. Новые администраторы получали специальное образование в школе при кельнской ратуше, а с 1574 года – в гимназии при Сером монастыре, где духовные науки постигали прусские короли, а позже учился будущий рейхсканцлер Отто фон Бисмарк.
Неблагоприятный исход борьбы не возбудил в людях желания бунтовать, и неудивительно, ведь одновременно с уменьшением свободы увеличивалось их благосостояние. Имея столичный статус, город богател, развивался правильно и быстро, поскольку двор курфюрста привлекал банкиров, поставщиков предметов роскоши и прочих специалистов по устройству красивой жизни. Не желая делиться прибылью с чужаками, горожане освоили такие отвергавшиеся ранее ремесла, как сукноделие, вышивание, научились делать шляпы, ювелирные украшения, оружие.
Первые Гогенцоллерны любили свою столицу, выражая привязанность если не деньгами, то вниманием. Путем налоговых льгот и жалования земель правители поощряли придворных на участие в ее благоустройстве. В течение XVI века города на Шпрее наполнялись красивыми домами, парками, уютными площадями, мощеными тротуарами; в каждом из них постепенно вводилась и успешно действовала система централизованной подачи воды. При курфюрсте Иоахиме III впервые за государственный счет был выстроен новый дворец в стиле ренессанс. К сожалению, после трех эпидемий чумы и религиозного бунта многое из достигнутого тогда исчезло и вспомнилось нескоро, потому что в начале следующего столетия на Европу обрушилась Тридцатилетняя война. Борьба католиков с протестантами, казалось, вернула Берлин в Средневековье. Крепости на Шпрее вновь стали навещать благородные разбойники, из которых особенно запомнились Валленштейн и Густав Адольф. Голод, раны, болезни привели к значительному сокращению числа горожан: в хрониках тех лет упоминается всего 5–6 тысяч жителей, оставшихся от довоенных 12 тысяч.