Положение несколько улучшилось с созданием ЦШПД и фронтовых штабов, преобразованием последних в 1943 г. в республиканские и областные, обеспечением партизанских формирований радиостанциями, использованием для связи с ними самолетов.
В годы войны взаимодействие партизанских сил с регулярными войсками, в зависимости от цели и размаха действий Красной Армии, подразделялось на стратегическое, оперативное и тактическое.
Стратегическое руководство осуществлялось ЦШПД на основе единого замысла Верховного Главнокомандования для оказания содействия войскам в достижении цели стратегической операции, кампании или войны в целом. На осуществление стратегических планов была направлена известная директива, специальное постановление ЦК ВКП(б) об организации борьбы в тылу германских войск, об этом же говорилось на совещаниях в августе – сентябре 1942 г. при ЦШПД с участием командиров и комиссаров партизанских формирований. Совещания были посвящены не только обобщению опыта партизанской борьбы, но и определению основных направлений боевой деятельности партизан в соответствии со стратегическими замыслами Верховного Главнокомандования.
В приказе НКО от 5 сентября 1942 г. «О задачах партизанского движения» подчеркивалось, что в тылу противника оно становится одним из решающих условий победы над врагом, что разгром немецко-фашистских армий «может быть осуществлен только одновременными боевыми действиями Красной Армии на фронте и непрерывными ударами партизан по врагу с тыла».
Цель приказа заключалась в улучшении координации действий партизан и войск. Отныне Верховный Главнокомандующий в своих приказах ставил задачи не только армии, но и партизанам. В ходе войны практиковалась разработка планов взаимодействия партизан с войсками фронтов, которые утверждались ЦК партии и ГКО, как, например, план боевых действий украинских партизан в 1943 г. Были и планы боевого использования крупных партизанских группировок в интересах определенных операций фронтов. Начиная с 1943 г. они разрабатывались партизанскими штабами и их представителями при военных советах фронтов (Курская битва, Смоленская наступательная операция и др.).
Действия партизан, направленные на оказание помощи войскам в проведении наступательных операций, осуществлялись в два этапа: первый – период подготовки наступления, второй – в ходе наступления.
В оборонительных операциях главной целью партизан было снижение наступательных возможностей противника и создание частям Красной Армии благоприятных условий для успешного отражения ударов врага. Основными задачами партизан при этом являлись: ведение разведки для вскрытия группировок противника; определение направления их главных ударов; затруднение перегруппировки сил и средств врага, деморализация его войск; срыв снабжения войск в ходе наступления; отвлечение сил на охрану тыла и др.
Тактическое взаимодействие между партизанами и частями (соединениями) регулярных войск осуществлялось при выполнении ими общей боевой задачи. Начало такому взаимодействию было положено уже в зимней кампании 1941/42 г. (контрнаступление под Москвой) и широко практиковалось в ходе войны.
Хорошо известен опыт организации крупномасштабного взаимодействия партизан Белоруссии с частями Красной Армии в операции «Багратион» при подготовке и проведении ее в период с 30 мая по июль 1944 г. включительно. В ней впервые в истории войн в широком масштабе сочетались удары с фронта с ударами в тылу врага.
Оборона противника была хорошо организованной, заранее подготовленной, глубокоэшелонированной. Сильно развитая в инженерном отношении, она состояла из нескольких рубежей и простиралась в глубину на 250-270 км. В немецкой группировке насчитывалось 1 миллион 200 тысяч человек, 9500 орудий, 900 танков, 1350 боевых самолетов.
Ставка ВГК планировала провести в Белоруссии ряд операций на окружение крупных группировок в короткие сроки. Для этого требовалось достичь высоких темпов наступления, что было трудно в условиях лесисто-болотистой местности. Необходимы были согласованные действия партизан по захвату и удержанию до подхода войск мостов, переправ, бродов на водных преградах в полосах наступления фронтов и армий.
На территории республики к тому времени действовали 150 партизанских бригад и 49 отдельных отрядов общей численностью свыше 143 тысяч человек.
По другим данным, к началу летнего наступления 1944 г. на территории Белоруссии действовали 272 490 партизан, объединенных в 150 партизанских бригад и 49 отдельных отрядов, имевших подготовленный резерв в 250 тысяч человек. Расхождение более чем на 100 тысяч человек возникло, видимо, потому, что ЦШПД относил к числу партизан не только тех, кто с оружием в руках сражался против фашистов, но и всех активно помогающих партизанам продовольствием, фуражом и т.д.