По выходе клипера в море в крюйт-камере началась работа по устранению замечаний. Первыми были уложены в чемоданные ящики ракеты. Затем во время вахты мичмана Кноринга с часу ночи до семи утра 18 августа было дано приказание перенести из крюйт-камеры в кают-компанию ящики с гранатами. На время переноски в целях безопасности на клипере погасили огни и на баке обрезали фитиль (место для курения). Старший офицер передал вахтенному начальнику ключи от крюйт-камеры, а тот в свою очередь передал их кондуктору Савельеву. При вскрытии крюйт-камеры, помимо Савельева, присутствовали старший офицер, ревизор и пять матросов. В три часа утра начались работы по переноске ящиков с гранатами и картечью. К четырем часам все ящики были перенесены. В начале пятого старший офицер, находившийся в это время в кают-компании, получил доклад, что работа завершена. После этого старший офицер приказал ревизору возглавить работу по помывке крюйт-камеры. До взрыва оставалось каких-то полчаса…
Оставшийся в живых лейтенант Литке показал, что он сменил барона Кноринга в четыре часа утра, менее чем за десять минут до взрыва. По заступлении он получил доклад, что старший офицер находится в крюйт-камере и наблюдает за проводимыми там работами.
Артиллерийский кондуктор Федоров, которого тоже удалось спасти, рассказал, что он участвовал вместе с другими матросами в переноске ящиков из крюйт-камеры в кают-компанию. Закончив работать, он пошел спросить, не нужно ли еще чего-нибудь перенести, и на входе в крюйт-камеру встретил содержателя крюйт-камеры кондуктора Савельева. Тот сказал Федорову, что больше ничего не нужно и что он сам идет доложить ревизору о наведенном в крюйт-камере порядке. Едва Федоров спустился в машинное отделение, как раздался взрыв. Поэтому Федоров полагает, что в момент взрыва в крюйт-камере мог находиться только один Савельев.
По показанию нескольких матросов, незадолго до взрыва лейтенант Дистерло спросил старшего офицера: «Закончена ли работа в крюйт-камере?» И когда тот ответил отрицательно, мрачно заметил «Пора бы кончить!» После чего старший офицер спустился вниз, и почти сразу последовал взрыв. Однако другие утверждали, что старший офицер лейтенант Розенберг к этому времени находился уже на шканцах с командиром. Единства в этих показаниях не было. В одном все — и офицеры, и матросы — были единодушны: в течение всего кругосветного плавания в крюйт-камере поддерживался должный порядок, и никто не нарушал правил пребывания в ней: соблюдались переодевание в парусные сапоги, или пампуши, исправность фонаря и отсутствие открытого огня.
Внезапно особое внимание следователей привлекла фраза унтер-офицера Федорова о давнем конфликте между кондуктором Савельевым и бывшим в ту пору еще старшим офицером лейтенантом Дистерло. Дело было еще во время стоянки клипера в Хакодате. Тогда Дистерло распорядился положить ракеты и гранаты в крюйт-камеру, Савельев воспротивился этому, сказав, что там хранить боеприпасы неположено. На что Дистерло топнул ногой и крикнул: «Пошел прочь!» При этом Федоров добавил, что так, впрочем, Дистерло поступал всегда, когда выслушивал доклады своих матросов.
Кроме этого в ходе дальнейшего опроса было выявлено, что на борту «Пластуна» находилось гораздо больше пороха, чем те шесть пудов, о которых доложил командиру отряда лейтенант Дистерло. По свидетельству матроса Килека, во время пребывания в Николаевске на борт клипера дополнительно доставили четыре бочонка пороха, которые так и остались стоять в проходе крюйт-камеры. Это же подтвердили и другие матросы из числа спасенных.
Характер взрыва и матросы, и офицеры описывали по-разному, Одним он показался как очень сильный выстрел, другим же — как протяжный шум, третьим — просто оглушительный треск. Матрос Алексеев, кого взрыв застал подле фок-мачты, вообще охарактеризовал его как некий пронзительный визг. Юнга Миртов рассказал, что ему показалось, будто перед самым выстрелом начали лопаться ударные трубки. Такую же мысль высказал и лейтенант Литке, который выдвинул версию, что в процессе передвижения ящиков в крюйт-камере матросы могли случайно надавить ящиком на одну из трубок, а та могла лопнуть и воспламенить рассыпанный по палубе порох, затем последовали детонация и взрыв.
Чтобы разобраться до конца с версией Литке, комиссия была вынуждена провести несколько экспериментов. Однако после их проведения общее мнение всех сходилось на том, что подобный ход событий слишком маловероятен и почти невозможен, ибо случайно раздавить трубку ящиком было просто нереально.