Подпольные организации создавались в различных районах степного Алтая. В селах Вострово и Солоновка Покровской области Славгородского уезда в январе 1919 года создана подпольная организация большевиками Прилепой, Копанем, Гребневым и беспартийным Е. М. Мамонтовым. С притоком крестьян, сочувствовавшим Советской власти, организация выросла в крепкий партизанский отряд со штабом в селе Солоновка. Большевики Каменского уезда Громов, Маздрин, Данилов, Коржаев и другие путем создания подпольных организаций положили начало партизанскому движению в уезде. В городе Камне действовал подпольный большевистский комитет. В селе Коротояк Славгородского уезда создание подпольных организаций возглавил большевик С. С. Толстых и другие. В Барнаульском уезде действовала крепкая подпольная организация во главе с Г. С. Ивкиным, Ф. И. Архиповым, Р. П. Захаровым и другими.
Организация имела связь с Барнаульским комитетом РКП(б) и возглавила массовое вооруженное Зиминское восстание крестьян в августе 1919 года. Объединение зиминских повстанцев с партизанами Мамонтова в конце августа 1919 года усилило влияние большевиков на партизанское движение. В объединенный штаб Мамонтова пришли зиминские большевики Ивкин, Архипов, Кольцов, Семенихин, Конкорин и другие.
Обострилась борьба большевиков против анархо-эсеровских элементов в лице Романова-Богатырева, Усырева и др.
Позиции большевиков значительно укрепились с организацией 9 сентября 1919 года Западно-Сибирского областного исполнительного комитета Советов крестьянских, солдатских и рабочих депутатов (облаком).
В составе облакома работала значительная группа большевиков: Голиков, Калачева, Архипов, Ивкин, Кольцов, Скиба, Морозов и др. П. К. Голиков— председатель облакома, член партии с 1913 года, один из наиболее подготовленных большевиков — в партизанском движении сыграл ведущую роль.
В своей работе среди партизанских масс большевики опирались на широкий беспартийный актив, который был предан борьбе за Советскую власть и являлся надежным проводником большевистских идей среди партизан. К числу таких активистов относились многие руководители партизанского движения: Мамонтов, Чеканов И. Ф., Воронов 3. С., Коля до Ф. Е., Жигалин и др.
Не имея оформленной организации, большевики иногда собирались на совещания для обсуждения наиболее важных вопросов и выносили устные решения и рекомендации, которые проводили в жизнь. Так, например, был решен вопрос о назначении главкома и командира корпуса нашей армии.
Большевики добились разрешения вопроса об объединении партизанских отрядов Мамонтова и Громова, преодолев противодействие анархо-эсеровских элементов.
Тем самым они выполнили установки ЦК РКП(б) и решения III Всесибирской подпольной конференции большевиков по партизанской борьбе с Колчаком.
При наличии в партизанском движении более тридцати большевиков они не были объединены в единую партийную организацию, а это привело к ряду серьезных ошибок.
Первое. Отсутствие единой партийной организации разобщало усилия большевиков по организации и воспитанию масс и затрудняло борьбу с анархо-эсеровским влиянием среди партизан.
Второе. Оказалось возможным назначение комиссаром армии беспартийного приспособленца Романова-Богатырева и командиром корпуса — эсера Козыря.
Правда, большевики, работавшие в облакоме, пытались создать партийную организацию и разработали устав, но допустили серьезную ошибку, мысля подчинить парторганизацию облакому.
Вредно сказывалась оторванность большевиков- партизан от руководящих центров и отсутствие связи с городскими подпольными комитетами. Если до конца августа 1919 года зиминские повстанцы имели связь с Барнаульским подпольным комитетом, то с сентября эта связь была потеряна, и большевики степного Алтая «варились в собственном соку».
Бывший председатель Барнаульского подпольного комитета РКП(б) Малиновский в своих воспоминаниях писал, что в январе 1919 года посылал связного в отряд Мамонтова, но он попал в руки колчаковцев и погиб.
Голиков и Коржаев два раза посылали в Барнаул связных, но первый не вернулся, а двое вторых вернулись ни с чем, так как не имели явки и не знали пароля подпольщиков в Барнауле.
Используя организационную разобщенность большевиков, анархо-эсеры вели скрытую пропаганду, но открыто не выступали против большевиков.
После разгрома Колчака некоторые из них, например Богатырев-Романов, примкнули к большевикам, а другие, как Козырь и Плотников, открыто выступили против Советской власти. Эсер Плотников даже поднял в 1920 году восстание, которое не имело социальной базы в народе и было сравнительно легко ликвидировано.
Первые партизанские отряды формировались из добровольцев, а с организацией Советской власти партизанская армия стала пополняться главным образом путем мобилизации.